PDB-4uew: Structure of H2-treated anaerobically purified D. fructosovorans ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4uew

タイトル

Structure of H2-treated anaerobically purified D. fructosovorans NiFe- hydrogenase

要素

(PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NIFE-HYDROGENASE / NI-SIB STATE / NI-C STATE

機能・相同性

機能・相同性情報

シトクロムc3ヒドロゲナーゼ /

cytochrome-c3 hydrogenase activity /

ferredoxin hydrogenase complex /

ferredoxin hydrogenase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding /

ペリプラズム /

metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS JJ (バクテリア)

DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS JJ (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Volbeda, A. / Martin, L. / Liebgott, P.-P. / Fontecilla-Camps, J.C.

引用

ジャーナル: Metallomics / 年: 2015
タイトル: [NiFe]-hydrogenases revisited: nickel-carboxamido bond formation in a variant with accrued O2-tolerance and a tentative re-interpretation of Ni-SI states.
著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Liebgott, P.P. / De Lacey, A.L. / Fontecilla-Camps, J.C.

履歴

登録	2014年12月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 2.0	2019年1月30日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / citation_author / exptl_crystal_grow / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.1	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4uew.cif.gz	960.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4uew.ent.gz	799 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4uew.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uew ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ue/4uew	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ud2C 4ud6C 4ue2C 4ue6C 4ueqC 2frvS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yrq-2 3cus-3 4upe-2 1yrq-4 4ueq-5 4ucw-1 1yqw-2 1yqw-1 4ucq-1 4ud2-3 1yrq-1 1ubu-d 1e3d-1 3h3x-3 4ud6-3 4uql-2 4ud2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (19) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE SMALL SUBUNIT

B: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE SMALL SUBUNIT

C: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE SMALL SUBUNIT

Q: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE LARGE SUBUNIT

R: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE LARGE SUBUNIT

S: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE LARGE SUBUNIT

ヘテロ分子

269 kDa, 6 ポリマー
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1

B: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE SMALL SUBUNIT

R: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE LARGE SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE SMALL SUBUNIT

S: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE LARGE SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.4 kDa, 2 ポリマー
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3

