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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4px3 | ||||||
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タイトル | Human GKRP bound to AMG-3295 and Sorbitol-6-phosphate | ||||||
要素 | Glucokinase regulatory proteinグルコキナーゼ調節タンパク質 | ||||||
キーワード | sugar binding protein/inhibitor / SIS domain containing protein / Regulatory protein - binds to and inhibits glucokinase / sugar binding protein-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of glucokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose sensor activity / urate metabolic process / kinase inhibitor activity / carbohydrate derivative metabolic process / response to fructose / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / enzyme inhibitor activity ...negative regulation of glucokinase activity / fructose-6-phosphate binding / glucose sensor activity / urate metabolic process / kinase inhibitor activity / carbohydrate derivative metabolic process / response to fructose / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / enzyme inhibitor activity / triglyceride homeostasis / response to glucose / protein import into nucleus / glucose homeostasis / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / enzyme binding / ミトコンドリア / 核質 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Jordan, S.R. / Chmait, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Discovery and Structure-Guided Optimization of Diarylmethanesulfonamide Disruptors of GK-GKRP Binding 著者: Pennington, L.D. / Bartberger, M.D. / Croghan, M.D. / Andrews, K.L. / Ashton, K.S. / Bourbeau, M.P. / Chen, J. / Chmait, S. / Cupples, R. / Fotsch, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4px3.cif.gz | 242 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4px3.ent.gz | 193.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4px3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/4px3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/4px3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4ly9S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 70306.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCKR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q14397 #3: 糖 | |
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-非ポリマー , 5種, 130分子
#2: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-IOD / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.14 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M Bis-tris, 0.2M NaI, 16% PEG 8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.43→29.9 Å / Num. all: 62314 / Num. obs: 59121 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 4LY9 解像度: 2.43→24.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 8.662 / SU ML: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.317 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 56.163 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→24.94 Å
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拘束条件 |
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