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- PDB-4ue6: Structure of methylene blue-treated anaerobically purified D. fru... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ue6
タイトルStructure of methylene blue-treated anaerobically purified D. fructosovorans NiFe-hydrogenase
要素
  • HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
  • NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / NI-SIB STATE
機能・相同性
機能・相同性情報


シトクロムc3ヒドロゲナーゼ / cytochrome-c3 hydrogenase activity / ferredoxin hydrogenase complex / ferredoxin hydrogenase activity / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / nickel cation binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / ペリプラズム / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. ...Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2 / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B / Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B / [NiFe]-hydrogenase, small subunit / Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, C-terminal domain superfamily / NiFe/NiFeSe hydrogenase small subunit C-terminal / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 2. / Nickel-dependent hydrogenases large subunit signature 1. / [NiFe]-hydrogenase, small subunit, N-terminal domain superfamily / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit, nickel binding site / Nickel-dependent hydrogenase, large subunit / Nickel-dependent hydrogenase / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Few Secondary Structures / イレギュラー / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON / NICKEL (II) ION / 鉄・硫黄クラスター / Nickel-dependent hydrogenase large subunit / シトクロムc3ヒドロゲナーゼ / Periplasmic [NiFe] hydrogenase small subunit / Periplasmic [NiFe] hydrogenase large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Volbeda, A. / Martin, L. / Liebgott, P.-P. / Fontecilla-Camps, J.C.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2015
タイトル: [Nife]-Hydrogenases Revisited: Nickel-Carboxamido Bond Formation in a Variant with Accrued O2-Tolerance and a Tentative Re-Interpretation of Ni-Si States.
著者: Volbeda, A. / Martin, L. / Liebgott, P.-P. / De Lacey, A.L. / Fontecilla-Camps, J.C.
履歴
登録2014年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
B: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
C: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
Q: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
R: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
S: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,89033
ポリマ－264,4076
非ポリマー4,48327
水18,8801048
1
B: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
R: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,72212
ポリマ－88,1362
非ポリマー1,58610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9630 Å2
ΔGint-121.6 kcal/mol
Surface area25280 Å2
手法PISA
2
C: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
S: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4469
ポリマ－88,1362
非ポリマー1,3107
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8800 Å2
ΔGint-122.3 kcal/mol
Surface area25120 Å2
手法PISA
3
A: HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA
Q: NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,72212
ポリマ－88,1362
非ポリマー1,58610
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-121.9 kcal/mol
Surface area25100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.280, 99.550, 184.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
12A
22B
32C
13A
23B
33C
14A
24B
34C
15A
25B
35C
16A
26B
36C
17Q
27R
37S
18Q
28R
38S
19Q
29R
39S
110Q
210R
310S