A: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE SMALL SUBUNIT

Q: PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE LARGE SUBUNIT

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	64.770, 100.400, 183.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	7
2	1	1	3	B	7
3	1	1	3	C	7
1	2	1	1	A	8 - 28
2	2	1	1	B	8 - 28
3	2	1	1	C	8 - 28
1	3	1	3	A	29 - 30
2	3	1	3	B	29 - 30
3	3	1	3	C	29 - 30
1	4	1	1	A	31 - 36
2	4	1	1	B	31 - 36
3	4	1	1	C	31 - 36
1	5	1	3	A	37 - 39
2	5	1	3	B	37 - 39
3	5	1	3	C	37 - 39
1	6	1	1	A	40 - 53
2	6	1	1	B	40 - 53
3	6	1	1	C	40 - 53
1	7	1	3	A	54
2	7	1	3	B	54
3	7	1	3	C	54
1	8	1	4	A	55
2	8	1	4	B	55
3	8	1	4	C	55
1	9	1	1	A	56 - 57
2	9	1	1	B	56 - 57
3	9	1	1	C	56 - 57
1	10	1	4	A	58
2	10	1	4	B	58
3	10	1	4	C	58
1	1	2	1	A	59 - 60
2	1	2	1	B	59 - 60
3	1	2	1	C	59 - 60
1	2	2	2	A	62
2	2	2	2	B	62
3	2	2	2	C	62
1	3	2	1	A	63 - 64
2	3	2	1	B	63 - 64
3	3	2	1	C	63 - 64
1	4	2	3	A	65 - 68
2	4	2	3	B	65 - 68
3	4	2	3	C	65 - 68
1	5	2	1	A	69 - 70
2	5	2	1	B	69 - 70
3	5	2	1	C	69 - 70
1	6	2	2	A	71
2	6	2	2	B	71
3	6	2	2	C	71
1	7	2	1	A	72 - 81
2	7	2	1	B	72 - 81
3	7	2	1	C	72 - 81
1	8	2	3	A	82 - 85
2	8	2	3	B	82 - 85
3	8	2	3	C	82 - 85
1	9	2	1	A	86 - 91
2	9	2	1	B	86 - 91
3	9	2	1	C	86 - 91
1	10	2	3	A	92
2	10	2	3	B	92
3	10	2	3	C	92
1	1	3	1	A	93 - 94
2	1	3	1	B	93 - 94
3	1	3	1	C	93 - 94
1	2	3	3	A	95 - 99
2	2	3	3	B	95 - 99
3	2	3	3	C	95 - 99
1	3	3	1	A	101
2	3	3	1	B	101
3	3	3	1	C	101
1	4	3	3	A	104
2	4	3	3	B	104
3	4	3	3	C	104
1	5	3	4	A	105
2	5	3	4	B	105
3	5	3	4	C	105
1	6	3	3	A	106
2	6	3	3	B	106
3	6	3	3	C	106
1	7	3	1	A	107 - 130
2	7	3	1	B	107 - 130
3	7	3	1	C	107 - 130
1	8	3	2	A	131
2	8	3	2	B	131
3	8	3	2	C	131
1	9	3	1	A	132 - 133
2	9	3	1	B	132 - 133
3	9	3	1	C	132 - 133
1	10	3	1	A	141 - 159
2	10	3	1	B	141 - 159
3	10	3	1	C	141 - 159
1	1	4	2	A	160
2	1	4	2	B	160
3	1	4	2	C	160
1	2	4	3	A	161 - 162
2	2	4	3	B	161 - 162
3	2	4	3	C	161 - 162
1	3	4	6	A	163
2	3	4	6	B	163
3	3	4	6	C	163
1	4	4	3	A	164
2	4	4	3	B	164
3	4	4	3	C	164
1	5	4	2	A	165 - 167
2	5	4	2	B	165 - 167
3	5	4	2	C	165 - 167
1	6	4	3	A	168 - 169
2	6	4	3	B	168 - 169
3	6	4	3	C	168 - 169
1	7	4	6	A	170 - 171
2	7	4	6	B	170 - 171
3	7	4	6	C	170 - 171
1	8	4	1	A	267
2	8	4	1	B	267
3	8	4	1	C	267
1	1	5	1	A	173 - 175
2	1	5	1	B	173 - 175
3	1	5	1	C	173 - 175
1	2	5	3	A	176 - 177
2	2	5	3	B	176 - 177
3	2	5	3	C	176 - 177
1	3	5	1	A	178 - 179
2	3	5	1	B	178 - 179
3	3	5	1	C	178 - 179
1	4	5	3	A	180 - 182
2	4	5	3	B	180 - 182
3	4	5	3	C	180 - 182
