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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4uo8 | |||||||||
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タイトル | Structure of the A_Canine_Colorado_17864_06 H3 haemagglutinin in complex with 6SO4-3SLN | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / EQUINE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | |||||||||
データ登録者 | Vachieri, S.G. / Collins, P.J. / Haire, L.F. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Walker, P.A. / Xiong, X. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Recent Evolution of Equine Influenza and the Origin of Canine Influenza. 著者: Collins, P.J. / Vachieri, S.G. / Haire, L.F. / Ogrodowicz, R.W. / Martin, S.R. / Walker, P.A. / Xiong, X. / Gamblin, S.J. / Skehel, J.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4uo8.cif.gz | 225 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4uo8.ent.gz | 182.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4uo8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/4uo8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uo/4uo8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4unwC 4unxC 4unyC 4unzC 4uo0C 4uo1C 4uo2C 4uo3C 4uo4SC 4uo5C 4uo6C 4uo7C 4uo9C 4uoaC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 36345.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/CANINE/COLORADO/17864/2006(H3N8)) (A型インフルエンザウイルス) 解説: DR. EDWARD J. DUBOVI AND DR. COLIN PARRISH, CORNELL UNIVERSITY, ITHACA, NY, USA プラスミド: PACGP67 DERIVATIVE 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: E0UVR5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 20273.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/CANINE/COLORADO/17864/2006(H3N8)) (A型インフルエンザウイルス) 解説: DR. EDWARD J. DUBOVI AND DR. COLIN PARRISH, CORNELL UNIVERSITY, ITHACA, NY, USA プラスミド: PACGP67 DERIVATIVE 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: E0UVR5 |
-糖 , 5種, 6分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||||
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#4: 多糖 | #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...beta-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose | #7: 糖 | ChemComp-NAG / | |
-非ポリマー , 2種, 10分子
#8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.59 % / 解説: NONE |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.92 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→48.64 Å / Num. obs: 20478 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4UO4 解像度: 3→48.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 33.271 / SU ML: 0.272 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.776 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.043 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→48.69 Å
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拘束条件 |
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