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万見
- PDB-4ry5: C-terminal mutant (W550N) of HCV/J4 RNA polymerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ry5
タイトルC-terminal mutant (W550N) of HCV/J4 RNA polymerase
要素HCV J4 RNA polymerase (NS5B)
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Hepatitis C virus (C型肝炎ウイルス) / replication (DNA複製) / function analysis / viral RNA polymerase / RdRp (RNA依存性RNAポリメラーゼ) / RNA RNTP MG / nucleotide transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / : ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / molecular adaptor activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / ribonucleoprotein complex / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b ...Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus isolate HC-J4 (C型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Jaeger, J. / Cherry, A. / Dennis, C.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Hydrophobic and Charged Residues in the C-Terminal Arm of Hepatitis C Virus RNA-Dependent RNA Polymerase Regulate Initiation and Elongation.
著者: Cherry, A.L. / Dennis, C.A. / Baron, A. / Eisele, L.E. / Thommes, P.A. / Jaeger, J.
履歴
登録2014年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HCV J4 RNA polymerase (NS5B)
B: HCV J4 RNA polymerase (NS5B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,9578
ポリマ－126,7692
非ポリマー1,1886
水7,638424
1
A: HCV J4 RNA polymerase (NS5B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9794
ポリマ－63,3851
非ポリマー5943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: HCV J4 RNA polymerase (NS5B)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9794
ポリマ－63,3851
非ポリマー5943
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.490, 107.946, 133.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HCV J4 RNA polymerase (NS5B) / RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 63384.633 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2420-2989 / 変異: W550N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus isolate HC-J4 (C型肝炎ウイルス)
遺伝子: NS5B / プラスミド: pET23A / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O92972, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP / ウリジン三リン酸


分子量: 484.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 424 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.89 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 50 mM MES, pH 5.0, 20% PEG4000, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→21.88 Å / Num. all: 40622 / Num. obs: 42052 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 1.4 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.3 % / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 12.2
反射 シェル解像度: 2.71→2.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX1.8.4精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1NB4

1nb4


解像度: 2.71→19.98 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2485 2704 6.67 %RANDOM
Rwork0.1656 ---
obs0.1711 40562 96.9 %-
all-40622 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8784 0 62 424 9270
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0099094
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2712366
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6513500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0181570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.75930.31711390.221914X-RAY DIFFRACTION94
2.7593-2.81220.28381150.22221913X-RAY DIFFRACTION94
2.8122-2.86950.34511330.21311934X-RAY DIFFRACTION95
2.8695-2.93170.30581450.21391938X-RAY DIFFRACTION95
2.9317-2.99970.31331230.20061934X-RAY DIFFRACTION95
2.9997-3.07440.29491350.19981963X-RAY DIFFRACTION96
3.0744-3.15720.31531350.18721968X-RAY DIFFRACTION96
3.1572-3.24970.27851420.18611947X-RAY DIFFRACTION96
3.2497-3.35420.27761390.1791984X-RAY DIFFRACTION97
3.3542-3.47340.28781540.17181978X-RAY DIFFRACTION97
3.4734-3.61170.25081550.15671979X-RAY DIFFRACTION98
3.6117-3.77510.21481470.15522024X-RAY DIFFRACTION98
3.7751-3.97260.21341520.13932004X-RAY DIFFRACTION98
3.9726-4.21930.20921350.13472037X-RAY DIFFRACTION98
4.2193-4.54160.21081170.12112051X-RAY DIFFRACTION98
4.5416-4.99220.21591490.12592050X-RAY DIFFRACTION99
4.9922-5.69980.21731730.1542022X-RAY DIFFRACTION98
5.6998-7.12660.22771490.17192074X-RAY DIFFRACTION98
7.1266-19.98080.19931670.15922144X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.38780.15260.28190.7280.15640.68820.10940.0495-0.22110.0318-0.0093-0.1240.35940.0486-0.02680.23110.0164-0.03640.1303-0.0190.224225.614258.091955.3785
20.07280.0028-0.01060.3689-0.30590.69390.0098-0.0268-0.0070.0788-0.0404-0.0679-0.00280.05060.01810.0965-0.0117-0.0240.13740.00090.126525.11247.124926.5963
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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