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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4rrm | ||||||
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タイトル | E129A mutant of N-terminal editing domain of threonyl-tRNA synthetase from Aeropyrum pernix with L-Thr3AA | ||||||
要素 | Probable threonine--tRNA ligase 2 | ||||||
キーワード | LIGASE / DTD-like fold / Proofreading | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 threonyl-tRNA aminoacylation / threonine-tRNA ligase activity / aminoacyl-tRNA editing activity / tRNA binding / zinc ion binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Ahmad, S. / Muthukumar, S. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Specificity and catalysis hardwired at the RNA-protein interface in a translational proofreading enzyme. 著者: Ahmad, S. / Muthukumar, S. / Kuncha, S.K. / Routh, S.B. / Yerabham, A.S. / Hussain, T. / Kamarthapu, V. / Kruparani, S.P. / Sankaranarayanan, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4rrm.cif.gz | 75.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4rrm.ent.gz | 55.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4rrm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4rrm_validation.pdf.gz | 739.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4rrm_full_validation.pdf.gz | 740.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4rrm_validation.xml.gz | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4rrm_validation.cif.gz | 12.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/4rrm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rr/4rrm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4rr6C 4rr7C 4rr8C 4rr9C 4rraC 4rrbC 4rrcC 4rrdC 4rrfC 4rrgC 4rrhC 4rriC 4rrjC 4rrkC 4rrlC 4rrqC 4rrrC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15077.378 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-136 / 変異: E129A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 株: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 / 遺伝子: thrS2, APE_0117.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9YFY3, threonine-tRNA ligase |
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#2: 化合物 | ChemComp-A3T / |
#3: 化合物 | ChemComp-MG / |
#4: 化合物 | ChemComp-CL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1M Tris HCl pH 8.5, 0.2M MgCl2, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年3月16日 |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→25 Å / Num. all: 18248 / Num. obs: 18120 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 4.68 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.957 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→25 Å
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拘束条件 |
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