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
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2113B7
3113C7
1211A8 - 27
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1413A30
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1511A31 - 36
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1613A37 - 39
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3613C37 - 39
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1911A55 - 57
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3911C55 - 57
11011A59 - 60
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31011C59 - 60
1121A63 - 64
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3421C69 - 70
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1253A203
2253B203
3253C203
1351A204
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1373Q33 - 40
2373R33 - 40
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1471Q41 - 56
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1571Q58 - 91
2571R58 - 91
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1673Q93 - 94
2673R93 - 94
3673S93 - 94
1771Q95 - 115
2771R95 - 115
3771S95 - 115
1871Q117 - 121
2871R117 - 121
3871S117 - 121
1971Q123 - 130
2971R123 - 130
3971S123 - 130
11071Q132 - 133
21071R132 - 133
31071S132 - 133
1181Q41 - 142
2181R41 - 142
3181S41 - 142
1283Q151 - 159
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1383Q161 - 176
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1583Q181 - 188
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1683Q190 - 194
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1781Q195 - 205
2781R195 - 205
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1883Q206 - 214
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3883S206 - 214
1981Q215 - 240
2981R215 - 240
3981S215 - 240
11083Q241 - 279
21083R241 - 279
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1191Q280 - 286
2191R280 - 286
3191S280 - 286
1291Q289 - 299
2291R289 - 299
3291S289 - 299
1391Q301 - 318
2391R301 - 318
3391S301 - 318
1493Q319 - 341
2493R319 - 341
3493S319 - 341
1593Q345 - 358
2593R345 - 358
3593S345 - 358
1691Q368 - 376
2691R368 - 376
3691S368 - 376
1791Q380 - 392
2791R380 - 392
3791S380 - 392
1893Q393 - 402
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3893S393 - 402
1993Q406 - 422
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3993S406 - 422
11091Q423 - 439
21091R423 - 439
31091S423 - 439
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12103Q465 - 467
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13101Q468 - 483
23101R468 - 483
33101S468 - 483
14103Q484 - 492
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34103S484 - 492
15101Q493 - 508
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16103Q510 - 520
26103R510 - 520
36103S510 - 520
17101Q521 - 525
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18103Q529 - 531
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NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.386253, -0.75618, 0.528204), (-0.748516, -0.591593, -0.29957), (0.539011, -0.279659, -0.794517)14.7911, 82.12025, 47.6438
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4given(1), (1), (1)
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8given(0.391841, -0.75521, 0.525471), (-0.749158, -0.593443, -0.294257), (0.534063, -0.278359, -0.798307)14.73045, 81.94951, 47.85855
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10given(1), (1), (1)
11given(0.396579, -0.758499, 0.517111), (-0.746475, -0.594318, -0.299266), (0.534322, -0.267328, -0.801895)15.26921, 82.09875, 47.48555
12given(0.389865, 0.744908, 0.541403), (0.745704, -0.600333, 0.289007), (0.540306, 0.291052, -0.78953)-99.88671, 3.26358, 78.43426
13given(1), (1), (1)
14given(0.396504, -0.756169, 0.52057), (-0.741207, -0.59826, -0.304462), (0.541661, -0.26513, -0.79769)15.01963, 82.53719, 46.93573
15given(0.386145, 0.74406, 0.545221), (0.748265, -0.598314, 0.286567), (0.539436, 0.297314, -0.78779)-100.27481, 3.48692, 77.81779
16given(1), (1), (1)
17given(0.390438, -0.755162, 0.526582), (-0.741932, -0.596744, -0.305668), (0.545063, -0.271343, -0.793271)14.71746, 82.54634, 46.90356
18given(0.384773, 0.7416, 0.549526), (0.746459, -0.600202, 0.287326), (0.542908, 0.299644, -0.784516)-100.69889, 3.50438, 77.23779
19given(1), (1), (1)
20given(0.386635, -0.752056, 0.533784), (-0.744759, -0.595981, -0.300235), (0.543919, -0.281459, -0.790527)14.26851, 82.30283, 47.41609
21given(0.381279, 0.739968, 0.554143), (0.74453, -0.601112, 0.290413), (0.547998, 0.301847, -0.780119)-101.13988, 3.20354, 76.54575
22given(1), (1), (1)
23given(0.386631, -0.752285, 0.533464), (-0.744804, -0.595827, -0.300429), (0.54386, -0.281171, -0.79067)14.30446, 82.30746, 47.41046
24given(0.381688, 0.739604, 0.554347), (0.744618, -0.601372, 0.289648), (0.547594, 0.302221, -0.780259)-101.13984, 3.31264, 76.53809
25given(1), (1), (1)
26given(0.384196, -0.751549, 0.536253), (-0.746001, -0.594906, -0.299281), (0.543945, -0.285063, -0.789217)14.20842, 82.25901, 47.60435
27given(0.382658, 0.738264, 0.555463), (0.742986, -0.603249, 0.289934), (0.54913, 0.301756, -0.779358)-101.12726, 3.40369, 76.48495
28given(1), (1), (1)
29given(0.386292, -0.752297, 0.533692), (-0.745006, -0.595617, -0.300344), (0.543825, -0.281583, -0.790548)14.29526, 82.29076, 47.42966
30given(0.382669, 0.738818, 0.554719), (0.743367, -0.602754, 0.289988), (0.548607, 0.301391, -0.779868)-101.12193, 3.35878, 76.55493
31given(0.388163, -0.746939, 0.539825), (-0.756138, -0.59299, -0.276799), (0.526863, -0.300739, -0.794966)30.009, 73.048, 54.657
32given(0.384604, 0.744155, 0.546181), (0.740444, -0.602026, 0.298844), (0.551202, 0.289479, -0.782546)-5.766, 53.688, 114.902
33given(0.385762, -0.744971, 0.544248), (-0.752055, -0.595617, -0.282229), (0.534416, -0.300431, -0.790026)30, 73.137, 54.568
34given(0.381373, 0.744326, 0.548209), (0.739317, -0.601592, 0.302486), (0.554946, 0.28994, -0.779724)-5.788, 53.661, 114.826

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 6分子 ABCQRS

#1: タンパク質 HYDROGENASE (NIFE) SMALL SUBUNIT HYDA / NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT


分子量: 28347.314 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
参照: UniProt: E1K248, UniProt: P18187*PLUS, シトクロムc3ヒドロゲナーゼ
#2: タンパク質 NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT / / NIFE-HYDROGENASE LARGE SUBUNIT


分子量: 59788.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS (バクテリア)
参照: UniProt: E1K247, UniProt: P18188*PLUS, シトクロムc3ヒドロゲナーゼ

-
非ポリマー , 7種, 1075分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 295.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-FCO / CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON


分子量: 135.890 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3FeN2O
#7: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION / ニッケル


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1048 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.2
詳細: CRYSTAL GROWN IN GLOVE BOX, PEG6000, MES, PH 6.2, SOAKED 2 HOURS IN A METHYLENE BLUE SOLUTION BEFORE FLASH-FREEZING AND DATA COLLECTION

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→23.9 Å / Num. obs: 99290 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 76.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FRV

