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- PDB-4v7f: Arx1 pre-60S particle. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4v7f
タイトルArx1 pre-60S particle.
要素
  • (60S ribosomal protein ...) x 37
  • (Ribosome biogenesis protein ...リボソーム生合成) x 2
  • 25S ribosomal RNAリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 6
  • Nucleolar GTP-binding protein 1
  • Ribosome assembly protein 4
  • mRNA turnover protein 4
  • metalloprotease ARX1
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / 60S biogenesis / 5S rRNA (5SリボソームRNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex remodeling / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 加水分解酵素 / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) ...protein-RNA complex remodeling / exonucleolytic trimming to generate mature 5'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / 加水分解酵素 / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / rRNA primary transcript binding / positive regulation of ATP-dependent activity / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / pre-mRNA 5'-splice site binding / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of 5.8S rRNA / ribosomal subunit export from nucleus / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / ATPase activator activity / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal large subunit binding / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / protein-RNA complex assembly / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / regulation of translational fidelity / maturation of SSU-rRNA / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / Neutrophil degranulation / translation initiation factor activity / small-subunit processome / assembly of large subunit precursor of preribosome / cytosolic ribosome assembly / maintenance of translational fidelity / オートファジー / ribosomal large subunit assembly / rRNA processing / metallopeptidase activity / large ribosomal subunit rRNA binding / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ATPase binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / 核小体 / タンパク質分解 / RNA binding / 核質 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / NLE / NLE (NUC135) domain / Ribosome assembly factor Mrt4 / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) ...: / NLE / NLE (NUC135) domain / Ribosome assembly factor Mrt4 / NOG, C-terminal / Nucleolar GTP-binding protein 1 / NOGCT (NUC087) domain / Nucleolar GTP-binding protein 1, Rossman-fold domain / NOG1, N-terminal helical domain / Nucleolar GTP-binding protein 1 (NOG1) / NOG1 N-terminal helical domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Translation initiation factor IF6 / eIF-6 family / translation initiation factor 6 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / GTP binding domain / 50S ribosomal protein L10, insertion domain superfamily / 60S ribosomal protein L10P, insertion domain / Insertion domain in 60S ribosomal protein L10P / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L27e, conserved site / : / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L1, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L30/YlxQ / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L34e / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L14e domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L32e, conserved site / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal protein L6, conserved site-2 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L14 / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L35Ae / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L6e signature. / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L30e signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A ...リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / Large ribosomal subunit protein uL30A / Large ribosomal subunit protein uL6A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL33A / Large ribosomal subunit protein eL36A / Large ribosomal subunit protein eL15A / Large ribosomal subunit protein eL22A / Large ribosomal subunit protein uL5A / Large ribosomal subunit protein eL27A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL20A / Large ribosomal subunit protein eL43A / Large ribosomal subunit protein uL14A / Large ribosomal subunit protein uL1A / Large ribosomal subunit protein uL2A / Large ribosomal subunit protein eL18A / Large ribosomal subunit protein