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- PDB-4wsb: Bat Influenza A polymerase with bound vRNA promoter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wsb
タイトルBat Influenza A polymerase with bound vRNA promoter
要素
  • (Influenza A polymerase vRNA promoter ...) x 2
  • Polymerase PA
  • Polymerase PB2
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードtransferase/rna / transferase-rna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / host cell mitochondrion / virion component / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity ...symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / 7-methylguanosine mRNA capping / viral transcription / host cell mitochondrion / virion component / host cell cytoplasm / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / 制限酵素 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / 制限酵素 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / PB2, C-terminal / : / : / : / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / リボ核酸 / RNA (> 10) / Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Cusack, S. / Pflug, A. / Guilligay, D. / Reich, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural insight into cap-snatching and RNA synthesis by influenza polymerase.
著者: Reich, S. / Guilligay, D. / Pflug, A. / Malet, H. / Berger, I. / Crepin, T. / Hart, D. / Lunardi, T. / Nanao, M. / Ruigrok, R.W. / Cusack, S.
履歴
登録2014年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年11月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32018年10月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / entity_src_gen
Item: _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id ..._entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_vector
改定 1.42019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen
Item: _entity.formula_weight / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase PA
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase PB2
R: Influenza A polymerase vRNA promoter 3' end
V: Influenza A polymerase vRNA promoter 5' end
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,85722
ポリマ－273,2725
非ポリマー1,58517
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44420 Å2
ΔGint-382 kcal/mol
Surface area90510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)268.190, 149.320, 88.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Polymerase PA


分子量: 85490.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal extension: his-tag C-terminal extension: linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)
遺伝子: PA / プラスミド: pKL-PBac / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H6QM92
#2: タンパク質 RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit


分子量: 87936.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal extension: linker C-terminal extension: linker and TEV site
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)
遺伝子: PB1 / プラスミド: pKL-PBac / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H6QM91, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#3: タンパク質 Polymerase PB2


分子量: 89012.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal extension: linker C-terminal extension: Strep-tag and TEV site
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/little yellow-shouldered bat/Guatemala/060/2010(H17N10)
遺伝子: PB2 / プラスミド: pKL-PBac / 細胞株 (発現宿主): High Five / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: H6QM90

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Influenza A polymerase vRNA promoter ... , 2種, 2分子 RV

#4: RNA鎖 Influenza A polymerase vRNA promoter 3' end


分子量: 5584.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
#5: RNA鎖 Influenza A polymerase vRNA promoter 5' end


分子量: 5248.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)

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非ポリマー , 3種, 50分子

#6: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#7: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.73 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Bat influenza polymerase protein in 50 mM HEPES-NaOH, 500 mM NaCl, 5 % glycerol, 2 mM TCEP, pH = 7.5 was adjusted to a concentration of 10 mg per ml, mixed in a 1:1 ratio with vRNA, which was ...詳細: Bat influenza polymerase protein in 50 mM HEPES-NaOH, 500 mM NaCl, 5 % glycerol, 2 mM TCEP, pH = 7.5 was adjusted to a concentration of 10 mg per ml, mixed in a 1:1 ratio with vRNA, which was an equimolar mixture of nucleotides 1-16 from the 5 prime end and nucleotides 1-18 or 3-18 from the 3 prime end. Protein-RNA was mixed with mother liquor containing 0.7-1.5 M sodium-potassium phosphate at pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 99462 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.65→2.72 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.439 / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1760)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WSA

4wsa


解像度: 2.65→19.996 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 4752 4.78 %
Rwork0.2154 --
obs0.2179 99387 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→19.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17471 600 81 33 18185
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00418550
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73225165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.917125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0292791
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033125
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6502-2.68020.41991550.40582865X-RAY DIFFRACTION91
2.6802-2.71170.41251540.37453148X-RAY DIFFRACTION100
2.7117-2.74460.38981830.3543144X-RAY DIFFRACTION100
2.7446-2.77930.40521620.34373141X-RAY DIFFRACTION100
2.7793-2.81580.37571300.33943184X-RAY DIFFRACTION100
2.8158-2.85420.38021630.34193186X-RAY DIFFRACTION100
2.8542-2.89490.39261670.32883126X-RAY DIFFRACTION100
2.8949-2.9380.35271430.30193167X-RAY DIFFRACTION100
2.938-2.98370.35841340.29463162X-RAY DIFFRACTION100
2.9837-3.03250.3731520.28653148X-RAY DIFFRACTION100
3.0325-3.08460.31651750.26453140X-RAY DIFFRACTION100
3.0846-3.14050.27841520.26963187X-RAY DIFFRACTION100
3.1405-3.20060.33021570.26143163X-RAY DIFFRACTION100
3.2006-3.26570.29711640.2493183X-RAY DIFFRACTION100
3.2657-3.33640.30921770.23413127X-RAY DIFFRACTION100
3.3364-3.41360.29091590.2323196X-RAY DIFFRACTION100
3.4136-3.49860.3061680.23183129X-RAY DIFFRACTION100
3.4986-3.59260.26391700.21863131X-RAY DIFFRACTION100
3.5926-3.69770.26721620.21953163X-RAY DIFFRACTION100
3.6977-3.81630.28021570.21123159X-RAY DIFFRACTION100
3.8163-3.95170.23561320.20933180X-RAY DIFFRACTION100
3.9517-4.10860.29191640.20543146X-RAY DIFFRACTION100
4.1086-4.29380.23381740.19463176X-RAY DIFFRACTION100
4.2938-4.51770.22861370.1933184X-RAY DIFFRACTION100
4.5177-4.79710.21431550.18733177X-RAY DIFFRACTION99
4.7971-5.16160.24561470.18593163X-RAY DIFFRACTION99
5.1616-5.67030.2511610.19963186X-RAY DIFFRACTION100
5.6703-6.46630.26051720.21553177X-RAY DIFFRACTION100
6.4663-8.05730.22651830.1993166X-RAY DIFFRACTION99
8.0573-19.99610.2351430.16533231X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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