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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4u4i | ||||||
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タイトル | Megavirus chilensis superoxide dismutase | ||||||
要素 | Cu/Zn superoxide dismutase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / Cu-Zn Superoxide dismutase / metal-free | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Megavirus chiliensis (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Lartigue, A. / Claverie, J.-M. / Burlat, B. / Coutard, B. / Abergel, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015 タイトル: The megavirus chilensis cu,zn-superoxide dismutase: the first viral structure of a typical cellular copper chaperone-independent hyperstable dimeric enzyme. 著者: Lartigue, A. / Burlat, B. / Coutard, B. / Chaspoul, F. / Claverie, J.M. / Abergel, C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr. Sect. F Struct. Biol. Cryst. Commun. 年: 2012 タイトル: Preliminary crystallographic analysis of the Megavirus superoxide dismutase. 著者: Lartigue, A. / Philippe, N. / Jeudy, S. / Abergel, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4u4i.cif.gz | 60.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4u4i.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4u4i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4u4i_validation.pdf.gz | 438.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4u4i_full_validation.pdf.gz | 441.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4u4i_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4u4i_validation.cif.gz | 16.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/4u4i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u4/4u4i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17808.688 Da / 分子数: 2 / 変異: M1GPGS / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Environmental chile / 由来: (組換発現) Megavirus chiliensis (ウイルス) / 遺伝子: mg277 / プラスミド: modified pETDuet 詳細 (発現宿主): human rhinovirus 3C protease cleavage site inserted 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: G5CS11, superoxide dismutase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.55 % / 解説: rods |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M sodium acetate buffer, 20%(w/v) PEG 4000, 20%(v/v) MPD PH範囲: 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K Ambient temp details: oscillation angle 0.5, distance 291.72mm, 380 images |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9792 / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→39.14 Å / Num. obs: 15785 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.9 % / Biso Wilson estimate: 33.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→38.04 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.83 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection Rfree: 11 % / % reflection obs: 100 %
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