1	5	5	1	A	183 - 187
2	5	5	1	B	183 - 187
3	5	5	1	C	183 - 187
1	6	5	2	A	188 - 190
2	6	5	2	B	188 - 190
3	6	5	2	C	188 - 190
1	7	5	3	A	191 - 194
2	7	5	3	B	191 - 194
3	7	5	3	C	191 - 194
1	8	5	2	A	195 - 196
2	8	5	2	B	195 - 196
3	8	5	2	C	195 - 196
1	9	5	3	A	197 - 198
2	9	5	3	B	197 - 198
3	9	5	3	C	197 - 198
1	10	5	1	A	199 - 202
2	10	5	1	B	199 - 202
3	10	5	1	C	199 - 202
1	1	6	3	A	203
2	1	6	3	B	203
3	1	6	3	C	203
1	2	6	1	A	204
2	2	6	1	B	204
3	2	6	1	C	204
1	3	6	3	A	205 - 206
2	3	6	3	B	205 - 206
3	3	6	3	C	205 - 206
1	4	6	1	A	207 - 208
2	4	6	1	B	207 - 208
3	4	6	1	C	207 - 208
1	5	6	3	A	209
2	5	6	3	B	209
3	5	6	3	C	209
1	6	6	1	A	210 - 213
2	6	6	1	B	210 - 213
3	6	6	1	C	210 - 213
1	7	6	3	A	214 - 215
2	7	6	3	B	214 - 215
3	7	6	3	C	214 - 215
1	8	6	1	A	216 - 220
2	8	6	1	B	216 - 220
3	8	6	1	C	216 - 220
1	9	6	2	A	221
2	9	6	2	B	221
3	9	6	2	C	221
1	10	6	1	A	222 - 228
2	10	6	1	B	222 - 228
3	10	6	1	C	222 - 228
1	1	7	3	A	229
2	1	7	3	B	229
3	1	7	3	C	229
1	2	7	1	A	230 - 233
2	2	7	1	B	230 - 233
3	2	7	1	C	230 - 233
1	3	7	2	A	234
2	3	7	2	B	234
3	3	7	2	C	234
1	4	7	1	A	235 - 254
2	4	7	1	B	235 - 254
3	4	7	1	C	235 - 254
1	5	7	4	A	255
2	5	7	4	B	255
3	5	7	4	C	255
1	6	7	1	A	256 - 258
2	6	7	1	B	256 - 258
3	6	7	1	C	256 - 258
1	7	7	2	A	259
2	7	7	2	B	259
3	7	7	2	C	259
1	8	7	1	A	260 - 261
2	8	7	1	B	260 - 261
3	8	7	1	C	260 - 261
1	9	7	1	A	265 - 266
2	9	7	1	B	265 - 266
3	9	7	1	C	265 - 266
1	1	8	3	Q	7 - 14
2	1	8	3	R	7 - 14
3	1	8	3	S	7 - 14
1	2	8	1	Q	15 - 32
2	2	8	1	R	15 - 32
3	2	8	1	S	15 - 32
1	3	8	3	Q	33 - 40
2	3	8	3	R	33 - 40
3	3	8	3	S	33 - 40
1	4	8	1	Q	41 - 56
2	4	8	1	R	41 - 56
3	4	8	1	S	41 - 56
1	5	8	3	Q	57
2	5	8	3	R	57
3	5	8	3	S	57
1	6	8	1	Q	58 - 61
2	6	8	1	R	58 - 61
3	6	8	1	S	58 - 61
1	7	8	3	Q	62
2	7	8	3	R	62
3	7	8	3	S	62
1	8	8	1	Q	58 - 91
2	8	8	1	R	58 - 91
3	8	8	1	S	58 - 91
1	9	8	3	Q	92 - 94
2	9	8	3	R	92 - 94
3	9	8	3	S	92 - 94
1	10	8	1	Q	95 - 115
2	10	8	1	R	95 - 115
3	10	8	1	S	95 - 115
1	1	9	3	Q	116
2	1	9	3	R	116
3	1	9	3	S	116
1	2	9	1	Q	117 - 130
2	2	9	1	R	117 - 130
3	2	9	1	S	117 - 130
1	3	9	5	Q	131 - 133
2	3	9	5	R	131 - 133
3	3	9	5	S	131 - 133
1	4	9	4	Q	141 - 142
2	4	9	4	R	141 - 142
3	4	9	4	S	141 - 142
1	5	9	3	Q	151 - 159
2	5	9	3	R	151 - 159
3	5	9	3	S	151 - 159
1	6	9	3	Q	161 - 176
2	6	9	3	R	161 - 176
3	6	9	3	S	161 - 176
1	7	9	1	Q	177 - 180
2	7	9	1	R	177 - 180
3	7	9	1	S	177 - 180
1	8	9	3	Q	181 - 185
2	8	9	3	R	181 - 185
3	8	9	3	S	181 - 185
1	9	9	3	Q	190 - 196
2	9	9	3	R	190 - 196
