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万見
- PDB-4wr5: Crystal Structure of GST Mutated with Halogenated Tyrosine (7cGST-1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wr5
タイトルCrystal Structure of GST Mutated with Halogenated Tyrosine (7cGST-1)
要素Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / THEMOSTABILIZED STRUCTURE / HOMODIMERIC / TWO DOMAINS / ALFA/BETA / ALFA / DETOXIFICATION / XENOBIOTIC COMPOUNDS / GUTATHIONE / 7 SPECFIC SITES / CYTOPLASMIC (細胞質)
機能・相同性
機能・相同性情報


グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
グルタチオン / Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Akasaka, R. / Kawazoe, M. / Tomabechi, Y. / Ohtake, K. / Itagaki, T. / Takemoto, C. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Sakamoto, K.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Protein stabilization utilizing a redefined codon
著者: Ohtake, K. / Yamaguchi, A. / Mukai, T. / Kashimura, H. / Hirano, N. / Haruki, M. / Kohashi, S. / Yamagishi, K. / Murayama, K. / Tomabechi, Y. / Itagaki, T. / Akasaka, R. / Kawazoe, M. / ...著者: Ohtake, K. / Yamaguchi, A. / Mukai, T. / Kashimura, H. / Hirano, N. / Haruki, M. / Kohashi, S. / Yamagishi, K. / Murayama, K. / Tomabechi, Y. / Itagaki, T. / Akasaka, R. / Kawazoe, M. / Takemoto, C. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S. / Sakamoto, K.
履歴
登録2014年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月5日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8764
ポリマ－28,3771
非ポリマー4993
水1,838102
1
A: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
ヘテロ分子

A: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7528
ポリマ－56,7532
非ポリマー9996
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area4740 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area19590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.700, 63.700, 224.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / 7cGST-1 / GST 26 / Sj26 antigen / SjGST


分子量: 28376.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
プラスミド: PBR322 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P08515, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.0M AMMONIUM SULFATE, 0.1M MES PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月18日
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.925→45 Å / Num. all: 21475 / Num. obs: 21466 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 20.811 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 22.69
反射 シェル解像度: 1.93→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 0.659 / Mean I/σ(I) obs: 5.04 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.3_1479)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UA5

1ua5


解像度: 1.93→39.35 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.66 / 位相誤差: 21.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 1073 5 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 21459 99.9 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→39.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1802 0 30 102 1934
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091879
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1582542
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.035700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047261
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006319
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9251-2.01270.25731280.21332470X-RAY DIFFRACTION100
2.0127-2.11880.2651310.19972489X-RAY DIFFRACTION100
2.1188-2.25150.24761310.19012476X-RAY DIFFRACTION100
2.2515-2.42530.24291320.1852497X-RAY DIFFRACTION100
2.4253-2.66940.22691330.19922531X-RAY DIFFRACTION100
2.6694-3.05550.23531340.21662536X-RAY DIFFRACTION100
3.0555-3.84910.26031360.18212589X-RAY DIFFRACTION100
3.8491-39.36050.19521480.16362798X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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