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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4psv | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis RecA phosphate bound room temperature structure I-RT | ||||||
要素 | Protein RecA, 1st part, 2nd part | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / HOMOLOGOUS RECOMBINATION (相同組換え) / DNA REPAIR (DNA修復) / ATPASE (ATPアーゼ) / RECOMBINASE / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / PLOOP CONTAINING NTPASE FOLD / ATP BINDING (アデノシン三リン酸) / HYDROLYSIS (加水分解) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / 紫外線 / intron homing / intein-mediated protein splicing / 相同組換え / SOS response / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity ...DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / 紫外線 / intron homing / intein-mediated protein splicing / 相同組換え / SOS response / ATP-dependent DNA damage sensor activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA endonuclease activity / single-stranded DNA binding / manganese ion binding / endonuclease activity / damaged DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / response to antibiotic / DNA修復 / DNA damage response / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Chandran, A.V. / Prabu, J.R. / Patil, N.K. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biosci. / 年: 2015 タイトル: Structural studies on Mycobacterium tuberculosis RecA: Molecular plasticity and interspecies variability 著者: Chandran, A.V. / Prabu, J.R. / Nautiyal, A. / Patil, K.N. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008 タイトル: Functionally important movements in RecA molecules and filaments: studies involving mutation and environmental changes 著者: Prabu, J.R. / Manjunath, G.P. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #2: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006 タイトル: Crystallographic identification of an ordered C-terminal domain and a second nucleotide-binding site in RecA: new insights into allostery 著者: Krishna, R. / Manjunath, G.P. / Kumar, P. / Surolia, A. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #3: ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2003 タイトル: Crystal structures of Mycobacterium smegmatis RecA and its nucleotide complexes 著者: Datta, S. / Krishna, R. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #4: ジャーナル: Proteins / 年: 2003 タイトル: Structural studies on MtRecA-nucleotide complexes: insights into DNA and nucleotide binding and the structural signature of NTP recognition 著者: Datta, S. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. #5: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000 タイトル: Crystal structures of Mycobacterium tuberculosis RecA and its complex with ADP-AlF(4): implications for decreased ATPase activity and molecular aggregation 著者: Datta, S. / Prabu, M.M. / Vaze, M.B. / Ganesh, N. / Chandra, N.R. / Muniyappa, K. / Vijayan, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4psv.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4psv.ent.gz | 52.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4psv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4psv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/4psv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4oqfC 4po1C 4po8C 4po9C 4poaC 4ppfC 4ppgC 4ppnC 4ppqC 4pqfC 4pqrC 4pqyC 4pr0C 4psaC 4pskC 4ptlC 1g19S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37222.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: MT2806, MTV002.02c, recA, Rv2737c / プラスミド: PEJ135 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KM4104 参照: UniProt: P0A5U4, UniProt: P9WHJ3*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE PROTEIN IS EXPRESSED AS A 790 AMINO ACID RESIDUE PRECURSOR (UNIPROT P0A5U4). ONCE IT IS ...THE PROTEIN IS EXPRESSED AS A 790 AMINO ACID RESIDUE PRECURSOR (UNIPROT P0A5U4). ONCE IT IS RELEASED INTO THE CELL, THE CHAIN MTU RECA INTEIN (RESIDUES 252-691) IS CLEAVED OFF, CHAINS 1ST PART (RESIDUES 1-251) AND 2ND PART (RESIDUES 692-790) JOIN TOGETHER TO FORM THE MATURE PROTEIN. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: 30% PEG 3350, 0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 14941 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 25.9 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.6 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1489 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0029 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1G19 解像度: 2.6→27.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 6.268 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.22 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.242 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→27.11 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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