uL11A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Large ribosomal subunit protein uL4A / Large ribosomal subunit protein eL30 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein eL8A / Ribosome assembly protein 4 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL13A / Ribosome assembly factor MRT4 / Large ribosomal subunit protein eL14A / Large ribosomal subunit protein eL32 / Ribosome biogenesis protein RLP7 / Large ribosomal subunit protein eL37A / Large ribosomal subunit protein eL38 / Large ribosomal subunit protein eL34A / Large ribosomal subunit protein eL6A / Large ribosomal subunit protein eL21A / Nucleolar GTP-binding protein 1 / Probable metalloprotease ARX1 / Ribosome biogenesis protein RLP24 / Eukaryotic translation initiation factor 6 / Large ribosomal subunit protein eL13A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Leidig, C. / Thoms, M. / Holdermann, I. / Bradatsch, B. / Berninghausen, O. / Bange, G. / Sinning, I. / Hurt, E. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: 60S ribosome biogenesis requires rotation of the 5S ribonucleoprotein particle.
著者: Christoph Leidig / Matthias Thoms / Iris Holdermann / Bettina Bradatsch / Otto Berninghausen / Gert Bange / Irmgard Sinning / Ed Hurt / Roland Beckmann /
要旨: During eukaryotic ribosome biogenesis, nascent ribosomal RNA (rRNA) forms pre-ribosomal particles containing ribosomal proteins and assembly factors. Subsequently, these immature rRNAs are processed ...During eukaryotic ribosome biogenesis, nascent ribosomal RNA (rRNA) forms pre-ribosomal particles containing ribosomal proteins and assembly factors. Subsequently, these immature rRNAs are processed and remodelled. Little is known about the premature assembly states of rRNAs and their structural rearrangement during ribosome biogenesis. Using cryo-EM we characterize a pre-60S particle, where the 5S rRNA and its associated ribosomal proteins L18 and L5 (5S ribonucleoprotein (RNP)) are rotated by almost 180° when compared with the mature subunit. Consequently, neighbouring 25S rRNA helices that protrude from the base of the central protuberance are deformed. This altered topology is stabilized by nearby assembly factors (Rsa4 and Nog1), which were identified by fitting their three-dimensional structures into the cryo-EM density. We suggest that the 5S RNP performs a semicircular movement during 60S biogenesis to adopt its final position, fulfilling a chaperone-like function in guiding the flanking 25S rRNA helices of the central protuberance to their final topology.
履歴
登録2013年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 3J64, 3J65, 3J66
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22015年4月15日Group: Other
改定 1.32019年12月18日Group: Data collection / Other
カテゴリ: atom_sites / em_image_scans / pdbx_database_status
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2528
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: 25S ribosomal RNA
2: 5.8S ribosomal RNA
3: 5S ribosomal RNA
A: 60S ribosomal protein L1
B: 60S ribosomal protein L2
C: 60S ribosomal protein L3
D: 60S ribosomal protein L4
E: 60S ribosomal protein L11
F: 60S ribosomal protein L9
G: 60S ribosomal protein L6
H: 60S ribosomal protein L8
I: 60S ribosomal protein L12
J: 60S ribosomal protein L16
K: 60S ribosomal protein L13
L: 60S ribosomal protein L23
M: 60S ribosomal protein L14
N: 60S ribosomal protein L28
O: 60S ribosomal protein L15
P: 60S ribosomal protein L5
Q: 60S ribosomal protein L18
R: 60S ribosomal protein L19
S: 60S ribosomal protein L20
T: 60S ribosomal protein L21
U: 60S ribosomal protein L17
V: 60S ribosomal protein L22
W: 60S ribosomal protein L25
X: 60S ribosomal protein L26
Y: 60S ribosomal protein L27
Z: 60S ribosomal protein L35
a: 60S ribosomal protein L7
b: 60S ribosomal protein L30
c: 60S ribosomal protein L31
d: 60S ribosomal protein L32
e: 60S ribosomal protein L33
f: 60S ribosomal protein L34
g: 60S ribosomal protein L36
h: 60S ribosomal protein L37
i: 60S ribosomal protein L38
j: 60S ribosomal protein L39
k: 60S ribosomal protein L43
l: metalloprotease ARX1
m: Eukaryotic translation initiation factor 6
n: mRNA turnover protein 4
o: Nucleolar GTP-binding protein 1
p: Ribosome biogenesis protein RLP24
q: Ribosome assembly protein 4
r: Ribosome biogenesis protein RLP7
s: Ribosome biogenesis protein RLP7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,240,93348
ポリマ－2,240,93348
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 3種, 3分子 123