3	9	9	3	S	190 - 196
1	10	9	1	Q	197 - 205
2	10	9	1	R	197 - 205
3	10	9	1	S	197 - 205
1	1	10	2	Q	206 - 214
2	1	10	2	R	206 - 214
3	1	10	2	S	206 - 214
1	2	10	1	Q	215 - 240
2	2	10	1	R	215 - 240
3	2	10	1	S	215 - 240
1	3	10	3	Q	241 - 278
2	3	10	3	R	241 - 278
3	3	10	3	S	241 - 278
1	4	10	2	Q	415 - 421
2	4	10	2	R	415 - 421
3	4	10	2	S	415 - 421
1	5	10	3	Q	422
2	5	10	3	R	422
3	5	10	3	S	422
1	6	10	1	Q	423 - 439
2	6	10	1	R	423 - 439
3	6	10	1	S	423 - 439
1	7	10	3	Q	440 - 446
2	7	10	3	R	440 - 446
3	7	10	3	S	440 - 446
1	8	10	3	Q	456 - 467
2	8	10	3	R	456 - 467
3	8	10	3	S	456 - 467
1	9	10	1	Q	468 - 483
2	9	10	1	R	468 - 483
3	9	10	1	S	468 - 483
1	10	10	3	Q	484 - 492
2	10	10	3	R	484 - 492
3	10	10	3	S	484 - 492
1	1	11	1	Q	493 - 505
2	1	11	1	R	493 - 505
3	1	11	1	S	493 - 505
1	2	11	3	Q	506 - 520
2	2	11	3	R	506 - 520
3	2	11	3	S	506 - 520
1	3	11	1	Q	521 - 525
2	3	11	1	R	521 - 525
3	3	11	1	S	521 - 525
1	4	11	1	Q	530 - 533
2	4	11	1	R	530 - 533
3	4	11	1	S	530 - 533
1	5	11	1	Q	534 - 549
2	5	11	1	R	534 - 549
3	5	11	1	S	534 - 549
1	6	11	1	Q	550 - 553
2	6	11	1	R	550 - 553
3	6	11	1	S	550 - 553
1	1	12	3	Q	279
2	1	12	3	R	279
3	1	12	3	S	279
1	2	12	1	Q	280 - 286
2	2	12	1	R	280 - 286
3	2	12	1	S	280 - 286
1	3	12	2	Q	287 - 288
2	3	12	2	R	287 - 288
3	3	12	2	S	287 - 288
1	4	12	1	Q	289 - 299
2	4	12	1	R	289 - 299
3	4	12	1	S	289 - 299
1	5	12	1	Q	301 - 302
2	5	12	1	R	301 - 302
3	5	12	1	S	301 - 302
1	6	12	1	Q	304 - 318
2	6	12	1	R	304 - 318
3	6	12	1	S	304 - 318
1	7	12	3	Q	319 - 329
2	7	12	3	R	319 - 329
3	7	12	3	S	319 - 329
1	8	12	3	Q	331 - 337
2	8	12	3	R	331 - 337
3	8	12	3	S	331 - 337
1	9	12	2	Q	338 - 341
2	9	12	2	R	338 - 341
3	9	12	2	S	338 - 341
1	10	12	4	Q	345
2	10	12	4	R	345
3	10	12	4	S	345
1	1	13	3	Q	346 - 348
2	1	13	3	R	346 - 348
3	1	13	3	S	346 - 348
1	2	13	2	Q	349 - 351
2	2	13	2	R	349 - 351
3	2	13	2	S	349 - 351
1	3	13	3	Q	352 - 359
2	3	13	3	R	352 - 359
3	3	13	3	S	352 - 359
1	4	13	3	Q	365 - 367
2	4	13	3	R	365 - 367
3	4	13	3	S	365 - 367
1	5	13	1	Q	368 - 376
2	5	13	1	R	368 - 376
3	5	13	1	S	368 - 376
1	1	14	1	Q	380 - 392
2	1	14	1	R	380 - 392
3	1	14	1	S	380 - 392
1	2	14	2	Q	393
2	2	14	2	R	393
3	2	14	2	S	393
1	3	14	3	Q	394 - 395
2	3	14	3	R	394 - 395
3	3	14	3	S	394 - 395
1	4	14	2	Q	396 - 400
2	4	14	2	R	396 - 400
3	4	14	2	S	396 - 400
1	5	14	3	Q	401
2	5	14	3	R	401
3	5	14	3	S	401
1	6	14	5	Q	407 - 408
2	6	14	5	R	407 - 408
3	6	14	5	S	407 - 408
1	7	14	3	Q	411 - 414
2	7	14	3	R	411 - 414
3	7	14	3	S	411 - 414

