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- PDB-4rp6: Structure of the amyloid-forming segment LTIITLE from p53 (residu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rp6
タイトルStructure of the amyloid-forming segment LTIITLE from p53 (residues 252-258)
要素LTIITLE heptapeptide segment from p53
キーワードPROTEIN FIBRIL / p53 (P53遺伝子) / amyloid (アミロイド) / fibril (フィブリル) / amyloid-like protofibril / p53 aggregates / polymer (重合体) / transcription factor (転写因子) / oncogene (がん遺伝子) / cancer (悪性腫瘍) / p53 mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity ...Loss of function of TP53 in cancer due to loss of tetramerization ability / Regulation of TP53 Expression / signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of G1 to G0 transition / negative regulation of glucose catabolic process to lactate via pyruvate / Transcriptional activation of cell cycle inhibitor p21 / regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / negative regulation of pentose-phosphate shunt / ATP-dependent DNA/DNA annealing activity / negative regulation of helicase activity / regulation of cell cycle G2/M phase transition / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to hypoxia / regulation of fibroblast apoptotic process / oxidative stress-induced premature senescence / oligodendrocyte apoptotic process / negative regulation of miRNA processing / positive regulation of thymocyte apoptotic process / glucose catabolic process to lactate via pyruvate / regulation of tissue remodeling / positive regulation of mitochondrial membrane permeability / negative regulation of mitophagy / positive regulation of programmed necrotic cell death / 転写 (生物学) / bone marrow development / circadian behavior / histone deacetylase regulator activity / T cell proliferation involved in immune response / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / germ cell nucleus / regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / negative regulation of neuroblast proliferation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in transcription of p21 class mediator / Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / negative regulation of glial cell proliferation / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / positive regulation of execution phase of apoptosis / mitochondrial DNA repair / T cell lineage commitment / negative regulation of DNA replication / ER overload response / B cell lineage commitment / thymocyte apoptotic process / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / entrainment of circadian clock by photoperiod / cardiac septum morphogenesis / PI5P Regulates TP53 Acetylation / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Zygotic genome activation (ZGA) / necroptotic process / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / rRNA transcription / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / TFIID-class transcription factor complex binding / マイトファジー / SUMOylation of transcription factors / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / neuroblast proliferation / general transcription initiation factor binding / cellular response to actinomycin D / Transcriptional Regulation by VENTX / response to X-ray / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / ヘイフリック限界 / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / chromosome organization / gastrulation / cellular response to UV-C / response to inorganic substance / hematopoietic stem cell differentiation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / MDM2/MDM4 family protein binding / glial cell proliferation / embryonic organ development / cellular response to glucose starvation / Pyroptosis / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / hematopoietic progenitor cell differentiation / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / somitogenesis / type II interferon-mediated signaling pathway / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of stem cell proliferation / core promoter sequence-specific DNA binding / cardiac muscle cell apoptotic process / response to salt stress / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / Regulation of TP53 Activity through Acetylation
類似検索 - 分子機能
Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family ...Cellular tumor antigen p53, transactivation domain 2 / Transactivation domain 2 / p53 transactivation domain / P53 transactivation motif / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / p53-like transcription factor, DNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.703 Å
データ登録者Soriaga, A.B. / Soragni, A. / Eisenberg, D.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2016
タイトル: A Designed Inhibitor of p53 Aggregation Rescues p53 Tumor Suppression in Ovarian Carcinomas.
著者: Soragni, A. / Janzen, D.M. / Johnson, L.M. / Lindgren, A.G. / Thai-Quynh Nguyen, A. / Tiourin, E. / Soriaga, A.B. / Lu, J. / Jiang, L. / Faull, K.F. / Pellegrini, M. / Memarzadeh, S. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2014年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Z: LTIITLE heptapeptide segment from p53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8021
ポリマ－8021
非ポリマー00
水362
1
Z: LTIITLE heptapeptide segment from p53
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,8126
ポリマ－4,8126
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
crystal symmetry operation1_755x+2,y,z1
crystal symmetry operation1_565x,y+1,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
crystal symmetry operation1_765x+2,y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)4.811, 12.599, 21.340
Angle α, β, γ (deg.)86.59, 89.29, 79.15
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a pair of beta sheets with the side chains interdigitating between the sheets. One sheet is constructed from unit cell translations along the "a" direction (i.e. X+1,Y,Z X+2,Y,Z X+3,Y,Z, etc.). The other sheet is constructed from symmetry operators X,Y+1,Z; X+1,Y+1,Z; X+2,Y+1,Z, etc.).

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要素

#1: タンパク質・ペプチド LTIITLE heptapeptide segment from p53 / Antigen NY-CO-13 / Phosphoprotein p53 / Tumor suppressor p53


分子量: 801.968 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 252-258 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: LTIITLE(residues 252-258) from p53, synthesized / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P04637
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: reservoir contained 0.1 M Tris buffer pH 8.5 and 20% ethanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.703→21.302 Å / Num. all: 512 / Num. obs: 512 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.505 / Mean I/σ(I) obs: 11.6 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.703→21.302 Å / SU ML: 0.06 / σ(F): 2.14 / 位相誤差: 26.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1919 50 9.86 %RANDOM
Rwork0.1626 ---
all0.1655 507 --
obs0.1655 507 93.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.11 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.131 Å2 / ksol: 0.6 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.4505 Å2-0.2078 Å20.5956 Å2
2--0.3869 Å2-3.0866 Å2
3----1.8374 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.703→21.302 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数56 0 0 2 58
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.34624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06115
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0039
LS精密化 シェル最高解像度: 1.703 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 50 -
Rwork0.1626 457 -
obs--94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.1185 Å / Origin y: 6.8484 Å / Origin z: 9.0224 Å
111213212223313233
T0.0582 Å20.0099 Å20.0029 Å2-0.075 Å20.009 Å2--0.0849 Å2
L2.3157 °2-0.4063 °2-1.1355 °2-4.0221 °21.8148 °2--4.8813 °2
S0.0087 Å °-0.0689 Å °-0.0102 Å °0.1493 Å °0.2397 Å °-0.0164 Å °-0.1178 Å °0.0395 Å °-0.1915 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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