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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4oi7 | |||||||||
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タイトル | RAGE recognizes nucleic acids and promotes inflammatory responses to DNA | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / SIGNALING PROTEIN/DNA / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / Ig fold / DNA binding (デオキシリボ核酸) / extracellular receptor / SIGNALING PROTEIN-DNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of endothelin production / glucose mediated signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of monocyte extravasation / positive regulation of dendritic cell differentiation / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process ...regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / advanced glycation end-product receptor activity / negative regulation of blood circulation / regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of endothelin production / glucose mediated signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of monocyte extravasation / positive regulation of dendritic cell differentiation / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / regulation of p38MAPK cascade / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / scavenger receptor activity / induction of positive chemotaxis / transcytosis / laminin receptor activity / protein localization to membrane / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / S100 protein binding / regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of spontaneous synaptic transmission / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of activated T cell proliferation / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / transport across blood-brain barrier / negative regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of chemokine production / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of interleukin-1 beta production / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / regulation of synaptic plasticity / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / 核小体 / response to wounding / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / neuron projection development / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of tumor necrosis factor production / signaling receptor activity / 細胞結合 / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / amyloid-beta binding / regulation of inflammatory response / postsynapse / response to hypoxia / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / molecular adaptor activity / 炎症 / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / 細胞膜 / extracellular region / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.104 Å | |||||||||
データ登録者 | Jin, T. / Jiang, J. / Xiao, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 2013 タイトル: RAGE is a nucleic acid receptor that promotes inflammatory responses to DNA. 著者: Sirois, C.M. / Jin, T. / Miller, A.L. / Bertheloot, D. / Nakamura, H. / Horvath, G.L. / Mian, A. / Jiang, J. / Schrum, J. / Bossaller, L. / Pelka, K. / Garbi, N. / Brewah, Y. / Tian, J. / ...著者: Sirois, C.M. / Jin, T. / Miller, A.L. / Bertheloot, D. / Nakamura, H. / Horvath, G.L. / Mian, A. / Jiang, J. / Schrum, J. / Bossaller, L. / Pelka, K. / Garbi, N. / Brewah, Y. / Tian, J. / Chang, C. / Chowdhury, P.S. / Sims, G.P. / Kolbeck, R. / Coyle, A.J. / Humbles, A.A. / Xiao, T.S. / Latz, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4oi7.cif.gz | 204.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4oi7.ent.gz | 161.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4oi7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/4oi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oi/4oi7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24195.580 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 23-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AGER, RAGE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q15109 #2: DNA鎖 | | 分子量: 6761.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #3: DNA鎖 | | 分子量: 6743.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.28 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 12% PEG6000, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月22日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 13957 / Num. obs: 13817 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.14 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.15 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.653 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique all: 575 / % possible all: 85.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3O3U 解像度: 3.104→43.138 Å / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.77 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.104→43.138 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 38.0286 Å / Origin y: -22.2532 Å / Origin z: -12.1861 Å
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精密化 TLSグループ |
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