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.38583, -0.741475, 0.548953), (-0.752107, -0.5974, -0.278297), (0.534295, -0.305496, -0.788163)	-35.675, -26.93, 54.657
2	given	(-0.380984, -0.735909, -0.559722), (0.730438, -0.610712, 0.305765), (-0.566844, -0.292351, 0.770207)	1.354, 4.237, 69.273
3	given	(0.382829, -0.740399, 0.552495), (-0.748136, -0.599331, -0.284773), (0.541973, -0.304322, -0.78336)	-35.659, -26.877, 54.55
4	given	(-0.374865, -0.739484, -0.559142), (0.730622, -0.606905, 0.312822), (-0.570673, -0.291256, 0.767791)	1.281, 4.174, 69.334
5	given	(1), (1), (1)
6	given	(0.382054, -0.751371, 0.53803), (-0.742566, -0.596164, -0.305261), (0.550119, -0.282896, -0.785709)	-35.96402, -25.83834, 54.89409
7	given	(-0.373545, 0.729294, -0.573232), (-0.737488, -0.608321, -0.293354), (-0.56265, 0.31317, 0.765081)	37.25006, 23.86848, -53.62646
8	given	(1), (1), (1)
9	given	(0.383053, -0.752455, 0.535801), (-0.743311, -0.595457, -0.304827), (0.548415, -0.281502, -0.787399)	-35.90758, -25.84453, 55.03253
10	given	(-0.37258, 0.731467, -0.571087), (-0.737537, -0.606899, -0.296163), (-0.563226, 0.310853, 0.765602)	37.17153, 24.0979, -53.55692
11	given	(1), (1), (1)
12	given	(0.387456, -0.75034, 0.5356), (-0.742452, -0.598373, -0.301188), (0.546483, -0.28096, -0.788935)	-35.59795, -26.10445, 55.02672
13	given	(-0.377146, 0.731161, -0.568475), (-0.735769, -0.609329, -0.295572), (-0.562499, 0.306792, 0.767772)	36.93143, 24.06841, -53.75022
14	given	(1), (1), (1)
15	given	(0.391049, -0.746156, 0.538824), (-0.734649, -0.605714, -0.305616), (0.55441, -0.276336, -0.785027)	-35.42058, -26.0034, 55.32904
16	given	(-0.379979, 0.732158, -0.565297), (-0.737264, -0.608798, -0.292928), (-0.558621, 0.305467, 0.771124)	36.68073, 23.85812, -53.90741
17	given	(1), (1), (1)
18	given	(0.401481, -0.752267, 0.522405), (-0.73771, -0.603649, -0.302311), (0.542768, -0.264011, -0.797309)	-34.3078, -26.25784, 56.17042
19	given	(-0.385647, 0.740277, -0.550696), (-0.739698, -0.604818, -0.295027), (-0.551473, 0.293572, 0.780828)	35.7505, 23.81386, -54.18481
20	given	(1), (1), (1)
21	given	(0.389684, -0.755362, 0.526854), (-0.74358, -0.595585, -0.303919), (0.543355, -0.273326, -0.793762)	-35.12664, -25.99972, 55.55422
22	given	(-0.382347, 0.734922, -0.56009), (-0.737743, -0.607768, -0.29386), (-0.556369, 0.300846, 0.774562)	36.2805, 23.81971, -54.03187
23	given	(1), (1), (1)
24	given	(0.386086, -0.753351, 0.532353), (-0.738491, -0.598248, -0.311016), (0.552783, -0.273059, -0.787318)	-35.54553, -25.41391, 55.49051
25	given	(-0.380565, 0.730819, -0.566634), (-0.73846, -0.608994, -0.289486), (-0.556639, 0.308268, 0.771443)	36.716, 23.61721, -53.96901
26	given	(1), (1), (1)
27	given	(0.383958, -0.74834, 0.540892), (-0.739905, -0.599796, -0.304607), (0.552374, -0.283252, -0.783997)	-35.95586, -25.89696, 54.87771
28	given	(-0.377766, 0.72988, -0.569709), (-0.737155, -0.609405, -0.291939), (-0.560264, 0.309679, 0.768247)	36.95549, 23.75672, -53.80813
29	given	(1), (1), (1)
30	given	(0.384405, -0.74718, 0.542176), (-0.741281, -0.599863, -0.301108), (0.550213, -0.286158, -0.784461)	-35.94498, -26.04287, 54.71978
31	given	(-0.37385, 0.727169, -0.575727), (-0.737969, -0.609218, -0.290267), (-0.561816, 0.316352, 0.764384)	37.51352, 23.77587, -53.61886
32	given	(1), (1), (1)
33	given	(0.383806, -0.749077, 0.539979), (-0.739714, -0.599434, -0.305781), (0.552735, -0.28207, -0.784169)	-35.9052, -25.81222, 54.8974
34	given	(-0.374463, 0.730785, -0.570728), (-0.740305, -0.606247, -0.29054), (-0.558324, 0.313717, 0.768021)	36.97086, 23.60106, -53.87592
35	given	(1), (1), (1)
36	given	(0.381602, -0.748052, 0.542954), (-0.742394, -0.597987, -0.302099), (0.550664, -0.287804, -0.783542)	-36.07614, -26.01747, 54.71325
37	given	(-0.373029, 0.732554, -0.569398), (-0.737892, -0.606267, -0.296574), (-0.562463, 0.309523, 0.766701)	36.94576, 24.08813, -53.7212
38	given	(1), (1), (1)
39	given	(0.382971, -0.74734, 0.54297), (-0.740191, -0.599925, -0.303656), (0.552676, -0.28561, -0.782928)	-35.99257, -25.93536, 54.76598
40	given	(-0.375395, 0.730636, -0.570306), (-0.739789, -0.606879, -0.290536), (-0.558383, 0.31284, 0.768336)	36.96508, 23.57652, -53.89859
41	given	(1), (1), (1)
42	given	(0.384643, -0.742734, 0.548084), (-0.738695, -0.603731, -0.299731), (0.553516, -0.289577, -0.780875)	-36.15726, -26.10934, 54.62579
43	given	(-0.377306, 0.731526, -0.567899), (-0.738433, -0.607723, -0.292217), (-0.558889, 0.3091, 0.76948)	36.83431, 23.75626, -54.00787
44	given	(1), (1), (1)
45	given	(0.375829, -0.747124, 0.548232), (-0.743608, -0.596174, -0.302694), (0.552992, -0.293909, -0.779627)	-36.33874, -25.95498, 54.38087
46	given	(-0.377049, 0.725509, -0.575736), (-0.73735, -0.611304, -0.28744), (-0.56049, 0.31614, 0.765445)	37.54118, 23.3975, -53.7442