#1: RNA鎖 25S ribosomal RNA / リボソームRNA


分子量: 1097493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#2: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50682.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#3: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38951.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
60S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZabcd...

#4: タンパク質 60S ribosomal protein L1 / / L10a


分子量: 24524.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX43
#5: タンパク質 60S ribosomal protein L2 / / L5 / RP8 / YL6


分子量: 27463.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX45
#6: タンパク質 60S ribosomal protein L3 / / Maintenance of killer protein 8 / RP1 / Trichodermin resistance protein / YL1


分子量: 43850.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14126
#7: タンパク質 60S ribosomal protein L4 / / L2 / RP2 / YL2


分子量: 39159.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P10664
#8: タンパク質 60S ribosomal protein L11 / / L16 / RP39 / YL22


分子量: 19755.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C0W9
#9: タンパク質 60S ribosomal protein L9 / / L8 / RP24 / YL11


分子量: 21605.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05738
#10: タンパク質 60S ribosomal protein L6 / / L17 / RP18 / YL16


分子量: 20000.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02326
#11: タンパク質 60S ribosomal protein L8 / / L4 / L4-2 / L7a-1 / Maintenance of killer protein 7 / RP6 / YL5


分子量: 28175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P17076
#12: タンパク質 60S ribosomal protein L12 / / L15 / YL23


分子量: 17850.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX53
#13: タンパク質 60S ribosomal protein L16 / / L13a / L21 / RP22 / YL15


分子量: 22247.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26784
#14: タンパク質 60S ribosomal protein L13 /


分子量: 22604.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12690
#15: タンパク質 60S ribosomal protein L23 / / L17a / YL32


分子量: 14493.950 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX41
#16: タンパク質 60S ribosomal protein L14 /


分子量: 15195.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P36105
#17: タンパク質 60S ribosomal protein L28 / / L27a / L29 / RP44 / RP62 / YL24


分子量: 16761.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P02406
#18: タンパク質 60S ribosomal protein L15 / / L13 / RP15R / YL10 / YP18


分子量: 24482.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05748
#19: タンパク質 60S ribosomal protein L5 / / L1 / L1a / Ribosomal 5S RNA-binding protein / YL3


分子量: 33764.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P26321
#20: タンパク質 60S ribosomal protein L18 / / RP28


分子量: 20609.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX49
#21: タンパク質 60S ribosomal protein L19 / / L23 / RP15L / RP33 / YL14


分子量: 21762.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX82
#22: タンパク質 60S ribosomal protein L20 / / L18a


分子量: 20478.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX23
#23: タンパク質 60S ribosomal protein L21 /


分子量: 18279.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02753
#24: タンパク質 60S ribosomal protein L17 / / L20A / YL17


分子量: 20589.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05740
#25: タンパク質 60S ribosomal protein L22 / / L1c / RP4 / YL31


分子量: 13711.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05749
#26: タンパク質 60S ribosomal protein L25 / / RP16L / YL25 / YP42'


分子量: 15787.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04456
#27: タンパク質 60S ribosomal protein L26 / / L33 / YL33


分子量: 14265.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05743
#28: タンパク質 60S ribosomal protein L27 /


分子量: 15568.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H6
#29: タンパク質 60S ribosomal protein L35 /


分子量: 13942.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX84
#30: タンパク質 60S ribosomal protein L7 / / L6 / RP11 / YL8


分子量: 27686.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05737
#31: タンパク質 60S ribosomal protein L30 / / L32 / RP73 / YL38


分子量: 11430.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P14120
#32: タンパク質 60S ribosomal protein L31 / / L34 / YL28


分子量: 12980.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0C2H8
#33: タンパク質 60S ribosomal protein L32 /


分子量: 14809.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38061
#34: タンパク質 60S ribosomal protein L33 / / L37 / RP47 / YL37


分子量: 12177.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05744
#35: タンパク質 60S ribosomal protein L34 /


分子量: 13673.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P87262
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L36 / / L39 / YL39


分子量: 11151.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P05745
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L37 / / L43 / YL35 / YP55


分子量: 9877.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49166
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L38 /


分子量: 8845.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49167
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L39 / / L46 / YL40


分子量: 6358.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P04650
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L43 / / L37a / YL35


分子量: 10112.952 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P0CX25

-
タンパク質 , 5種, 5分子 lmnoq

#41: タンパク質 metalloprotease ARX1 / Associated with ribosomal export complex protein 1


分子量: 65290.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03862, 加水分解酵素
#42: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 6 / Tif6 / eIF-6


分子量: 26476.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q12522
#43: タンパク質 mRNA turnover protein 4 / Mrt4


分子量: 27098.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P33201
#44: タンパク質 Nucleolar GTP-binding protein 1 / Nog1


分子量: 74531.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q02892
#46: タンパク質 Ribosome assembly protein 4 / Rsa4


分子量: 57106.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25382

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Ribosome biogenesis protein ... , 2種, 3分子 prs

#45: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP24 / リボソーム生合成 / Ribosomal protein L24-like


分子量: 24027.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q07915
#47: タンパク質 Ribosome biogenesis protein RLP7 / リボソーム生合成 / Ribosomal protein L7-like


分子量: 36621.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40693

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプParent-ID
1Arx1 pre-60S particleRIBOSOME0
2Arx1 pre-60S particleRIBOSOME1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年11月12日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 8.7 Å / 粒子像の数: 75887 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.0605 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.0605 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 3U5D

3u5d
PDB 未公開エントリ


Accession code: 3U5D / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 22036 0 0 22036

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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