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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4wrh | ||||||
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タイトル | AKR1C3 complexed with breakdown product of N-(tert-butyl)-2-(2-chloro-4-(((3-mercapto-5-methyl-4H-1,2,4-triazol-4-yl)amino)methyl)-6-methoxyphenoxy)acetamide | ||||||
要素 | Aldo-keto reductase family 1 member C3 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / oxidoreductase (酸化還元酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / complex / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 prostaglandin-F synthase / テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin-F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3β(or 20α)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process ...prostaglandin-F synthase / テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ / prostaglandin D2 11-ketoreductase activity / ketoreductase activity / prostaglandin-F synthase activity / cellular response to prostaglandin stimulus / cellular response to corticosteroid stimulus / 15-hydroxyprostaglandin-D dehydrogenase (NADP+) activity / 3β(or 20α)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / 3α(17β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ (NAD+) / 5alpha-androstane-3beta,17beta-diol dehydrogenase activity / delta4-3-oxosteroid 5beta-reductase activity / farnesol catabolic process / geranylgeranyl reductase activity / 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / phenanthrene 9,10-monooxygenase activity / macromolecule metabolic process / regulation of testosterone biosynthetic process / cellular response to jasmonic acid stimulus / 3α(or20β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ / androstan-3-alpha,17-beta-diol dehydrogenase activity / dihydrotestosterone 17-beta-dehydrogenase activity / androsterone dehydrogenase activity / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / testosterone biosynthetic process / RA biosynthesis pathway / regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cellular response to prostaglandin D stimulus / ketosteroid monooxygenase activity / Synthesis of bile acids and bile salts via 24-hydroxycholesterol / retinal metabolic process / testosterone 17-beta-dehydrogenase (NADP+) activity / progesterone metabolic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)] activity / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / aldo-keto reductase (NADPH) activity / cyclooxygenase pathway / all-trans-retinol dehydrogenase (NAD+) activity / prostaglandin H2 endoperoxidase reductase activity / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / all-trans-retinol dehydrogenase (NADP+) activity / 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / retinal dehydrogenase activity / bile acid binding / aldose reductase (NADPH) activity / retinoid metabolic process / prostaglandin metabolic process / renal absorption / steroid metabolic process / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Retinoid metabolism and transport / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / keratinocyte differentiation / cellular response to calcium ion / cellular response to starvation / response to nutrient / male gonad development / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / extracellular exosome / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Squire, C.J. / Flanagan, J.U. / Yosaatmadja, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Breakdown product of N-(tert-butyl)-2-(2-chloro-4-(((3-mercapto-5-methyl-4H-1,2,4-triazol-4-yl)amino)methyl)-6-methoxyphenoxy)acetamide trapped in active site of AKR1C3 著者: Yosaatmadja, Y. / Ko, R.-W. / Flanagan, J.U. / Squire, C.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4wrh.cif.gz | 147.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4wrh.ent.gz | 112.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4wrh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/4wrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/4wrh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3uweS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 37977.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AKR1C3, DDH1, HSD17B5, KIAA0119, PGFS / プラスミド: pet22b / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, インダノールデヒドロゲナーゼ, prostaglandin-F synthase, 3α(17β)- ...参照: UniProt: P42330, 酸化還元酵素, 3alpha-hydroxysteroid 3-dehydrogenase, インダノールデヒドロゲナーゼ, prostaglandin-F synthase, 3α(17β)-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ (NAD+), テストステロン-17β-デヒドロゲナーゼ, Trans-1,2-ジヒドロベンゼン-1,2-ジオールデヒドロゲナーゼ |
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-非ポリマー , 5種, 209分子
#2: 化合物 | ChemComp-NAP / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-YY2 / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-YY1 / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.52 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM sodium acetate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.826534 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.826534 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→95.57 Å / Num. obs: 45804 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 3UWE 解像度: 1.6→52.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.731 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.157 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→52.89 Å
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拘束条件 |
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