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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xbm | ||||||
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タイトル | X-ray crystal structure of Notch ligand Delta-like 1 | ||||||
要素 | Delta-like protein 1 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / ectodomain EGF-like repeat Ligand C2 domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cerebellar molecular layer formation / regulation of skeletal muscle tissue growth / Notch signaling pathway involved in arterial endothelial cell fate commitment / skin epidermis development / proximal tubule development / negative regulation of epidermal cell differentiation / regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / somite specification / lateral inhibition / loop of Henle development ...cerebellar molecular layer formation / regulation of skeletal muscle tissue growth / Notch signaling pathway involved in arterial endothelial cell fate commitment / skin epidermis development / proximal tubule development / negative regulation of epidermal cell differentiation / regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / somite specification / lateral inhibition / loop of Henle development / skeletal muscle tissue growth / retina morphogenesis in camera-type eye / endothelial tip cell fate specification / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / nephron development / cerebellar Purkinje cell layer structural organization / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / marginal zone B cell differentiation / negative regulation of inner ear auditory receptor cell differentiation / regulation of somitogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / compartment pattern specification / neuron fate specification / Constitutive Signaling by NOTCH1 t(7;9)(NOTCH1:M1580_K2555) Translocation Mutant / negative regulation of myeloid cell differentiation / negative regulation of glial cell apoptotic process / left/right axis specification / proximal/distal pattern formation / type B pancreatic cell development / neuronal stem cell population maintenance / Tat protein binding / astrocyte development / clathrin-dependent endocytosis / 拘束 (生物学) / negative regulation of myoblast differentiation / Notch binding / determination of left/right symmetry / regulation of growth / negative regulation of epithelial cell differentiation / organ growth / spinal cord development / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of Notch signaling pathway / heart looping / negative regulation of Notch signaling pathway / positive regulation of sprouting angiogenesis / regulation of cell division / positive regulation of endocytosis / plasma membrane => GO:0005886 / inner ear development / negative regulation of cell differentiation / 造血 / regulation of neurogenesis / negative regulation of neuron differentiation / somitogenesis / energy homeostasis / regulation of cell adhesion / Notchシグナリング / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / 接着結合 / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / 血圧 / retina development in camera-type eye / cytoplasmic vesicle / scaffold protein binding / 細胞分化 / 脂質ラフト / apical plasma membrane / negative regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular region / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Kershaw, N.J. / Burgess, A.W. / Church, N.L. / Luo, C.S. / Adam, T.E. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2015 タイトル: Notch ligand delta-like1: X-ray crystal structure and binding affinity. 著者: Kershaw, N.J. / Church, N.L. / Griffin, M.D. / Luo, C.S. / Adams, T.E. / Burgess, A.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xbm.cif.gz | 146.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xbm.ent.gz | 109.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xbm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xbm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4cbzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 57430.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DLL1, UNQ146/PRO172 / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00548 #2: 糖 | ChemComp-FUC / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.39 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.4M potassium thiocyanate 16% PEG3350 0.1M Bis-tris propane pH 7.5 5mM CaCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→67.4 Å / Num. obs: 29271 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.432 / Net I/σ(I): 6.27 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.314 Å |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4CBZ 解像度: 3.2→67.3 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.47 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→67.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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