-
PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE ... , 2種, 6分子 ABCQRS

#1: タンパク質	PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE SMALL SUBUNIT / NIFE HYDROGENLYASE SMALL CHAIN / NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT 分子量: 28347.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) DESULFOVIBRIO FRUCTOSIVORANS JJ (バクテリア) 参照: UniProt: P18187, UniProt: E1K248*PLUS, シトクロムc3ヒドロゲナーゼ
#2: タンパク質	PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE LARGE SUBUNIT / NIFE HYDROGENLYASE LARGE CHAIN / NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT 分子量: 59788.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS JJ (バクテリア) 参照: UniProt: P18188, UniProt: E1K247*PLUS, シトクロムc3ヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 7種, 1733分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター分子量: 295.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON 分子量: 135.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃FeN₂O
#7: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1701 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.3 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: INSIDE GLOVE ANAEROBIC BOX, PEG6000, MES, PH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→22 Å / Num. obs: 123504 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.08→2.11 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 57.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FRV

2frv

解像度: 2.08→21.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.899 / SU B: 11.917 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES - WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23499	6255	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19475	-	-	-
obs	0.19677	117248	87.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.876 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.44 Å²	0 Å²	1.67 Å²
2-	-	-0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→21.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18409	0	180	1701	20290

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	19209
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.32	1.967	26016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.81	5	2415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.737	24.45	773
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.958	15	3055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.261	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	14386
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.418	1.02	9672
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.718	2.293	12083
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.571	1.061	9537
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	743	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	743	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	743	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	359	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	359	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	359	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	354	tight positional	0.09	0.05
1	2	B	354	tight positional	0.1	0.05
1	3	C	354	tight positional	0.11	0.05
1	1	A	148	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	148	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	148	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	147	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	147	tight positional	0.04	0.05
1	3	C	147	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	10	medium positional	0.09	0.2
1	2	B	10	medium positional	0.07	0.2
1	3	C	10	medium positional	0.1	0.2
2	1	A	13	medium positional	0.24	0.2
2	2	B	13	medium positional	0.24	0.2
2	3	C	13	medium positional	0.47	0.2
3	1	A	10	medium positional	0.07	0.2
3	2	B	10	medium positional	0.05	0.2
3	3	C	10	medium positional	0.04	0.2
4	1	A	13	medium positional	0.03	0.2
4	2	B	13	medium positional	0.05	0.2
4	3	C	13	medium positional	0.03	0.2
5	1	A	17	medium positional	0.05	0.2
5	2	B	17	medium positional	0.03	0.2
5	3	C	17	medium positional	0.05	0.2
6	1	A	3	medium positional	0.03	0.2
6	2	B	3	medium positional	0.02	0.2
6	3	C	3	medium positional	0.02	0.2
7	1	A	16	medium positional	0.05	0.2
7	2	B	16	medium positional	0.06	0.2
7	3	C	16	medium positional	0.07	0.2
9	1	Q	22	medium positional	0.05	0.2
9	2	R	22	medium positional	0.04	0.2
9	3	S	22	medium positional	0.03	0.2
10	1	Q	57	medium positional	0.04	0.2
10	2	R	57	medium positional	0.05	0.2
10	3	S	57	medium positional	0.05	0.2
12	1	Q	38	medium positional	0.53	0.2
12	2	R	38	medium positional	0.29	0.2
12	3	S	38	medium positional	0.28	0.2
13	1	Q	17	medium positional	0.05	0.2
13	2	R	17	medium positional	0.04	0.2
13	3	S	17	medium positional	0.03	0.2
14	1	Q	35	medium positional	0.03	0.2
14	2	R	35	medium positional	0.03	0.2
14	3	S	35	medium positional	0.03	0.2
1	1	A	27	loose positional	0.2	5