2frv


解像度: 2.3→23.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 12.289 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES - WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18141 4970 5 %RANDOM
Rwork0.15066 ---
obs0.15219 94319 94.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.856 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.59 Å20 Å21.41 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3----1.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→23.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18403 0 150 1048 19601
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01919102
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3581.96525889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.86652411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.41424.399766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.323153021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4911572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.22835
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02114338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0242.1359662
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6093.59912067
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6682.3149440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A590tight positional0.020.03
12B590tight positional0.020.03
13C590tight positional0.020.03
11A26loose positional0.027
12B26loose positional0.027
13C26loose positional0.027
21A28loose positional0.027
22B28loose positional0.027
23C28loose positional0.027
31A47loose positional0.027
32B47loose positional0.027
33C47loose positional0.027
41A61loose positional0.027
42B61loose positional0.027
43C61loose positional0.027
51A30loose positional0.027
52B30loose positional0.037
53C30loose positional0.027
61A11loose positional0.037
62B11loose positional0.037
63C11loose positional0.037
71Q64loose positional0.067
72R64loose positional0.067
73S64loose positional0.127
81Q323loose positional0.027
82R323loose positional0.027
83S323loose positional0.027
91Q243loose positional0.047
92R243loose positional0.047
93S243loose positional0.057
101Q195loose positional0.097
102R195loose positional0.127
103S195loose positional0.067
11A360tight thermal1.421.5
12B360tight thermal1.541.5
13C360tight thermal1.561.5
21A187tight thermal1.251.5
22B187tight thermal1.131.5
23C187tight thermal1.261.5
31A387tight thermal1.311.5
32B387tight thermal1.481.5
33C387tight thermal1.541.5
41A153tight thermal2.081.5
42B153tight thermal2.251.5
43C153tight thermal1.361.5
51A150tight thermal1.321.5
52B150tight thermal1.981.5
53C150tight thermal1.491.5
61A278tight thermal1.291.5
62B278tight thermal1.251.5
63C278tight thermal1.071.5
71Q902tight thermal1.141.5
72R902tight thermal1.271.5
73S902tight thermal1.381.5
81Q1441tight thermal1.441.5
82R1441tight thermal1.451.5
83S1441tight thermal1.821.5
91Q813tight thermal1.621.5
92R813tight thermal1.471.5
93S813tight thermal1.881.5
101Q590tight thermal1.171.5
102R590tight thermal1.341.5
103S590tight thermal1.451.5
11A26loose thermal1.8415
12B26loose thermal2.0415
13C26loose thermal2.5715
21A28loose thermal6.1715
22B28loose thermal2.1115
23C28loose thermal5.2515
31A47loose thermal3.515
32B47loose thermal3.3615
33C47loose thermal2.6115
41A61loose thermal2.3115
42B61loose thermal2.4415
43C61loose thermal1.7115
51A30loose thermal315
52B30loose thermal4.0415
53C30loose thermal1.9615
61A11loose thermal2.315
62B11loose thermal1.4615
63C11loose thermal1.1415
71Q64loose thermal2.7415
72R64loose thermal2.7915
73S64loose thermal4.4515
81Q323loose thermal2.7715
82R323loose thermal2.615
83S323loose thermal3.0315
91Q243loose thermal2.615
92R243loose thermal2.3815
93S243loose thermal2.9215
101Q195loose thermal2.3215
102R195loose thermal2.6315
103S195loose thermal2.915
LS精密化 シェル解像度: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 292 -
Rwork0.235 5118 -
obs--70.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2321-0.2066-0.66160.6276-0.05731.2765-0.0043-0.03850.12230.05790.0283-0.0041-0.14960.0008-0.0240.08540.003-0.06310.00580.010.11612.596514.82155.0701
20.5460.0017-0.02650.61330.00530.8564-0.0209-0.0551-0.03860.04010.0171-0.03370.1230.02220.00380.09720.0048-0.04850.02860.01460.13228.0925-6.615714.997
31.0583-0.07340.02151.0431-0.20131.7388-0.0476-0.0648-0.15860.0939-0.03560.20590.3757-0.23250.08320.1537-0.04540.02160.10470.02610.222726.555353.307852.7763
40.6521-0.0763-0.06630.78140.11241.0031-0.0301-0.1073-0.03140.07020.0213-0.05540.1310.16330.00880.07160.03-0.05140.10950.02210.14446.235166.765349.0748
50.6838-0.1826-0.3961.32670.57912.25730.07510.07-0.0504-0.0074-0.0608-0.16220.06770.2138-0.01430.05630.0128-0.07010.08150.03230.13212.742555.5683122.2336
60.7574-0.075-0.24910.79850.11191.47620.17290.27010.1405-0.1018-0.1041-0.0486-0.2804-0.121-0.06890.1590.1023-0.02170.1980.05420.16230.583768.1908105.7498
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 264
2X-RAY DIFFRACTION1A1265 - 1267
3X-RAY DIFFRACTION2Q5 - 549
4X-RAY DIFFRACTION2Q1550 - 1553
5X-RAY DIFFRACTION3B3 - 264
6X-RAY DIFFRACTION3B1265 - 1267
7X-RAY DIFFRACTION4R6 - 549
8X-RAY DIFFRACTION4R1550 - 1553
9X-RAY DIFFRACTION5C5 - 264
10X-RAY DIFFRACTION5C1265 - 1267
11X-RAY DIFFRACTION6S6 - 549
12X-RAY DIFFRACTION6S1550 - 1553

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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