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- PDB-4ptl: Mycobacterium tuberculosis RecA glycerol bound low temperature st... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ptl
タイトルMycobacterium tuberculosis RecA glycerol bound low temperature structure IIC-GM
要素Protein RecA, 1st part, 2nd part
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / HOMOLOGOUS RECOMBINATION (相同組換え) / DNA REPAIR (DNA修復) / ATPASE (ATPアーゼ) / RECOMBINASE / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / PLOOP CONTAINING NTPASE FOLD / ATP BINDING (アデノシン三リン酸) / HYDROLYSIS (加水分解)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / 紫外線 / intron homing / intein-mediated protein splicing / 相同組換え / SOS response / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity ...DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / 紫外線 / intron homing / intein-mediated protein splicing / 相同組換え / SOS response / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to antibiotic / DNA修復 / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
RecA protein, C-terminal domain / Rec A Protein; domain 2 / LAGLIDADG-like domain / : / : / RecA C-terminal domain / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA ...RecA protein, C-terminal domain / Rec A Protein; domain 2 / LAGLIDADG-like domain / : / : / RecA C-terminal domain / DNA recombination/repair protein RecA, conserved site / DNA recombination and repair protein RecA, C-terminal / recA signature. / DNA recombination and repair protein RecA / recA bacterial DNA recombination protein / Intein splicing domain / Intein / Intein DOD homing endonuclease / Intein DOD-type homing endonuclease domain profile. / Homing endonuclease, LAGLIDADG / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Homing endonuclease / Hint domain superfamily / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein RecA / Protein RecA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chandran, A.V. / Prabu, J.R. / Patil, N.K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
引用
ジャーナル: J.Biosci. / 年: 2015
タイトル: Structural studies on Mycobacterium tuberculosis RecA: Molecular plasticity and interspecies variability
著者: Chandran, A.V. / Prabu, J.R. / Nautiyal, A. / Patil, K.N. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Functionally important movements in RecA molecules and filaments: studies involving mutation and environmental changes
著者: Prabu, J.R. / Manjunath, G.P. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: Crystallographic identification of an ordered C-terminal domain and a second nucleotide-binding site in RecA: new insights into allostery
著者: Krishna, R. / Manjunath, G.P. / Kumar, P. / Surolia, A. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#3: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structures of Mycobacterium smegmatis RecA and its nucleotide complexes
著者: Datta, S. / Krishna, R. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#4: ジャーナル: Proteins / 年: 2003
タイトル: Structural studies on MtRecA-nucleotide complexes: insights into DNA and nucleotide binding and the structural signature of NTP recognition
著者: Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
#5: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis RecA and its complex with ADP-AlF(4): implications for decreased ATPase activity and molecular aggregation
著者: Datta, S. / Prabu, M.M. / Vaze, M.B. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M.
履歴
登録2014年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein RecA, 1st part, 2nd part
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5015
ポリマ－37,2221
非ポリマー2784
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.820, 106.820, 70.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Protein RecA, 1st part, 2nd part / Recombinase A


分子量: 37222.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT2806, MTV002.02c, recA, Rv2737c / プラスミド: PEJ135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KM4104
参照: UniProt: P0A5U4, UniProt: P9WHJ3*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN IS EXPRESSED AS A 790 AMINO ACID RESIDUE PRECURSOR (UNIPROT P0A5U4). ONCE IT IS ...THE PROTEIN IS EXPRESSED AS A 790 AMINO ACID RESIDUE PRECURSOR (UNIPROT P0A5U4). ONCE IT IS RELEASED INTO THE CELL, THE CHAIN MTU RECA INTEIN (RESIDUES 252-691) IS CLEAVED OFF, CHAINS 1ST PART (RESIDUES 1-251) AND 2ND PART (RESIDUES 692-790) JOIN TOGETHER TO FORM THE MATURE PROTEIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 15% PEG 3350, 10% PEG 5000 MME, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月9日 / 詳細: bent collimating mirror and toroid
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→46.25 Å / Num. obs: 16019 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 54.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.496 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2307

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1G19

1g19


解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 7.635 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.35 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24847 1585 9.9 %RANDOM
Rwork0.20086 ---
obs0.20543 14413 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.159 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2229 0 18 73 2320
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192267
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022201
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9381.9843057
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67535049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8085307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48725.52985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46715374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6941511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0530.2360
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022609
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02458
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 96 -
Rwork0.307 1066 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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