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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4um7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate phosphatase (kdsC) from Moraxella catarrhalis in complex with Magnesium ion | ||||||
要素 | 3-DEOXY-D-MANNO-OCTULOSONATE 8-PHOSPHATE PHOSPHATASE KDSC | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HAD SUPERFAMILY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-デオキシマンノオクツロソン酸-8-ホスファターゼ / 3-deoxy-manno-octulosonate-8-phosphatase activity / lipopolysaccharide biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MORAXELLA CATARRHALIS BC8 (モラクセラ・カタラーリス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å | ||||||
データ登録者 | Dhindwal, S. / Tomar, S. / Kumar, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015 タイトル: Ligand-Bound Structures of 3-Deoxy-D-Manno-Octulosonate 8-Phosphate Phosphatase from Moraxella Catarrhalis Reveal a Water Channel Connecting to the Active Site for the Second Step of Catalysis 著者: Dhindwal, S. / Priyadarshini, P. / Patil, D.N. / Tapas, S. / Kumar, P. / Tomar, S. / Kumar, P. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4um7.cif.gz | 282.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4um7.ent.gz | 230.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4um7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/4um7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/um/4um7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21084.877 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MORAXELLA CATARRHALIS BC8 (モラクセラ・カタラーリス) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: F1X4B5, UniProt: A0A0J9X241*PLUS, 3-デオキシマンノオクツロソン酸-8-ホスファターゼ #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.16 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.6 詳細: 100 MM MG FORMATE, 100 MM BIS-TRIS PROPANE (PH 5.0), 28% W/V PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月1日 / 詳細: MIRROR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 92882 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 22.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3N1U 解像度: 1.64→27.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.757 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.114 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.394 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.64→27.16 Å
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拘束条件 |
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