[日本語] English
万見
- PDB-4sga: STRUCTURES OF PRODUCT AND INHIBITOR COMPLEXES OF STREPTOMYCES GRI... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4sga
タイトルSTRUCTURES OF PRODUCT AND INHIBITOR COMPLEXES OF STREPTOMYCES GRISEUS PROTEASE A AT 1.8 ANGSTROMS RESOLUTION. A MODEL FOR SERINE PROTEASE CATALYSIS
要素
  • PROTEINASE A (SGPA)
  • TETRAPEPTIDE ACE-PRO-ALA-PRO-PHE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEINASE (セリンプロテアーゼ) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ストレプトグリシンA / serine-type endopeptidase activity / タンパク質分解 / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold ...Peptidase S1A, alpha-lytic prodomain / Alpha-lytic protease prodomain / Peptidase S1A, streptogrisin / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / トリプシン / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Sielecki, A.R. / James, M.N.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Structures of product and inhibitor complexes of Streptomyces griseus protease A at 1.8 A resolution. A model for serine protease catalysis.
著者: James, M.N. / Sielecki, A.R. / Brayer, G.D. / Delbaere, L.T. / Bauer, C.A.
#1: ジャーナル: Proceedings of the Daresbury Study Weekend: Refinement of Protein Structures
年: 1981
タイトル: The Importance of Refined Structures to the Understanding of Enzyme Action
著者: Sielecki, A.R. / James, M.N.G.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: Protein Structure Refinement. Streptomyces Griseus Serine Protease A at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Sielecki, A.R. / Hendrickson, W.A. / Broughton, C.G. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D. / James, M.N.G.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Electron Density Calculations as an Extension of Protein Structure Refinement. Streptomyces Griseus Protease at 1.5 Angstroms Resolution
著者: Moult, J. / Sussman, F. / James, M.N.G.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1979
タイトル: Crystallographic and Kinetic Investigations of the Covalent Complex Formed by a Specific Tetrapeptide Aldehyde and the Serine Protease from Streptomyces Griseus
著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G. / Bauer, C.-A. / Thompson, R.C.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Molecular Structure of Crystalline Streptomyces Griseus Protease A at 2.8 Angstroms Resolution. II. Molecular Conformation, Comparison with Alpha-Chymotrypsin and Active-Site Geometry
著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1978
タイトル: Molecular Structure of Crystalline Streptomyces Griseus Protease A at 2.8 Angstroms Resolution. I. Crystallization, Data Collection and Structural Analysis
著者: Brayer, G.D. / Delbaere, L.T.J. / James, M.N.G.
#7: ジャーナル: Can.J.Biochem. / 年: 1978
タイトル: Amino Acid Sequence Alignment of Bacterial and Mammalian Pancreatic Serine Proteases Based on Topological Equivalences
著者: James, M.N.G. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D.
#8: ジャーナル: Nature / 年: 1975
タイトル: Tertiary Structural Differences between Microbial Serine Proteases and Pancreatic Serine Enzymes
著者: Delbaere, L.T.J. / Hutcheon, W.L.B. / James, M.N.G. / Thiessen, W.E.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1980
タイトル: Structure of the Complex Formed between the Bacterial-Produced Inhibitor Chymostatin and the Serine Enzyme Streptomyces Griseus Protease A
著者: Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D.
#10: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1985
タイトル: Refined Structure of Alpha-Lytic Protease at 1.7 Angstroms Resolution: Analysis of Hydrogen Bonding and Solvent Structure
著者: Fujinaga, M. / Delbaere, L.T.J. / Brayer, G.D. / James, M.N.G.
履歴
登録1990年5月29日-
改定 1.01991年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42013年3月13日Group: Other

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
E: PROTEINASE A (SGPA)
P: TETRAPEPTIDE ACE-PRO-ALA-PRO-PHE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,4732
ポリマ－18,4732
非ポリマー00
水3,315184
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.200, 55.200, 54.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Atom site foot note1: THE SIDE CHAIN OF ARG E 221 IS VERY DISORDERED. COORDINATES FOR THE ATOMS BEYOND CB HAVE BEEN OMITTED.
2: RESIDUE E 99A IS A CIS-PROLINE.
3: SOLVENT 229, ALTHOUGH REFINED AS AN OXYGEN ATOM, HAS BEEN INTERPRETED AS A NA+ ION. SEE REFERENCE 2 ABOVE FOR FURTHER DETAILS.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-252-

HOH

21E-279-

HOH

31E-292-

HOH

41E-351-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 PROTEINASE A (SGPA)


分子量: 18016.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌)
参照: UniProt: P00776
#2: タンパク質・ペプチド TETRAPEPTIDE ACE-PRO-ALA-PRO-PHE


分子量: 456.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.54 %
結晶化
*PLUS
pH: 4.1 / 手法: equilibrium dialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11 %(w/v)protein1drop
21.3 M1dropNaH2PO4

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / Num. obs: 15285 / Observed criterion σ(I): 3 / Num. measured all: 12169 / Rmerge(I) obs: 0.102

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→10 Å / Rfactor obs: 0.116
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1293 0 0 184 1477
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0360.046
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0150.018
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1480.18
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2070.4
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.147
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.96
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.8 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 12662 / σ(I): 3 / Rfactor obs: 0.116
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 13.9 Å2

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る