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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n7n | ||||||
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タイトル | Capturing the haemoglobin allosteric transition in a single crystal form; Crystal structure of full-liganded human haemoglobin with phosphate at 2.75 A resolution. | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / haemoglobin (ヘモグロビン) / allosteric pathway | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / hemoglobin complex / 血液 / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / 血小板 / oxygen binding / 血圧 / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.754 Å | ||||||
データ登録者 | Sugiyama, K. / Shibayama, N. / Park, S.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014 タイトル: Capturing the hemoglobin allosteric transition in a single crystal form 著者: Shibayama, N. / Sugiyama, K. / Tame, J.R. / Park, S.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4n7n.cif.gz | 338.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4n7n.ent.gz | 280.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4n7n.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n7n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n7n | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15150.353 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-142 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905 #2: タンパク質 | 分子量: 15890.198 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 2-147 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871 #3: 化合物 | ChemComp-HEM / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.04 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: microbatch under paraffin oil / pH: 6.8 詳細: 18% PEG3350, 5% glycerol , pH 6.8, microbatch under paraffin oil, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月17日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 45029 / Num. obs: 45029 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 16.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.75→2.8 Å / Rmerge(I) obs: 0.431 / % possible all: 81 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.754→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | Bsol: 57.7549 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 143.64 Å2 / Biso mean: 90.4409 Å2 / Biso min: 34.63 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.754→20 Å
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拘束条件 |
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Xplor file |
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