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- PDB-4o9k: Crystal structure of the CBS pair of a putative D-arabinose 5-pho... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o9k
タイトルCrystal structure of the CBS pair of a putative D-arabinose 5-phosphate isomerase from Methylococcus capsulatus in complex with CMP-Kdo
要素Arabinose 5-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / CBS pair / CMP-Kdo binding / CMP-Kdo
機能・相同性
機能・相同性情報


アラビノース-5-リン酸イソメラーゼ / arabinose-5-phosphate isomerase activity / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Phosphosugar isomerase, KdsD/KpsF-type / KpsF-like, SIS domain / SIS domain / CBS-domain / CBS-domain / SIS domain / SIS domain profile. / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン ...Phosphosugar isomerase, KdsD/KpsF-type / KpsF-like, SIS domain / SIS domain / CBS-domain / CBS-domain / SIS domain / SIS domain profile. / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBSドメイン / CBSドメイン / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CMK / Arabinose 5-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Shumilin, I.A. / Zimmerman, M.D. / Majorek, K.A. / Hammonds, J. / Hillerich, B.S. / Nawar, A. / Bonanno, J. / Seidel, R. ...Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Shumilin, I.A. / Zimmerman, M.D. / Majorek, K.A. / Hammonds, J. / Hillerich, B.S. / Nawar, A. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and kinetic properties of D-arabinose 5-phosphate isomerase from Methylococcus capsulatus
著者: Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Shumilin, I.A. / Zimmerman, M.D. / Majorek, K.A. / Hammonds, J. / Hillerich, B.S. / Nawar, A. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W.
履歴
登録2014年1月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arabinose 5-phosphate isomerase
B: Arabinose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7525
ポリマ－28,5732
非ポリマー1,1793
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4510 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area11930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.151, 62.408, 75.664
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A204 - 330
2010B204 - 330

-
要素

#1: タンパク質 Arabinose 5-phosphate isomerase / API


分子量: 14286.727 Da / 分子数: 2 / 断片: CBS pair (UNP residues 201-330) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (バクテリア)
株: Bath / 遺伝子: Locus tag MCA0746, MCA0746 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL
参照: UniProt: Q60AU8, アラビノース-5-リン酸イソメラーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CMK / CYTIDINE 5'-MONOPHOSPHATE 3-DEOXY-BETA-D-GULO-OCT-2-ULO-PYRANOSONIC ACID / CMP-2-KETO-3-DEOXY-OCTULOSONIC ACID


