[日本語] English
万見
- PDB-4wav: Crystal Structure of Haloquadratum walsbyi bacteriorhodopsin muta... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4wav
タイトルCrystal Structure of Haloquadratum walsbyi bacteriorhodopsin mutant D93N
要素Bacteriorhodopsin-Iバクテリオロドプシン
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Bacteriorhodopsin (バクテリオロドプシン) / proton pump (プロトンポンプ) / Membrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-MPG / レチナール / Bacteriorhodopsin-I
類似検索 - 構成要素
生物種Haloquadratum walsbyi C23 (ハロクアドラトゥム・ワルスビイ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, A.H.J. / Hsu, M.F. / Yang, C.S. / Fu, H.Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
National Science CouncilNSC 102-2319-B-001-003 台湾
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an acid-tolerant light-driven proton pump at 1.85 Angstroms resolution
著者: Hsu, M.F. / Fu, H.Y. / Cai, C.J. / Yi, S.P. / Yang, C.S. / Wang, A.H.J.
履歴
登録2014年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacteriorhodopsin-I
B: Bacteriorhodopsin-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2926
ポリマ－57,0102
非ポリマー1,2824
水2,882160
1
A: Bacteriorhodopsin-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5034
ポリマ－28,5051
非ポリマー9983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bacteriorhodopsin-I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7902
ポリマ－28,5051
非ポリマー2841
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.860, 131.942, 235.423
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 Bacteriorhodopsin-I / バクテリオロドプシン


分子量: 28505.104 Da / 分子数: 2 / 変異: D93N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haloquadratum walsbyi C23 (ハロクアドラトゥム・ワルスビイ)
遺伝子: bop1, Hqrw_1016 / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: G0LFX8
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル / レチナール


分子量: 284.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-MPG / [(Z)-octadec-9-enyl] (2R)-2,3-bis(oxidanyl)propanoate


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7 / 詳細: calcium chloride, HEPES, PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A / タイプ: その他 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月3日 / 詳細: Inter-Frame
放射モノクロメーター: Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 11796 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Χ2: 0.925 / Net I/av σ(I): 12.621 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 72386
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.8-2.856.20.9725990.89298
2.85-2.96.20.8545610.88898.1
2.9-2.966.30.7355870.85893.8
2.96-3.026.30.8225490.89293.7
3.02-3.086.40.6085700.901100
3.08-3.156.10.5715740.89298.6
3.15-3.236.20.4935890.95597
3.23-3.326.30.3985660.95390.7
3.32-3.426.30.3615600.97299.6
3.42-3.536.10.285830.97999.5
3.53-3.656.10.2315770.97394.4
3.65-3.86.40.1745671.00692.5
3.8-3.976.20.1395850.93899.5
3.97-4.1860.1055820.89795.7
4.18-4.446.10.0775830.93896.5
4.44-4.785.90.076061.11499.7
4.78-5.265.90.0676131.04298.6
5.26-6.025.90.0746300.86599.7
6.02-7.566.10.0656390.87399.8
7.56-305.80.0236760.69998.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
Blu-Iceデータ削減
MOLREP11.0.05位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VGO

1vgo


解像度: 2.8→26.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / WRfactor Rfree: 0.2392 / WRfactor Rwork: 0.1816 / FOM work R set: 0.8414 / SU B: 12.122 / SU ML: 0.247 / SU Rfree: 0.4402 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.44 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2392 504 4.8 %RANDOM
Rwork0.1816 ---
obs0.1844 9924 86.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.17 Å2 / Biso mean: 27.78 Å2 / Biso min: 5.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.06 Å20 Å20 Å2
2--0.29 Å20 Å2
3----2.35 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→26.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3494 0 88 160 3742
Biso mean--34.41 22.1 -
残基数----453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.023667
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5141.9864990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90938340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4055453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.35422.672131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.14615560
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9111518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2598
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024049
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02869
LS精密化 シェル解像度: 2.802→2.874 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 10 -
Rwork0.172 278 -
all-288 -
obs--33.14 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る