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- PDB-4pas: Heterodimeric coiled-coil structure of human GABA(B) receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pas
タイトルHeterodimeric coiled-coil structure of human GABA(B) receptor
要素
  • Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
  • Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / GABA(B) receptor / coiled-coil (コイルドコイル) / heterodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion ...G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / GABA B receptor activation / G protein-coupled neurotransmitter receptor activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / G protein-coupled GABA receptor complex / negative regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / neuron-glial cell signaling / G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / negative regulation of epinephrine secretion / negative regulation of dopamine secretion / positive regulation of growth hormone secretion / extracellular matrix protein binding / GABA receptor complex / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of synaptic transmission / axolemma / GABA-ergic synapse / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / dendritic shaft / response to nicotine / ミトコンドリア / Schaffer collateral - CA1 synapse / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / osteoblast differentiation / transmembrane signaling receptor activity / シナプス小胞 / presynaptic membrane / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / 樹状突起スパイン / neuron projection / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum membrane / extracellular space / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR ...GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2, coiled-coil domain / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 coiled-coil domain / GPCR family 3, gamma-aminobutyric acid receptor, type B1 / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.62 Å
データ登録者Burmakina, S. / Geng, Y. / Chen, Y. / Fan, Q.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM088454-05 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Heterodimeric coiled-coil interactions of human GABAB receptor.
著者: Burmakina, S. / Geng, Y. / Chen, Y. / Fan, Q.R.
履歴
登録2014年4月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月14日Group: Database references
改定 1.22014年7月16日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1
B: Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7362
ポリマ－9,7362
非ポリマー00
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area5810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.721, 54.654, 55.347
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 1 / Gb1


分子量: 5003.499 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 762-802 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR1, GPRC3A / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: Q9UBS5
#2: タンパク質・ペプチド Gamma-aminobutyric acid type B receptor subunit 2 / Gb2 / G-protein coupled receptor 51 / HG20


分子量: 4732.224 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 779-819 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GABBR2, GPR51, GPRC3B / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: O75899
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 3.0M ammonium sulphate, 0.1M bicine, pH9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97898,0.97934,0.96863
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月11日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978981
20.979341
30.968631
反射解像度: 1.62→50 Å / Num. all: 8951 / Num. obs: 8951 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rsym value: 0.036 / Χ2: 1.398 / Net I/av σ(I): 50.758 / Net I/σ(I): 43.8 / Num. measured all: 53628
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.62-1.682.90.05517.796941.12176.3
1.68-1.753.40.0588331.20691.1
1.75-1.824.20.059061.27498.3
1.82-1.926.20.0539121.491100
1.92-2.047.20.0469211.391100
2.04-2.27.20.0389361.521100
2.2-2.427.20.0349311.419100
2.42-2.777.20.0349461.368100
2.77-3.4970.0349391.35599.6
3.49-506.30.0359331.45792.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
REFMAC5.4.0066精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.62→35.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 3.157 / SU ML: 0.056 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2171 471 5.3 %RANDOM
Rwork0.1925 8455 --
obs0.1938 8926 95.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 47.55 Å2 / Biso mean: 14.407 Å2 / Biso min: 2.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.62→35.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数614 0 0 75 689
Biso mean---25.49 -
残基数----74
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.021617
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8271.995821
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.178572
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.31425.83336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.90215141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.447156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.293
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.02452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4545369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5636594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1046248
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.2317.5227
LS精密化 シェル解像度: 1.62→1.707 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 57 5.3 %
Rwork0.196 1011 -
obs--80.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3742-0.3581-1.29730.69211.11324.5456-0.0590.0452-0.06980.017-0.06210.06470.0766-0.0950.12110.0016-0.00310.01110.0096-0.0102-0.0024GBR1b coiled-coil10.27665.666810.9002
20.09020.0412-0.59030.3595-0.99885.4213-0.03840.01750.02630.046-0.0091-0.0379-0.0430.0080.0475-0.00110.0044-0.00830.02060.0041-0.0152GBR2 coiled-coil17.69810.16319.1285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A767 - 801
2X-RAY DIFFRACTION2B779 - 817

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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