PDB-4q85: YcaO with Non-hydrolyzable ATP (AMPCPP) Bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4q85

タイトル

YcaO with Non-hydrolyzable ATP (AMPCPP) Bound

要素

Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

リボソーム

キーワード

PROTEIN BINDING (タンパク質) / YcaO ATP Binding Domain

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP diphosphatase activity / magnesium ion binding /

細胞質基質
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.29 Å

データ登録者

Chekan, J.R. / Nair, S.K.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Discovery of a new ATP-binding motif involved in peptidic azoline biosynthesis.
著者: Dunbar, K.L. / Chekan, J.R. / Cox, C.L. / Burkhart, B.J. / Nair, S.K. / Mitchell, D.A.

履歴

登録	2014年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年9月3日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4q85.cif.gz	881.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4q85.ent.gz	731.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4q85.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/4q85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q8/4q85	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4q84C 4q86C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4q86-2 4q86-3 4q86-1 4q84-d 4q86-4 3kd4-d 5ig5-d 4rpg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #226 - 2018年10月アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance) 類似性 (1) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#226 - 2018年10月
アミノグリコシド系抗生物質と耐性 (Aminoglycoside Antibiotics and Resistance)
類似性 (1)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

B: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

C: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

D: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

E: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

F: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

G: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

H: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

ヘテロ分子

529 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

B: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

D: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

ヘテロ分子

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132 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

F: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

H: Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	110.282, 112.402, 130.683
Angle α, β, γ (deg.)	89.40, 73.63, 77.62
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 0 / Refine code: 0

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	12 - 580	12 - 580
2	1	ALA	ALA	LYS	LYS	B	B	12 - 580	12 - 580
1	2	GLU	GLU	ALA	ALA	A	A	14 - 581	14 - 581
2	2	GLU	GLU	ALA	ALA	C	C	14 - 581	14 - 581
1	3	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	12 - 580	12 - 580
2	3	ALA	ALA	LYS	LYS	D	D	12 - 580	12 - 580
1	4	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	12 - 580	12 - 580
2	4	ALA	ALA	LYS	LYS	E	E	12 - 580	12 - 580
1	5	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	12 - 580	12 - 580
2	5	ALA	ALA	LYS	LYS	F	F	12 - 580	12 - 580
1	6	SER	SER	LYS	LYS	A	A	25 - 580	25 - 580
2	6	SER	SER	LYS	LYS	G	G	25 - 580	25 - 580
1	7	ALA	ALA	LYS	LYS	A	A	12 - 580	12 - 580
2	7	ALA	ALA	LYS	LYS	H	H	12 - 580	12 - 580
1	8	GLU	GLU	LYS	LYS	B	B	14 - 580	14 - 580
2	8	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	14 - 580	14 - 580
1	9	THR	THR	ALA	ALA	B	B	2 - 582	2 - 582
2	9	THR	THR	ALA	ALA	D	D	2 - 582	2 - 582
1	10	THR	THR	ALA	ALA	B	B	2 - 581	2 - 581
2	10	THR	THR	ALA	ALA	E	E	2 - 581	2 - 581
1	11	GLN	GLN	LYS	LYS	B	B	3 - 580	3 - 580
2	11	GLN	GLN	LYS	LYS	F	F	3 - 580	3 - 580
1	12	SER	SER	LYS	LYS	B	B	25 - 580	25 - 580
2	12	SER	SER	LYS	LYS	G	G	25 - 580	25 - 580
1	13	THR	THR	TRP	TRP	B	B	2 - 584	2 - 584
2	13	THR	THR	TRP	TRP	H	H	2 - 584	2 - 584
1	14	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	14 - 580	14 - 580
2	14	GLU	GLU	LYS	LYS	D	D	14 - 580	14 - 580
1	15	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	14 - 580	14 - 580
2	15	GLU	GLU	LYS	LYS	E	E	14 - 580	14 - 580
1	16	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	14 - 580	14 - 580
2	16	GLU	GLU	LYS	LYS	F	F	14 - 580	14 - 580
1	17	SER	SER	LYS	LYS	C	C	25 - 580	25 - 580
2	17	SER	SER	LYS	LYS	G	G	25 - 580	25 - 580
1	18	GLU	GLU	LYS	LYS	C	C	14 - 580	14 - 580
2	18	GLU	GLU	LYS	LYS	H	H	14 - 580	14 - 580
1	19	THR	THR	ALA	ALA	D	D	2 - 581	2 - 581
2	19	THR	THR	ALA	ALA	E	E	2 - 581	2 - 581
1	20	GLN	GLN	LYS	LYS	D	D	3 - 580	3 - 580
2	20	GLN	GLN	LYS	LYS	F	F	3 - 580	3 - 580
1	21	SER	SER	LYS	LYS	D	D	25 - 580	25 - 580
2	21	SER	SER	LYS	LYS	G	G	25 - 580	25 - 580
1	22	THR	THR	ALA	ALA	D	D	2 - 582	2 - 582
2	22	THR	THR	ALA	ALA	H	H	2 - 582	2 - 582
1	23	GLN	GLN	ALA	ALA	E	E	3 - 581	3 - 581
2	23	GLN	GLN	ALA	ALA	F	F	3 - 581	3 - 581
1	24	SER	SER	LYS	LYS	E	E	25 - 580	25 - 580
2	24	SER	SER	LYS	LYS	G	G	25 - 580	25 - 580
1	25	THR	THR	ALA	ALA	E	E	2 - 581	2 - 581
2	25	THR	THR	ALA	ALA	H	H	2 - 581	2 - 581
1	26	SER	SER	LYS	LYS	F	F	25 - 580	25 - 580
2	26	SER	SER	LYS	LYS	G	G	25 - 580	25 - 580
1	27	GLN	GLN	LYS	LYS	F	F	3 - 580	3 - 580
2	27	GLN	GLN	LYS	LYS	H	H	3 - 580	3 - 580
1	28	SER	SER	LYS	LYS	G	G	25 - 580	25 - 580
2	28	SER	SER	LYS	LYS	H	H	25 - 580	25 - 580

