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- PDB-4utj: XenA - oxidized - Y183F variant in complex with 8-hydroxycoumarin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4utj
タイトルXenA - oxidized - Y183F variant in complex with 8-hydroxycoumarin
要素NADH:flavin oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


NADPH dehydrogenase activity / FMN binding / NADP binding
類似検索 - 分子機能
NADPH dehydrogenase YqjM-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-HYDROXYCOUMARIN / フラビンモノヌクレオチド / NADH:flavin oxidoreductase / Xenobiotic reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / その他 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Werther, T. / Dobbek, H.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Redox-dependent substrate-cofactor interactions in the Michaelis-complex of a flavin-dependent oxidoreductase
著者: Werther, T. / Wahlefeld, S. / Salewski, J. / Kuhlmann, U. / Zebger, I. / Hildebrandt, P. / Dobbek, H.
履歴
登録2014年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02017年8月23日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH:flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0006
ポリマ－40,0931
非ポリマー9075
水8,179454
1
A: NADH:flavin oxidoreductase
ヘテロ分子

A: NADH:flavin oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,00012
ポリマ－80,1862
非ポリマー1,81310
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-20.7 kcal/mol
Surface area31250 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.980, 83.360, 156.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2103-

HOH

21A-2366-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NADH:flavin oxidoreductase


分子量: 40093.223 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (シュードモナス・プチダ)
遺伝子: B7H19_27640 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1X0ZT96, UniProt: Q3ZDM6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN / フラビンモノヌクレオチド


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-8CM / 8-HYDROXYCOUMARIN / 8-HYDROXY-2H-CHROMENE-2-ONE / 8-ヒドロキシクマリン


分子量: 162.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H6O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細NO GENOMIC SEQUENCE DATA ARE AVAILABLE FOR THIS SPECIAL STRAIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→29.28 Å / Num. obs: 165296 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 9.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル解像度: 1.07→1.11 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / % possible all: 99.59

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (PHENIX.REFINE) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: その他
開始モデル: NONE

解像度: 1.07→29.28 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 12.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1396 8264 5 %
Rwork0.1247 --
obs0.1254 165273 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.07→29.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2788 0 58 454 3300
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013188
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3944402
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5081189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081460
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009584
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.07-1.08220.23182710.21465157X-RAY DIFFRACTION99
1.0822-1.09490.20892730.20235182X-RAY DIFFRACTION100
1.0949-1.10820.21022730.1875193X-RAY DIFFRACTION100
1.1082-1.12230.18462740.1755192X-RAY DIFFRACTION100
1.1223-1.1370.17862750.17165241X-RAY DIFFRACTION100
1.137-1.15260.20042720.15685164X-RAY DIFFRACTION100
1.1526-1.16910.17072740.15395206X-RAY DIFFRACTION100
1.1691-1.18650.15972740.1445204X-RAY DIFFRACTION100
1.1865-1.20510.15472760.1385230X-RAY DIFFRACTION100
1.2051-1.22480.15022740.13595212X-RAY DIFFRACTION100
1.2248-1.2460.16312730.13875189X-RAY DIFFRACTION100
1.246-1.26860.15332750.13355229X-RAY DIFFRACTION100
1.2686-1.2930.14372750.12175224X-RAY DIFFRACTION100
1.293-1.31940.14662740.11985206X-RAY DIFFRACTION100
1.3194-1.34810.13862770.11445252X-RAY DIFFRACTION100
1.3481-1.37950.13322730.11245192X-RAY DIFFRACTION100
1.3795-1.4140.13222770.10455262X-RAY DIFFRACTION100
1.414-1.45220.11442730.09915192X-RAY DIFFRACTION100
1.4522-1.49490.11142760.09665235X-RAY DIFFRACTION100
1.4949-1.54320.11012750.09665224X-RAY DIFFRACTION99
1.5432-1.59830.13052740.09965224X-RAY DIFFRACTION100
1.5983-1.66230.11782780.09915278X-RAY DIFFRACTION99
1.6623-1.73790.1252750.10025222X-RAY DIFFRACTION100
1.7379-1.82960.12212770.10395263X-RAY DIFFRACTION99
1.8296-1.94420.12042750.10865225X-RAY DIFFRACTION99
1.9442-2.09420.12212750.10765222X-RAY DIFFRACTION99
2.0942-2.30490.11392770.10635255X-RAY DIFFRACTION99
2.3049-2.63830.12692800.11485329X-RAY DIFFRACTION100
2.6383-3.32320.13612820.12625357X-RAY DIFFRACTION100
3.3232-29.29050.15512870.14615448X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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