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- PDB-4rlo: Human p70s6k1 with ruthenium-based inhibitor EM5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rlo
タイトルHuman p70s6k1 with ruthenium-based inhibitor EM5
要素Ribosomal protein S6 kinase beta-1リボソーム
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / kinase (キナーゼ) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / regulation of glucose import / ribosomal protein S6 kinase activity / response to L-leucine / cellular response to nutrient / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to glucagon ...long-chain fatty acid import into cell / response to electrical stimulus involved in regulation of muscle adaptation / skeletal muscle atrophy / positive regulation of skeletal muscle tissue growth / regulation of glucose import / ribosomal protein S6 kinase activity / response to L-leucine / cellular response to nutrient / phosphatidylinositol-mediated signaling / response to glucagon / response to testosterone / positive regulation of smooth muscle cell migration / MTOR / mTORC1-mediated signalling / germ cell development / positive regulation of translational initiation / skeletal muscle contraction / long-term memory / behavioral fear response / response to tumor necrosis factor / response to glucose / response to mechanical stimulus / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of TORC1 signaling / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to dexamethasone stimulus / positive regulation of mitotic cell cycle / response to nutrient levels / positive regulation of translation / protein phosphatase 2A binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / PDZ domain binding / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / peptide binding / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / G1/S transition of mitotic cell cycle / modulation of chemical synaptic transmission / response to toxic substance / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to type II interferon / cellular response to insulin stimulus / 遊走 / postsynapse / peptidyl-serine phosphorylation / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / non-specific serine/threonine protein kinase / neuron projection / protein kinase activity / response to xenobiotic stimulus / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / 細胞膜 / シグナル伝達 / ミトコンドリア / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
リボソームタンパク質S6キナーゼ / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...リボソームタンパク質S6キナーゼ / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3T3 / スタウロスポリン / Ribosomal protein S6 kinase beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.527 Å
データ登録者Domsic, J.F. / Barber-Rotenberg, J. / Salami, J. / Qin, J. / Marmorstein, R.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Development of Organometallic S6K1 Inhibitors.
著者: Qin, J. / Rajaratnam, R. / Feng, L. / Salami, J. / Barber-Rotenberg, J.S. / Domsic, J. / Reyes-Uribe, P. / Liu, H. / Dang, W. / Berger, S.L. / Villanueva, J. / Meggers, E. / Marmorstein, R.
履歴
登録2014年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribosomal protein S6 kinase beta-1
B: Ribosomal protein S6 kinase beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,27116
ポリマ－65,3832
非ポリマー1,88914
水1,47782
1
A: Ribosomal protein S6 kinase beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6497
ポリマ－32,6911
非ポリマー9576
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ribosomal protein S6 kinase beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6239
ポリマ－32,6911
非ポリマー9318
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6520 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area22930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.515, 62.882, 86.718
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ribosomal protein S6 kinase beta-1 / リボソーム / S6K-beta-1 / S6K1 / 70 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / P70S6K1 / p70-S6K 1 / Ribosomal protein ...S6K-beta-1 / S6K1 / 70 kDa ribosomal protein S6 kinase 1 / P70S6K1 / p70-S6K 1 / Ribosomal protein S6 kinase I / Serine/threonine-protein kinase 14A / p70 ribosomal S6 kinase alpha / p70 S6 kinase alpha / p70 S6K-alpha / p70 S6KA


分子量: 32691.326 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 85-372 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RPS6KB1, STK14A / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23443, non-specific serine/threonine protein kinase

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非ポリマー , 7種, 96分子

#2: 化合物 ChemComp-3T3 / [(amino-kappaN)methanethiolato](3-fluoro-9-hydroxypyrido[2,3-a]pyrrolo[3,4-c]carbazole-5,7(6H,12H)-dionato-kappa~2~N,N')(1,4,7-trithionane-kappa~3~S~1~,S~4~,S~7~)ruthenium / (3-fluoro-9-methoxypyrido[2,3-a]pyrrolo[3,4-c]carbazole-5,7(6H,12H)-dionato)(1,4,7-trithiacyclodecan)ruthenium(II)-isothiocyanate / EM5


分子量: 662.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H22FN4O3RuS4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-STU / STAUROSPORINE / スタウロスポリン / スタウロスポリン


分子量: 466.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H26N4O3
コメント: 抗がん剤, 抗真菌剤, 抗生剤, alkaloid*YM
#7: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.34 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris, 3.5M Sodium Formate, with staurosporine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月1日
放射モノクロメーター: a / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.527→49.03 Å / Num. all: 28523 / Num. obs: 28440 / % possible obs: 99.71 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.079
反射 シェル解像度: 2.527→2.618 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 2745 / Rsym value: 0.407 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1066)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3A62

3a62


解像度: 2.527→49.03 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2221 1377 4.98 %5%
Rwork0.1915 ---
all0.193 28528 --
obs0.193 28440 99.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.527→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4044 0 110 82 4236
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0154250
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2495746
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7911576
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085617
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005707
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5275-2.5710.26291120.23562433X-RAY DIFFRACTION93
2.571-2.61780.28061290.2372638X-RAY DIFFRACTION99
2.6178-2.66810.26481490.24012573X-RAY DIFFRACTION100
2.6681-2.72260.27761510.22992695X-RAY DIFFRACTION100
2.7226-2.78180.27041090.2252604X-RAY DIFFRACTION100
2.7818-2.84650.26681540.21992610X-RAY DIFFRACTION100
2.8465-2.91770.25371470.20652606X-RAY DIFFRACTION100
2.9177-2.99650.27411220.21012679X-RAY DIFFRACTION100
2.9965-3.08470.28961380.21462592X-RAY DIFFRACTION100
3.0847-3.18420.2911500.21782650X-RAY DIFFRACTION100
3.1842-3.2980.22571340.21232669X-RAY DIFFRACTION100
3.298-3.430.23551440.19112581X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.58610.20481320.18932667X-RAY DIFFRACTION100
3.5861-3.77510.20451410.18452640X-RAY DIFFRACTION100
3.7751-4.01150.2011340.16512618X-RAY DIFFRACTION100
4.0115-4.32110.19041460.16332619X-RAY DIFFRACTION100
4.3211-4.75560.17431400.15762624X-RAY DIFFRACTION100
4.7556-5.4430.22531350.16562653X-RAY DIFFRACTION100
5.443-6.85460.22351310.20722612X-RAY DIFFRACTION100
6.8546-49.04310.18051480.19472625X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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