1	2	B	27	loose positional	0.15	5
1	3	C	27	loose positional	0.25	5
2	1	A	29	loose positional	0.06	5
2	2	B	29	loose positional	0.05	5
2	3	C	29	loose positional	0.04	5
3	1	A	26	loose positional	0.14	5
3	2	B	26	loose positional	0.17	5
3	3	C	26	loose positional	0.1	5
4	1	A	44	loose positional	0.09	5
4	2	B	44	loose positional	0.09	5
4	3	C	44	loose positional	0.14	5
5	1	A	51	loose positional	0.05	5
5	2	B	51	loose positional	0.03	5
5	3	C	51	loose positional	0.04	5
6	1	A	32	loose positional	0.36	5
6	2	B	32	loose positional	0.15	5
6	3	C	32	loose positional	0.27	5
7	1	A	1	loose positional	0.07	5
7	2	B	1	loose positional	0.03	5
7	3	C	1	loose positional	0.05	5
8	1	Q	70	loose positional	0.09	5
8	2	R	70	loose positional	0.08	5
8	3	S	70	loose positional	0.12	5
9	1	Q	140	loose positional	0.08	5
9	2	R	140	loose positional	0.06	5
9	3	S	140	loose positional	0.08	5
10	1	Q	273	loose positional	0.12	5
10	2	R	273	loose positional	0.07	5
10	3	S	273	loose positional	0.07	5
12	1	Q	76	loose positional	0.26	5
12	2	R	76	loose positional	0.25	5
12	3	S	76	loose positional	0.43	5
13	1	Q	48	loose positional	0.07	5
13	2	R	48	loose positional	0.06	5
13	3	S	48	loose positional	0.04	5
14	1	Q	26	loose positional	0.06	5
14	2	R	26	loose positional	0.06	5
14	3	S	26	loose positional	0.09	5
1	1	A	350	tight thermal	3.73	1
1	2	B	350	tight thermal	1.08	1
1	3	C	350	tight thermal	3.44	1
2	1	A	197	tight thermal	4.17	1
2	2	B	197	tight thermal	1.42	1
2	3	C	197	tight thermal	4.41	1
3	1	A	360	tight thermal	4.44	1
3	2	B	360	tight thermal	2.93	1
3	3	C	360	tight thermal	2.2	1
4	1	A	44	tight thermal	4.11	1
4	2	B	44	tight thermal	1.9	1
4	3	C	44	tight thermal	2.54	1
5	1	A	177	tight thermal	4.52	1
5	2	B	177	tight thermal	5.52	1
5	3	C	177	tight thermal	1.94	1
6	1	A	163	tight thermal	3.41	1
6	2	B	163	tight thermal	4.47	1
6	3	C	163	tight thermal	1.26	1
7	1	A	263	tight thermal	3.67	1
7	2	B	263	tight thermal	3.38	1
7	3	C	263	tight thermal	1.1	1
8	1	Q	809	tight thermal	3.4	1
8	2	R	809	tight thermal	1.87	1
8	3	S	809	tight thermal	3.25	1
9	1	Q	377	tight thermal	3.72	1
9	2	R	377	tight thermal	2.14	1
9	3	S	377	tight thermal	5.69	1
10	1	Q	743	tight thermal	3.96	1
10	2	R	743	tight thermal	2.09	1
10	3	S	743	tight thermal	3.4	1
12	1	Q	354	tight thermal	4.3	1
12	2	R	354	tight thermal	1.52	1
12	3	S	354	tight thermal	4.37	1
13	1	Q	148	tight thermal	4.44	1
13	2	R	148	tight thermal	1.07	1
13	3	S	148	tight thermal	5.06	1
14	1	Q	147	tight thermal	4.61	1
14	2	R	147	tight thermal	1.25	1
14	3	S	147	tight thermal	5.05	1
1	1	A	10	medium thermal	2.99	2
1	2	B	10	medium thermal	1.83	2
1	3	C	10	medium thermal	4.78	2
2	1	A	13	medium thermal	4.29	2
2	2	B	13	medium thermal	2.29	2
2	3	C	13	medium thermal	6.01	2
3	1	A	10	medium thermal	4.48	2
3	2	B	10	medium thermal	1.53	2
3	3	C	10	medium thermal	2.98	2
4	1	A	13	medium thermal	4.01	2
4	2	B	13	medium thermal	2.28	2
4	3	C	13	medium thermal	1.84	2
5	1	A	17	medium thermal	4.78	2
5	2	B	17	medium thermal	6.55	2
5	3	C	17	medium thermal	1.85	2
6	1	A	3	medium thermal	3.91	2
6	2	B	3	medium thermal	5.05	2
6	3	C	3	medium thermal	1.14	2
7	1	A	16	medium thermal	3.22	2
7	2	B	16	medium thermal	1.71	2
7	3	C	16	medium thermal	2.16	2
9	1	Q	22	medium thermal	2.06	2
9	2	R	22	medium thermal	1.93	2
9	3	S	22	medium thermal	3.9	2
10	1	Q	57	medium thermal	4.28	2
10	2	R	57	medium thermal	2.07	2
10	3	S	57	medium thermal	5.73	2
12	1	Q	38	medium thermal	4.01	2
12	2	R	38	medium thermal	1.72	2
12	3	S	38	medium thermal	5.13	2
13	1	Q	17	medium thermal	4.6	2
13	2	R	17	medium thermal	1.01	2
13	3	S	17	medium thermal	5.58	2
14	1	Q	35	medium thermal	5.46	2
14	2	R	35	medium thermal	0.91	2
14	3	S	35	medium thermal	5.37	2
1	1	A	27	loose thermal	2.8	10
1	2	B	27	loose thermal	1.07	10
1	3	C	27	loose thermal	2.94	10
2	1	A	29	loose thermal	4.35	10
2	2	B	29	loose thermal	1.15	10
2	3	C	29	loose thermal	4.83	10
3	1	A	26	loose thermal	4.59	10
3	2	B	26	loose thermal	2.44	10
3	3	C	26	loose thermal	3.25	10
4	1	A	44	loose thermal	4.75	10
4	2	B	44	loose thermal	2.19	10
4	3	C	44	loose thermal	3.22	10
5	1	A	51	loose thermal	4.9	10
5	2	B	51	loose thermal	6.97	10
5	3	C	51	loose thermal	2.67	10
6	1	A	32	loose thermal	3.84	10
6	2	B	32	loose thermal	4.93	10
6	3	C	32	loose thermal	1.25	10
7	1	A	1	loose thermal	1.11	10
7	2	B	1	loose thermal	2.02	10
7	3	C	1	loose thermal	0.91	10
8	1	Q	70	loose thermal	3.38	10
8	2	R	70	loose thermal	2.29	10
8	3	S	70	loose thermal	4.58	10
9	1	Q	140	loose thermal	3.81	10
9	2	R	140	loose thermal	2.54	10
9	3	S	140	loose thermal	5.98	10
10	1	Q	273	loose thermal	4.01	10
10	2	R	273	loose thermal	2.69	10
10	3	S	273	loose thermal	2.92	10
12	1	Q	76	loose thermal	4.61	10
12	2	R	76	loose thermal	1.43	10
12	3	S	76	loose thermal	5.13	10
13	1	Q	48	loose thermal	4.45	10
13	2	R	48	loose thermal	1.16	10
13	3	S	48	loose thermal	4.38	10
14	1	Q	26	loose thermal	4.32	10
14	2	R	26	loose thermal	2.53	10
14	3	S	26	loose thermal	5.33	10

