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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xnj | |||||||||
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タイトル | X-ray structure of PepTst2 | |||||||||
要素 | Di-or tripeptide:H+ symporter | |||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / peptide transporter | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oligopeptide transport / peptide transmembrane transporter activity / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus thermophilus LMG 18311 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang, C.Y. / Olieric, V. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M. | |||||||||
資金援助 | アイルランド, 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: In meso in situ serial X-ray crystallography of soluble and membrane proteins. 著者: Huang, C.Y. / Olieric, V. / Ma, P. / Panepucci, E. / Diederichs, K. / Wang, M. / Caffrey, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xnj.cif.gz | 109.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xnj.ent.gz | 85.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xnj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xnj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/4xnj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52782.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus LMG 18311 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス) 遺伝子: dtpT, stu0970 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5M4H8 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-78M / ( #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.85 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 250-350 mM NH4H2PO4, 100 mM HEPES, pH7.0, 21-22% pEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.033 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 28208 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 9.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 97.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4D2B 解像度: 2.3→49.336 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.97 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.336 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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