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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4nwv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Orsay virus-like particle | ||||||
要素 | Capsid proteinカプシド | ||||||
キーワード | VIRUS (ウイルス) / beta barrel (Βバレル) | ||||||
機能・相同性 | Nodavirus capsid / nodavirus capsid protein / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta / metal ion binding / Capsid protein alpha 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Orsay virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25 Å | ||||||
データ登録者 | Tao, Y.J. / Guo, Y.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2014 タイトル: Crystal structure of a nematode-infecting virus. 著者: Yusong R Guo / Corey F Hryc / Joanita Jakana / Hongbing Jiang / David Wang / Wah Chiu / Weiwei Zhong / Yizhi J Tao / 要旨: Orsay, the first virus discovered to naturally infect Caenorhabditis elegans or any nematode, has a bipartite, positive-sense RNA genome. Sequence analyses show that Orsay is related to nodaviruses, ...Orsay, the first virus discovered to naturally infect Caenorhabditis elegans or any nematode, has a bipartite, positive-sense RNA genome. Sequence analyses show that Orsay is related to nodaviruses, but molecular characterizations of Orsay reveal several unique features, such as the expression of a capsid-δ fusion protein and the use of an ATG-independent mechanism for translation initiation. Here we report the crystal structure of an Orsay virus-like particle assembled from recombinant capsid protein (CP). Orsay capsid has a T = 3 icosahedral symmetry with 60 trimeric surface spikes. Each CP can be divided into three regions: an N-terminal arm that forms an extended protein interaction network at the capsid interior, an S domain with a jelly-roll, β-barrel fold forming the continuous capsid, and a P domain that forms surface spike projections. The structure of the Orsay S domain is best aligned to T = 3 plant RNA viruses but exhibits substantial differences compared with the insect-infecting alphanodaviruses, which also lack the P domain in their CPs. The Orsay P domain is remotely related to the P1 domain in calicivirus and hepatitis E virus, suggesting a possible evolutionary relationship. Removing the N-terminal arm produced a slightly expanded capsid with fewer nucleic acids packaged, suggesting that the arm is important for capsid stability and genome packaging. Because C. elegans-Orsay serves as a highly tractable model for studying viral pathogenesis, our results should provide a valuable structural framework for further studies of Orsay replication and infection. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4nwv.cif.gz | 206.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4nwv.ent.gz | 172.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4nwv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/4nwv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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3 |
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4 |
| x 6||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
5 |
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6 |
| x 15||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42982.379 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Orsay virus (ウイルス) / 遺伝子: Capsid Protein / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: E9KNV5 #2: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.7-1.05 M sodium malonate, 0.25%-1% (v/v) Jeffamine ED-2001, 0.1 M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月10日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.1271 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.25→50 Å / Num. obs: 410231 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 5.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.25→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
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溶媒の処理 | Bsol: 22.8588 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 48.4833 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.25→50 Å
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Xplor file | Serial no: 1 / Param file: CNS_TOPPAR:protein_rep.param |