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万見
- PDB-4uie: Crystal structure of the S-layer protein SbsC, domains 7, 8 and 9 -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4uie
タイトルCrystal structure of the S-layer protein SbsC, domains 7, 8 and 9
要素SURFACE LAYER PROTEIN
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / S-LAYER (S層)
機能・相同性
機能・相同性情報


identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
S-layer protein SbsC, C-terminal domain / SbsC C-terminal domain / SbsC C-terminal domain / S-layer protein SbsC C-terminal domain / Copper resistance protein CopC/internalin, immunoglobulin-like / Bacterial Ig-like domain 2 / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
OSMIUM ION / Surface layer protein
類似検索 - 構成要素
生物種GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (Bacillus stearothermophilus)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Pavkov-Keller, T. / Dordic, A. / Egelseer, E.M. / Sleytr, U.B. / Keller, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the S-Layer Protein Sbsc
著者: Pavkov-Keller, T. / Dordic, A. / Eder, M. / Davies, K. / Mills, D. / Egelseer, E.M. / Sleytr, U.B. / Kuehlbrandt, W. / Vonck, J. / Keller, W.
履歴
登録2015年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SURFACE LAYER PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7204
ポリマ－35,2991
非ポリマー4213
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.831, 69.831, 196.018
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 SURFACE LAYER PROTEIN / / SBSC / S-LAYER


分子量: 35299.309 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAINS 7,8 AND 9, RESIDUES 754-1099 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GEOBACILLUS STEAROTHERMOPHILUS (Bacillus stearothermophilus)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O68840
#2: 化合物 ChemComp-OS / OSMIUM ION / オスミウム


分子量: 190.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Os
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.4 %
解説: 3 DIFFERENT CRYSTAL FORMS WERE AVAILABLE - P41211, P21212 AND P3121. THIS CRYSTAL IS THE ONLY ONE FOR THE FORM P3121 AND WAS PREPARED AS OS-DERIVATIVE. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY SIRAS USING ...解説: 3 DIFFERENT CRYSTAL FORMS WERE AVAILABLE - P41211, P21212 AND P3121. THIS CRYSTAL IS THE ONLY ONE FOR THE FORM P3121 AND WAS PREPARED AS OS-DERIVATIVE. THE STRUCTURE WAS SOLVED BY SIRAS USING NATIVE AND AU- DERIVATIVE DATA OF ANISOTROPIC CRYSTAL FORM P41211. THIS INITIAL PHASES WERE USED AS STARTING POINT FOR DMMULTI. THE BEST ELECTRON DENSITY MAP WAS OBTAINED FROM THE DATA FROM P3121 CRYSTAL. THIS WAS ALSO THE ONLY FORM WHERE DOMAIN 9 WAS NICELY ORDERED AND THE SEQUENCE COULD BE PLACED IN THE ELECTRON DENSITY. 2 OS ATOMS THAT ARE PRESENT IN THE STRUCTURE SHOULD COME FROM THE SOAKING. NEVERTHELESS, THE STRUCTURE COULD NOT BE SOLVED BY SAD USING ONLY THIS DATA. CA ATOM PRESENT IN DOMAIN 7 IS ALSO PRESENT IN NATIVE STRUCTURES FROM OTHER FORMS. TWO OTHER FORMS WERE NOT FURTHER REFINED AND DEPOSITED WHILE DOMAIN 9 IS PARTIALLY DISORDERED.
結晶化詳細: CA. 5MG/ML PROTEIN CONC. 2-2.4M SODIUM MALONATE PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9486
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9486 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→20 Å / Num. obs: 9719 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 83.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
直接法位相決定
REFMAC5.8.0107精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.1→19.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.831 / SU B: 20.708 / SU ML: 0.358 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.485 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. 3 DIFFERENT CRYSTAL FORMS WERE AVAILABLE - P41211, P21212 ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. 3 DIFFERENT CRYSTAL FORMS WERE AVAILABLE - P41211, P21212 AND P3121. THIS CRYSTAL IS THE ONLY ONE FOR THE FORM P3121. ONLY IN THIS FORM DOMAIN 9 WAS NICELY ORDERED AND THE SEQUENCE COULD BE PLACED IN ELECTRON DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2897 487 4.9 %RANDOM
Rwork0.21638 ---
obs0.21993 9372 92.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.394 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0.13 Å20 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→19.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2440 0 3 57 2500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.022479
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2051.9673378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8895342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.18227.2580
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55215404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.891153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211788
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9814.2321371
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.7526.3431710
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8524.2971107
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.178 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 47 -
Rwork0.267 651 -
obs--91.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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