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- PDB-4oad: Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oad
タイトルCrystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 in complex with chloramphenicol
要素GNAT superfamily acetyltransferase PA4794
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / GNAT / acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クロラムフェニコール / N-acetyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Majorek, K.A. / Niedzialkowska, E. / Chruszcz, M. / Joachimiak, A. / Minor, W. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a GNAT superfamily acetyltransferase PA4794 in complex with chloramphenicol
著者: Majorek, K.A. / Niedzialkowska, E. / Chruszcz, M. / Joachimiak, A. / Minor, W.
履歴
登録2014年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GNAT superfamily acetyltransferase PA4794
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,52815
ポリマ－18,0011
非ポリマー1,52714
水3,909217
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: GNAT superfamily acetyltransferase PA4794
ヘテロ分子

A: GNAT superfamily acetyltransferase PA4794
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,05530
ポリマ－36,0012
非ポリマー3,05428
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area7990 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area15350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.754, 76.072, 39.483
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-436-

HOH

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要素

#1: タンパク質 GNAT superfamily acetyltransferase PA4794


分子量: 18000.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA4794 / プラスミド: p11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q9HV14
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL / クロラムフェニコール


分子量: 323.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. all: 31335 / Num. obs: 31335 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 21.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 46.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.48 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.716 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1539 / Rsym value: 0.716 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
DENZO3000: MOLREPデータ削減
SCALEPACK3000: MOLREPデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KUA

4kua


解像度: 1.45→46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17924 1583 5.1 %RANDOM
Rwork0.1536 ---
all0.15496 29702 --
obs0.15496 29702 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.483 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.52 Å2-0 Å20 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1241 0 92 217 1550
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191456
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8811.971980
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.54333163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8475185
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.34322.75469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.17115228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9321515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2821.372681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2521.369680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9052.059864
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9052.062865
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6151.856775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.6061.856775
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8582.6411109
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.18414.2481733
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.72112.8431629
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.488 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 97 -
Rwork0.264 1990 -
obs-1990 90.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7302-0.65840.14231.63890.03121.09960.00980.01340.0037-0.022-0.0144-0.03830.01770.03380.00450.05720.00490.00440.07820.00960.013114.50915.2991.454
20.6734-0.01860.74221.18691.24212.20910.0656-0.1007-0.02580.0772-0.0266-0.00810.1978-0.1994-0.0390.1018-0.01660.00510.12260.0180.02447.10710.1611.13
30.3954-0.16560.14751.1797-1.14892.6378-0.0401-0.05380.0261-0.016-0.0213-0.07720.0662-0.04360.06140.05870.0163-0.00170.0823-0.00420.01113.20215.88711.747
41.16980.1913-0.54181.0017-0.33512.3759-0.0340.01750.06670.04630.0092-0.0779-0.09620.03010.02470.0620.0112-0.01060.06060.00670.013320.76719.0869.552
51.0209-0.3584-0.93840.71550.68441.19090.0438-0.0090.0852-0.01220.0179-0.006-0.0929-0.0776-0.06170.09450.0275-0.00230.08550.00160.010922.2929.96515.81
61.57490.98922.51822.47392.57725.830.0177-0.0601-0.05640.0218-0.00130.08990.1259-0.1452-0.01650.05490.00210.00040.04610.00310.013121.353-3.9288.182
74.9688-1.5118-3.03766.02832.0734.65480.0594-0.28750.14320.0843-0.0128-0.0694-0.25160.1396-0.04670.08780.0178-0.00580.0928-0.00820.005223.26410.93521.883
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 49
3X-RAY DIFFRACTION3A50 - 81
4X-RAY DIFFRACTION4A82 - 105
5X-RAY DIFFRACTION5A106 - 134
6X-RAY DIFFRACTION6A135 - 153
7X-RAY DIFFRACTION7A154 - 159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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