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- PDB-4p3y: Crystal structure of Acinetobacter baumannii DsbA in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p3y
タイトルCrystal structure of Acinetobacter baumannii DsbA in complex with EF-Tu
要素
  • Elongation factor Tu 1EF-Tu
  • Thiol:disulfide interchange protein
キーワードTRANSLATION/OXIDOREDUCTASE / Thioredoxin related / Disulfide oxidase DsbA / Multidrug resistance (多剤耐性) / disulfide bond formation / Anti-biofilm formation / Antivirulence / bacterial infection / Translation-OXIDOREDUCTASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl-nucleotide exchange factor complex / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / protein-disulfide reductase activity / translation elongation factor activity / isomerase activity / ペリプラズム / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding ...guanyl-nucleotide exchange factor complex / translational elongation / guanosine tetraphosphate binding / protein-disulfide reductase activity / translation elongation factor activity / isomerase activity / ペリプラズム / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors ...Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Thiol:disulphide interchange protein DsbA/DsbL / DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Translation factors / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Small GTP-binding protein domain / Thioredoxin-like superfamily / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Βバレル / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / EF-Tu / Thiol:disulfide interchange protein / Elongation factor Tu 1
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii AYE (バクテリア)
Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.154 Å
データ登録者Premkumar, L. / Martin, J.L.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)FL0992138 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of the Acinetobacter baumannii Dithiol Oxidase DsbA Bound to Elongation Factor EF-Tu Reveals a Novel Protein Interaction Site.
著者: Premkumar, L. / Kurth, F. / Duprez, W. / Grftehauge, M.K. / King, G.J. / Halili, M.A. / Heras, B. / Martin, J.L.
履歴
登録2014年3月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月6日Group: Database references
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _entity_src_nat.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02023年3月1日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongation factor Tu 1
B: Thiol:disulfide interchange protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5055
ポリマ－63,9452
非ポリマー5603
水4,414245
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area26320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.318, 78.190, 122.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Elongation factor Tu 1 / EF-Tu / EF-Tu 1 / Bacteriophage Q beta RNA-directed RNA polymerase subunit III / P-43


分子量: 43340.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: B / BL21-DE3 / 参照: UniProt: P0CE47, UniProt: A0A140N6W0*PLUS
#2: タンパク質 Thiol:disulfide interchange protein


分子量: 20604.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii AYE (バクテリア)
株: AYE / 遺伝子: dsbA, ABAYE3833 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B0V5X3

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非ポリマー , 4種, 248分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / グアノシン二リン酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: KCl, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: BLUE ICE
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月2日
放射モノクロメーター: si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→74.32 Å / Num. obs: 39200 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EFC

1efc


解像度: 2.154→65.949 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 1959 5.01 %Random
Rwork0.1698 ---
obs0.1721 39133 99.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.154→65.949 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4416 0 35 245 4696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.176247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1211719
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005807
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.154-2.20790.28631400.23862570X-RAY DIFFRACTION97
2.2079-2.26760.30481230.24992601X-RAY DIFFRACTION99
2.2676-2.33440.27221630.2212620X-RAY DIFFRACTION100
2.3344-2.40970.25991310.22262636X-RAY DIFFRACTION100
2.4097-2.49590.27281370.21362623X-RAY DIFFRACTION100
2.4959-2.59580.27341320.20612674X-RAY DIFFRACTION100
2.5958-2.71390.28221390.20732628X-RAY DIFFRACTION99
2.7139-2.8570.25411400.1912657X-RAY DIFFRACTION100
2.857-3.0360.26931300.19082663X-RAY DIFFRACTION100
3.036-3.27040.21271230.1852696X-RAY DIFFRACTION100
3.2704-3.59950.2321520.16272629X-RAY DIFFRACTION99
3.5995-4.12030.18151540.14662641X-RAY DIFFRACTION98
4.1203-5.19080.14961320.12072720X-RAY DIFFRACTION99
5.1908-65.97970.17781630.14942816X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.806-0.53720.16890.706-0.26480.94460.0265-0.15170.00390.0515-0.057-0.07960.01460.05120.03060.2491-0.0372-0.01030.20.01120.22228.639-22.735517.3751
22.65290.41730.39343.2307-0.67592.81980.08380.2255-0.0083-0.3575-0.29610.3746-0.0643-0.37860.18460.3580.1021-0.11290.4878-0.21710.454926.23227.744816.7232
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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