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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xpo | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a novel alpha-galactosidase from Pedobacter saltans | ||||||
要素 | Alpha-glucosidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / TIM-barrel (TIMバレル) / GH31 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pedobacter saltans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Miyazaki, T. / Ishizaki, Y. / Ichikawa, M. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015 タイトル: Structural and biochemical characterization of novel bacterial alpha-galactosidases belonging to glycoside hydrolase family 31 著者: Miyazaki, T. / Ishizaki, Y. / Ichikawa, M. / Nishikawa, A. / Tonozuka, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xpo.cif.gz | 155.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xpo.ent.gz | 118.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xpo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/4xpo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/4xpo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81427.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pedobacter saltans (バクテリア) / 株: NBRC 100064 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0F7R6D6*PLUS, alpha-galactosidase | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-TRS / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE SEQUENCE IS BASED ON GENBANK BAR72452.1. N-TERMINAL RESIDUES MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMA REPRESENT ...THE SEQUENCE IS BASED ON GENBANK BAR72452.1. N-TERMINAL RESIDUES MGSSHHHHHH | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.93 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% PEG MME 2000, 100 mM Tris-HCl / PH範囲: 8.0 - 9.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 42956 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 38.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→37.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.773 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.762 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.1→37.37 Å
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拘束条件 |
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