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- PDB-4xel: Crystal structure of Inorganic pyrophosphatase (PPase) from Pseud... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xel
タイトルCrystal structure of Inorganic pyrophosphatase (PPase) from Pseudomonas aeruginosa
要素Inorganic pyrophosphatase無機ピロホスファターゼ
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SSGCID / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / Inorganic pyrophosphatase (無機ピロホスファターゼ) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


無機ピロホスファターゼ / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / extracellular space / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
無機ピロホスファターゼ / 無機ピロホスファターゼ / Inorganic pyrophosphatase signature. / 無機ピロホスファターゼ / Inorganic pyrophosphatase superfamily / 無機ピロホスファターゼ / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
無機ピロホスファターゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Inorganic pyrophosphatase (PPase) from Pseudomonas aeruginosa
著者: Abendroth, J. / Sullivan, A.H. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _struct_keywords.text
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6139
ポリマ－40,9012
非ポリマー7127
水3,423190
1
A: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,23915
ポリマ－61,3513
非ポリマー1,88812
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-151 kcal/mol
Surface area21070 Å2
手法PISA
2
B: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

B: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

B: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,59912
ポリマ－61,3513
非ポリマー2489
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area6510 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area21550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.360, 82.360, 125.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
詳細biological unit is a trimer generatred from monomer A by the operations: x,y,z and -x+y,-x+1,z and -y+1,x-y+1,z, and from monomer B by the operations: x,y,z and -y+2,x-y+1,z and -x+y+1,-x+2,z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Inorganic pyrophosphatase / 無機ピロホスファターゼ / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase


分子量: 20450.393 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: ppa, PA4031 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9HWZ6, 無機ピロホスファターゼ

-
非ポリマー , 5種, 197分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-12P / DODECAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33-ウンデカオキサペンタトリアコンタン-1,35-ジオ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 546.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H50O13 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Microlytics , MCSG1 F4: 200mM MgCl2, 100mM NaCitrate/Citric acid pH 5.5, 40% PEG 400; PsaeA.00023.a.B1.PS02168 at 20mg/ml; cryo: 25% in two steps; tray 258340c5, puck ymq0-4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 32180 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 35.29 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 14.53 / Num. measured all: 122971
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.050.7850.482.559099238623820.55799.8
2.05-2.110.8270.3813.228870233423300.44299.8
2.11-2.170.9070.2824.278677227922780.327100
2.17-2.240.9350.225.318496220722050.25599.9
2.24-2.310.9480.1916.138063212321130.22199.5
2.31-2.390.9740.1527.457846206020530.17699.7
2.39-2.480.9810.1259.237662199819940.14499.8
2.48-2.580.9850.10810.657388193419250.12499.5
2.58-2.70.9910.08712.847080185218450.199.6
2.7-2.830.9930.07115.76817178117680.08299.3
2.83-2.980.9940.05919.336275165316380.06899.1
2.98-3.160.9960.04923.076016160015840.05799
3.16-3.380.9960.04626.195616148214630.05298.7
3.38-3.650.9970.0428.675233141213830.04697.9
3.65-40.9970.03730.744715127312440.04297.7
4-4.470.9970.03632.094303116611370.04197.5
4.47-5.160.9980.03332.713838103410100.03897.7
5.16-6.320.9980.02932.7332568708430.03396.9
6.32-8.940.9980.02733.4525166826500.03195.3
8.940.9970.02932.2712053863350.03386.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å47.05 Å
Translation2 Å47.05 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALE2.5.6データスケーリング
PHASER位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3i41, truncated

