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- PDB-4qqs: Crystal structure of a thermostable family-43 glycoside hydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qqs
タイトルCrystal structure of a thermostable family-43 glycoside hydrolase
要素Glycoside hydrolase family 43
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / 5-bladed beta-propeller / glycoside hydrolase (グリコシダーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycoside hydrolase family 43
類似検索 - 構成要素
生物種Halothermothrix orenii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Hassan, N. / Kori, L.D. / Patel, B.K.C. / Divne, C. / Tan, T.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015
タイトル: High-resolution crystal structure of a polyextreme GH43 glycosidase from Halothermothrix orenii with alpha-L-arabinofuranosidase activity.
著者: Hassan, N. / Kori, L.D. / Gandini, R. / Patel, B.K. / Divne, C. / Tan, T.C.
履歴
登録2014年6月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 43
B: Glycoside hydrolase family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9007
ポリマ－71,1392
非ポリマー7615
水18,5911032
1
A: Glycoside hydrolase family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0694
ポリマ－35,5701
非ポリマー5003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glycoside hydrolase family 43
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8313
ポリマ－35,5701
非ポリマー2612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.133, 73.882, 87.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 43 /


分子量: 35569.711 Da / 分子数: 2 / 断片: glycoside hydrolase / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Halothermothrix orenii (バクテリア)
株: H 168 / OCM 544 / DSM 9562 / 遺伝子: Hore_20580 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B8CZV1
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1032 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.2
詳細: 0.1 M Hepes pH 6.2, 0.16 M potassium thiocyanate and 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.15 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月27日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→44.011 Å / Num. obs: 213964 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.1→1.2 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Rsym value: 0.224 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KST

3kst


解像度: 1.1→44.01 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 13.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.145 1990 0.93 %
Rwork0.122 --
obs0.123 213960 94.5 %
all-213960 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→44.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4990 0 47 1032 6069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095263
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3297172
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4121936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007926
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.12750.18421180.146713785X-RAY DIFFRACTION86
1.1275-1.1580.17161550.13114403X-RAY DIFFRACTION90
1.158-1.19210.13941280.120514573X-RAY DIFFRACTION91
1.1921-1.23060.12251400.115814723X-RAY DIFFRACTION92
1.2306-1.27450.15131360.114914936X-RAY DIFFRACTION94
1.2745-1.32560.13481440.110915066X-RAY DIFFRACTION94
1.3256-1.38590.13961420.111415169X-RAY DIFFRACTION95
1.3859-1.4590.1311540.10415222X-RAY DIFFRACTION95
1.459-1.55040.12451300.100715362X-RAY DIFFRACTION96
1.5504-1.67010.13361510.102815452X-RAY DIFFRACTION97
1.6701-1.83820.12671420.110315631X-RAY DIFFRACTION97
1.8382-2.10420.11681430.114115706X-RAY DIFFRACTION98
2.1042-2.6510.14321550.13515837X-RAY DIFFRACTION98
2.651-44.0460.17281520.134816105X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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