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Ribosomal protein S12 methylthiotransferase accessory factor YcaO / リボソーム分子量: 65702.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ycaO, b0905, JW0888 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P75838
#2: 化合物	ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.35 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG 8,000 0.1 M magnesium acetate 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5 6 mg/mL protein , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月2日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.29→125.2 Å / Num. all: 89486 / Num. obs: 88591 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 2.5
反射シェル	解像度: 3.29→3.3 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.593 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化
autoPROC		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.29→125.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.861 / SU B: 26.163 / SU ML: 0.415 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.528 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23928	4442	5 %	RANDOM
R_work	0.19002	-	-	-
obs	0.19248	84143	99.04 %	-
all	-	84993	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.451 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8 Å²	1.38 Å²	-0.03 Å²
2-	-	0.4 Å²	-1.79 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.29→125.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	35815	0	174	432	36421

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	36875
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	33389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.955	50208
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.441	3	76850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.915	5	4511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.294	24.804	1890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.818	15	5731
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.482	15	183
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	5393
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	42564
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	8726
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.894	6.244	18092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.893	6.245	18091
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.758	9.367	22587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.824	9.406	22588
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.949	6.577	18783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.994	6.603	18784
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.061	9.772	27622
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	12.605	50.713	42832
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	12.605	50.752	42780
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	33762	0.06
1	2	B	33762	0.06
2	1	A	33359	0.07
2	2	C	33359	0.07
3	1	A	33665	0.07
3	2	D	33665	0.07
4	1	A	33928	0.06
4	2	E	33928	0.06
5	1	A	32479	0.09
5	2	F	32479	0.09
6	1	A	32141	0.07
6	2	G	32141	0.07
7	1	A	33835	0.06
7	2	H	33835	0.06
8	1	B	33348	0.07
8	2	C	33348	0.07
9	1	B	34648	0.07
9	2	D	34648	0.07
10	1	B	34486	0.06
10	2	E	34486	0.06
11	1	B	32579	0.1
11	2	F	32579	0.1
12	1	B	32103	0.07
12	2	G	32103	0.07
13	1	B	34900	0.06
13	2	H	34900	0.06
14	1	C	33203	0.07
14	2	D	33203	0.07
15	1	C	33816	0.07
15	2	E	33816	0.07
16	1	C	31955	0.1
16	2	F	31955	0.1
17	1	C	31980	0.07
17	2	G	31980	0.07
18	1	C	33405	0.07
18	2	H	33405	0.07
19	1	D	34281	0.07
19	2	E	34281	0.07
20	1	D	32469	0.1
20	2	F	32469	0.1
21	1	D	31926	0.08
21	2	G	31926	0.08
22	1	D	34383	0.07
22	2	H	34383	0.07
23	1	E	32891	0.09
23	2	F	32891	0.09
24	1	E	32114	0.07
24	2	G	32114	0.07
25	1	E	34341	0.07
25	2	H	34341	0.07
26	1	F	30992	0.1
26	2	G	30992	0.1
27	1	F	32563	0.1
27	2	H	32563	0.1
28	1	G	32198	0.07
28	2	H	32198	0.07

LS精密化シェル

解像度: 3.287→3.372 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	342	-
R_work	0.292	6161	-
obs	-	-	98.65 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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