LS精密化シェル

解像度: 2.08→2.134 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	336	-
R_work	0.233	5893	-
obs	-	-	60.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8111	-0.049	-0.3375	0.7361	-0.0584	1.1401	0.0024	0.0028	0.0835	0.0875	0.0325	-0.0507	-0.1275	0.0372	-0.0349	0.0384	-0.0061	-0.0502	0.0378	0.0107	0.16	12.3463	14.7855	5.1264
2	0.4873	0.0465	-0.0408	0.7434	0.1075	0.8723	0.0056	-0.0365	-0.0547	0.1719	0.0037	-0.0436	0.1633	0.0394	-0.0093	0.0713	0.0072	-0.0472	0.0473	0.0065	0.1533	8.0942	-6.8015	14.9962
3	0.8506	-0.0959	-0.0761	0.9587	-0.1045	1.3928	-0.0833	-0.0991	-0.2136	0.2462	-0.061	0.259	0.2939	-0.2131	0.1443	0.2329	-0.0357	0.0799	0.2216	0.0275	0.2842	-39.0545	-46.4796	52.7081
4	0.6704	-0.1152	-0.1801	0.8708	0.3283	1.1145	-0.0611	-0.1414	-0.0022	0.1985	0.0781	-0.0385	0.0597	0.1511	-0.0169	0.1374	0.0225	-0.0185	0.1932	0.0107	0.1636	-19.2318	-33.1029	49.2412
5	1.053	0.5451	-0.7504	1.4163	-0.3927	2.2632	0.1118	-0.1127	0.0267	0.187	-0.1243	0.225	0.1417	-0.2452	0.0125	0.2103	-0.0451	0.0239	0.2081	-0.064	0.1822	-16.8986	5.7527	61.7759
6	1.1008	0.3959	-0.5696	1.2576	-0.1106	1.9066	0.3212	-0.4364	0.1407	0.3988	-0.2699	0.0856	-0.319	0.1961	-0.0513	0.4168	-0.1823	0.0636	0.3155	-0.0922	0.1522	-5.0769	18.9012	78.183

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 264
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	265 - 267
3	X-RAY DIFFRACTION	2	Q	6 - 549
4	X-RAY DIFFRACTION	2	Q	550 - 553
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 264
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	265 - 267
7	X-RAY DIFFRACTION	4	R	5 - 549
8	X-RAY DIFFRACTION	4	R	550 - 553
9	X-RAY DIFFRACTION	5	C	5 - 264
10	X-RAY DIFFRACTION	5	C	265 - 267
11	X-RAY DIFFRACTION	6	S	6 - 549
12	X-RAY DIFFRACTION	6	S	550 - 553

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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PERIPLASMIC [NIFE] HYDROGENASE ... , 2種, 6分子 ABCQRS

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非ポリマー , 7種, 1733分子

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万見について

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)