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万見
- PDB-4rdh: Crystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rdh
タイトルCrystal structure of E. coli tRNA N6-threonylcarbamoyladenosine dehydratase, TcdA
要素tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Rossman fold / dehydratase (脱水酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素; C-O結合を形成 / tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / cyclic threonylcarbamoyladenosine biosynthetic process / ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / sodium ion binding / potassium ion binding / protein homodimerization activity / ATP binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
ThiF/MoeB/HesA family / ユビキチン活性化酵素 / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
アデニル酸 / tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Park, S.Y. / Kim, S. / Lee, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: The Structure of Escherichia coli TcdA (Also Known As CsdL) Reveals a Novel Topology and Provides Insight into the tRNA Binding Surface Required for N(6)-Threonylcarbamoyladenosine Dehydratase Activity.
著者: Kim, S. / Lee, H. / Park, S.
履歴
登録2014年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
B: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
C: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
D: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,79913
ポリマ－124,9454
非ポリマー1,8539
水7,674426
1
A: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
B: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,3516
ポリマ－62,4732
非ポリマー8794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
2
C: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
D: tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,4477
ポリマ－62,4732
非ポリマー9755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area18410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.686, 97.190, 84.478
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
tRNA threonylcarbamoyladenosine dehydratase / t(6)A37 dehydratase


分子量: 31236.322 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tcdA, ygdL, csdL / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q46927, 合成酵素; C-O結合を形成
#2: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP / アデニル酸


分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 426 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Hepes, pH 7.5 and 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97902 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97902 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 57374 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 24
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.375 / Mean I/σ(I) obs: 5.38 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.327 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20396 2896 5.1 %RANDOM
Rwork0.14803 ---
obs0.15088 54282 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.33 Å20 Å20.05 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---1.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7290 0 121 426 7837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0197492
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8711.98210157
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.869316861
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8965965
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.44623.322292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.016151176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3721560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.028431
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2162.4773866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.2162.4763865
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2393.6954820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2393.6964821
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3992.9263626
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.3992.9263626
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1684.1935335
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.80120.9238774
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.6920.6518608
LS精密化 シェル解像度: 2.101→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 203 -
Rwork0.195 3972 -
obs--98.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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