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- PDB-4wf7: Crystal structures of trehalose synthase from Deinococcus radiodu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wf7
タイトルCrystal structures of trehalose synthase from Deinococcus radiodurans reveal that a closed conformation is involved in the intramolecular isomerization catalysis
要素Trehalose synthase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Trehalose synthase / Glycoside hydrolase family 13 / Tris complex (トリスヒドロキシメチルアミノメタン)
機能・相同性
機能・相同性情報


マルトースα-D-グルコシル転移酵素 / maltose alpha-D-glucosyltransferase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trehalose synthase/alpha-amylase, N-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II ...Trehalose synthase/alpha-amylase, N-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal / Maltogenic Amylase, C-terminal domain / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
マルトースα-D-グルコシル転移酵素
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Wang, Y.L. / Chow, S.Y. / Lin, Y.T. / Hsieh, Y.C. / Lee, G.C. / Liaw, S.H.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science CouncilNSC 102-2311-B-101-005- 台湾
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of trehalose synthase from Deinococcus radiodurans reveal that a closed conformation is involved in catalysis of the intramolecular isomerization.
著者: Wang, Y.L. / Chow, S.Y. / Lin, Y.T. / Hsieh, Y.C. / Lee, G.C. / Liaw, S.H.
#1: ジャーナル: J. Agric. Food Chem. / 年: 2007
タイトル: Role of the C-terminal domain of Thermus thermophilus trehalose synthase in the thermophilicity, thermostability, and efficient production of trehalose.
著者: Wang, J.H. / Tsai, M.Y. / Chen, J.J. / Lee, G.C. / Shaw, J.F.
履歴
登録2014年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose synthase
B: Trehalose synthase
C: Trehalose synthase
D: Trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)260,64817
ポリマ－259,7794
非ポリマー86813
水20,6991149
1
A: Trehalose synthase
D: Trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,3859
ポリマ－129,8902
非ポリマー4957
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area37020 Å2
手法PISA
2
B: Trehalose synthase
C: Trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,2638
ポリマ－129,8902
非ポリマー3736
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area37040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.250, 133.705, 196.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Trehalose synthase


分子量: 64944.820 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-552 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: I3NX86, マルトースα-D-グルコシル転移酵素
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 11% PEG 4000, 0.2M sodium acetate trihydrate, 0.3M Tris-HCl (pH 8.5), 5% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→20 Å / Num. obs: 129348 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 0.918 / Net I/av σ(I): 12.594 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 759037
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.21-2.295.60.787126950.7840.3450.8620.83199.7
2.29-2.385.60.646128050.8410.2830.7070.85599.7
2.38-2.495.70.508128240.8930.2220.5560.86799.8
2.49-2.625.80.409128190.9260.1780.4470.889100
2.62-2.785.90.319128630.9530.1390.3490.929100
2.78-36.10.239128900.9730.1030.2610.919100
3-3.36.20.163129370.9850.070.1770.946100
3.3-3.776.10.116129630.9910.0510.1271.12100
3.77-4.7460.068130870.9960.030.0741.031100
4.74-205.80.048134650.9980.0210.0530.77100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータ削減
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4TVU

4tvu


解像度: 2.21→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 5.409 / SU ML: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1996 6336 5 %RANDOM
Rwork0.1601 119863 --
obs0.1621 119863 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 93.49 Å2 / Biso mean: 32.96 Å2 / Biso min: 8.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å2-0 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17604 0 48 1149 18801
Biso mean--34.34 37.28 -
残基数----2192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01918171
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0216570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4141.95524757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.807338066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.24852188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.11523.262932
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.979152756
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.74515152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.22561
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02120840
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024464
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7183.1618769
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7173.168767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5764.73410948
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 459 -
Rwork0.226 8156 -
all-8615 -
obs--93.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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