3i41


解像度: 2→36.025 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 1586 4.93 %Random selection
Rwork0.22 30554 --
obs0.2222 32140 98.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.88 Å2 / Biso mean: 45.0675 Å2 / Biso min: 22.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→36.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2580 0 25 190 2795
Biso mean--50.55 44.42 -
残基数----342
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d13661
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043417
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006481
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.073943
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.06460.36551290.27927882917100
2.0646-2.13840.29681470.258327772924100
2.1384-2.2240.28471690.247527982967100
2.224-2.32520.32711540.242127572911100
2.3252-2.44780.27221340.231428112945100
2.4478-2.60110.30891380.237927932931100
2.6011-2.80180.33781430.236127962939100
2.8018-3.08370.28731210.23672788290999
3.0837-3.52950.25851540.2172766292099
3.5295-4.44550.25271610.19662734289598
4.4455-36.03060.20961360.20352746288296
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.142-0.17790.75496.7781-1.06823.0882-0.03830.57630.3028-1.19260.08690.22540.15820.7982-0.04480.6836-0.17570.17390.6439-0.03380.311618.248455.136532.3216
22.46661.69031.09814.1476-0.08860.6309-0.1140.4663-0.2054-0.61750.3019-0.08320.00460.3953-0.18710.40630.00990.04240.3907-0.05120.29488.996740.307340.2626
31.18081.4268-0.53194.7264-1.91993.11630.26710.229-0.212-0.5726-0.0761-0.22860.20890.7135-0.15680.33650.05140.03060.4075-0.07730.307115.698541.952541.9784
43.77870.12130.58311.13780.6542.6791-0.05420.4234-0.4255-0.22430.0794-0.25890.040.3266-0.03070.2477-0.01940.07440.3885-0.01320.338918.986147.87743.7093
55.4325-0.31941.36283.14670.1293.5738-0.26520.1350.0737-0.03690.1229-0.093-0.36030.48220.19370.4181-0.18840.04280.3869-0.01190.42321.290761.595448.0386
62.37761.95720.87583.76590.91932.20840.20850.1234-0.5361-0.0266-0.1465-0.65680.4880.4945-0.16230.31560.05920.02520.3944-0.01010.489822.103739.897750.9965
75.081-0.56733.44622.1937-2.043.66140.2730.6353-0.589-0.8070.2619-0.42580.37091.44460.99260.5636-0.04540.48570.7515-0.10960.60227.712948.374933.3222
81.184-2.2848-0.31974.9485-0.30113.0969-0.3493-0.34160.3380.86980.2324-0.0565-0.14080.22780.17250.5714-0.11020.03750.5860.06730.343325.22259.225785.8311
94.2601-0.0942-1.04892.4719-0.11340.25440.1846-0.8741-0.15370.3698-0.0289-0.0381-0.10470.2352-0.16270.2649-0.0375-0.00930.42320.06570.220840.454860.558977.9489
106.43860.5858-1.25632.6419-0.58210.6221-0.0441-0.176-0.35720.11110.104-0.16050.11250.1824-0.08450.25210.0022-0.00030.30940.03420.277444.111757.817672.1356
111.48340.6956-1.73841.09560.51664.3817-0.1331-0.3932-0.23150.3202-0.2661-0.3480.49540.44180.18020.3788-0.04910.02290.38530.06520.32933.534557.777878.3704
124.71371.2208-0.08912.81670.34182.86660.0425-0.2135-0.4750.2231-0.1191-0.09420.5059-0.1844-0.01080.3792-0.07380.05060.3980.10440.372726.692254.00773.5728
137.20051.78671.29972.65380.55414.0995-0.20740.3288-0.75040.17310.2672-0.06090.6716-0.0411-0.03120.3608-0.03780.02760.2594-0.01030.365632.173450.672263.632
141.52720.2641-0.07122.1918-2.20913.47980.1179-0.1934-0.39270.45170.27110.07070.3218-0.0204-0.2550.4099-0.0197-0.03870.33730.04530.49233.871246.77778.1752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 15 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 45 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 69 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 70 through 110 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 111 through 123 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 124 through 158 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 159 through 175 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 15 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 16 through 38 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 39 through 58 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 59 through 84 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 85 through 123 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 124 through 139 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 140 through 175 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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