分子量: 543.373 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26N3O15P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE COMPLETE SEQUENCE (1-330) TOGETHER WITH THE HIS-TAG WAS USED IN CRYSTALLIZATION. THE PROTEIN ...THE COMPLETE SEQUENCE (1-330) TOGETHER WITH THE HIS-TAG WAS USED IN CRYSTALLIZATION. THE PROTEIN WAS INCUBATED WITH CHYMOTRYPSIN RIGHT BEFORE CRYSTALLIZATION, AND SUBJECTED TO THE LIMITED PROTEOLYSIS. THE COMPLETE LENGTH OF THE CRYSTALLIZED SEQUENCE IS UNKNOWN. THE REPORTED SEQUENCE IS THE ONE OBSERVED IN THE EXPERIMENT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 ul of 9 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG-II condition #27 (0.2 M Ammomium Acetate, 0.1 ...詳細: 0.2 ul of 9 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG-II condition #27 (0.2 M Ammomium Acetate, 0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5, 25% (w/v) PEG 3350) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in QIAGEN EasyXtal 15-Well Tool plate. Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月11日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.7 % / 数: 106108 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Χ2: 1.11 / D res high: 1.85 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 18460 / % possible obs: 98.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.025094.510.0763.0965.4
3.995.0298.110.0672.1415.6
3.483.9998.210.0881.6425.8
3.163.4898.310.1011.4725.8
2.943.1698.810.1141.4315.8
2.762.9498.410.1351.2165.8
2.632.7698.810.1381.0395.9
2.512.6398.510.1680.9835.9
2.412.5198.710.1830.9245.8
2.332.4198.810.1930.9015.9
2.262.3398.610.2190.8485.9
2.192.2698.910.2280.8335.8
2.142.1999.210.2670.8395.8
2.082.149910.3140.7535.8
2.042.0899.510.360.7565.8
1.992.0499.210.4220.7145.9
1.951.9999.310.5060.6745.8
1.921.9599.610.5710.6285.7
1.881.9299.610.6210.6485.6
1.851.8899.210.7030.6045.4
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 18722 / Num. obs: 18460 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 15.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rsym value: 0.146 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.703 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 922 / Rsym value: 0.703 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELX位相決定
MLPHARE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→48.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 6.185 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1889 949 5.1 %RANDOM
Rwork0.1483 ---
obs0.1505 18430 98.17 %-
all-18806 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.01 Å2 / Biso mean: 18.951 Å2 / Biso min: 8.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.03 Å20 Å2-0 Å2
2---0.13 Å2-0 Å2
3----0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1925 0 78 207 2210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192031
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022059
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8352.0552762
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28934718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.895260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.8123.33372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.00315326
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.6081519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7160.8421034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7140.841033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1691.2561290
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 7040 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.854→1.902 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 65 -
Rwork0.249 1190 -
all-1255 -
obs-1255 92.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5511-0.32461.20650.7629-0.24264.87250.06910.0103-0.0010.0203-0.0449-0.04660.19430.159-0.02420.0705-0.00040.01230.07330.00780.064834.042-10.94310.28
21.06041.4664-3.4452.8661-4.015612.4398-0.09810.1272-0.0157-0.16330.14740.09340.2721-0.3601-0.04930.0715-0.00380.00020.0695-0.02030.09222.43-8.106-5.762
39.1047-0.04-4.2160.3326-0.90377.5243-0.2199-0.0146-0.2003-0.02110.0228-0.1090.50440.35720.1970.10360.0420.01690.0739-0.01580.093632.808-7.397-2.496
41.7639-1.88111.09793.1603-1.33392.6176-0.02550.04420.04-0.02130.0406-0.0334-0.016-0.0822-0.01510.0464-0.00760.00380.06090.00120.056424.3244.108-4.663
52.59240.7131.55361.02260.66264.5692-0.09660.16540.0722-0.1254-0.03440.0008-0.02920.07170.1310.0883-0.00230.01240.04380.01950.065727.5251.075-10.174
64.1821-4.747710.401512.0959-18.937933.46630.10850.3546-0.104-0.2065-0.2093-0.23920.33650.71710.10080.0778-0.02070.00880.1625-0.04820.145541.191-4.6779.677
76.0345-5.45944.805610.8696-5.54695.3897-0.1759-0.11790.30790.17080.0579-0.1081-0.42150.08130.1180.0765-0.0170.00230.0562-0.01280.050535.063.31214.098
81.41030.5099-1.06391.2474-0.99543.18360.0164-0.0236-0.19080.0381-0.0617-0.0694-0.03240.18970.04530.06510.0094-0.010.0818-0.00520.090733.052-5.9749.954
92.2861-0.19251.33563.4588-0.74147.8069-0.0868-0.10850.14360.2942-0.0305-0.2041-0.18060.20460.11730.05110.00070.00360.057-0.0090.07117.6915.50420.052
105.90580.07321.10471.42520.23431.5237-0.02740.01570.0666-0.03660.02460.0078-0.0417-0.03030.00280.06710.00160.00510.05620.00260.066812.12812.1931.346
110.8216-0.8093-0.10641.12230.77851.5869-0.0060.0605-0.03820.0409-0.01260.06240.1242-0.00840.01860.05-0.02540.00720.06860.00420.08589.5683.5661.684
123.0538-0.62631.31145.4735-4.066510.91020.01170.2610.0506-0.38520.0047-0.13420.23870.2246-0.01640.0404-0.0102-0.00040.045-0.02720.0886.5284.752-4.234
131.2484-0.07050.42342.26311.81515.82240.108-0.1977-0.06470.0361-0.08710.08260.1243-0.3408-0.02090.0936-0.01530.0070.0570.02960.088511.7564.38519.767
147.8514-0.23993.916510.83551.729614.30820.0356-0.3621-0.48640.44840.0206-0.10230.3619-0.1717-0.05610.05470.00720.0250.04390.01390.102217.408-3.35117.781
156.3435-1.78190.39040.6359-0.25011.4588-0.1063-0.236-0.13230.05130.08620.03450.12190.02480.02020.0747-0.00440.00450.0657-0.00130.069413.4089.5116.025
169.6484-0.31523.666916.09180.945419.5461-0.0511-0.1173-0.16790.0432-0.1239-0.35580.41560.03130.1750.0210.0178-0.02150.1321-0.02770.089927.5468.32919.877
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A201 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2A225 - 237
3X-RAY DIFFRACTION3A238 - 251
4X-RAY DIFFRACTION4A252 - 266
5X-RAY DIFFRACTION5A267 - 284
6X-RAY DIFFRACTION6A285 - 290
7X-RAY DIFFRACTION7A291 - 303
8X-RAY DIFFRACTION8A304 - 330
9X-RAY DIFFRACTION9B203 - 219
10X-RAY DIFFRACTION10B220 - 241
11X-RAY DIFFRACTION11B242 - 268
12X-RAY DIFFRACTION12B269 - 280
13X-RAY DIFFRACTION13B281 - 296
14X-RAY DIFFRACTION14B297 - 304
15X-RAY DIFFRACTION15B305 - 324
16X-RAY DIFFRACTION16B325 - 330

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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