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- PDB-4pxd: The crystal structure of EcAAH in complex with allantoate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pxd
タイトルThe crystal structure of EcAAH in complex with allantoate
要素Allantoate amidohydrolase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Amidase (アミダーゼ) / Hydantoinase / Carbarmoylase
機能・相同性
機能・相同性情報


allantoate deiminase / allantoate deiminase activity / allantoin assimilation pathway / purine nucleobase metabolic process / manganese ion binding / protein homodimerization activity / zinc ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Allantoate amidohydrolase / Amidase, carbamoylase-type / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich ...Allantoate amidohydrolase / Amidase, carbamoylase-type / Alpha-Beta Plaits - #360 / Bacterial exopeptidase dimerisation domain / Peptidase M20 / Peptidase family M20/M25/M40 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ALLANTOATE ION / : / Allantoate amidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Shin, I. / Rhee, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the substrate specificity of (s)-ureidoglycolate amidohydrolase and its comparison with allantoate amidohydrolase.
著者: Shin, I. / Han, K. / Rhee, S.
履歴
登録2014年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Allantoate amidohydrolase
B: Allantoate amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2166
ポリマ－91,7562
非ポリマー4604
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area28960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.829, 171.864, 43.244
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-770-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Allantoate amidohydrolase / Allantoate deiminase


分子量: 45877.969 Da / 分子数: 2 / 変異: E126A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: allC, glxB7, ylbB, b0516, JW0504 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P77425, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミジンに作用
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-1AL / ALLANTOATE ION / DIUREIDO-ACETATE / アラントイン酸


分子量: 175.123 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H7N4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.14 % / Mosaicity: 0.34 ° / Mosaicity esd: 0.005 °

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 41528 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.2-2.2814.60.74141031.081100
2.28-2.3714.70.61340591.064100
2.37-2.4814.70.49540721.046100
2.48-2.6114.60.38941081.046100
2.61-2.7714.60.31240991.036100
2.77-2.9914.60.22641211.019100
2.99-3.2914.60.15141540.98100
3.29-3.7614.40.10241580.93100
3.76-4.7414.30.07842310.895100
4.74-5013.30.07544230.90199.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Z2L

1z2l


解像度: 2.2→31.301 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.94 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 2000 4.82 %
Rwork0.1681 --
obs0.1705 41466 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.44 Å2 / Biso mean: 24.4861 Å2 / Biso min: 8.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→31.301 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6408 0 26 477 6911
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076570
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1148922
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079986
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3692412
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1995-2.25450.29641390.20892748288799
2.2545-2.31550.28261410.202527682909100
2.3155-2.38360.22391400.195527832923100
2.3836-2.46050.27251410.187827732914100
2.4605-2.54840.26411430.176528152958100
2.5484-2.65040.22851390.180827462885100
2.6504-2.77090.23861420.185927952937100
2.7709-2.91690.25591420.181628132955100
2.9169-3.09950.231420.176728102952100
3.0995-3.33860.22971440.172628372981100
3.3386-3.67410.21061420.159328022944100
3.6741-4.20460.19581440.14728552999100
4.2046-5.29320.17291470.134428873034100
5.2932-31.30420.17851540.174930343188100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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