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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4ml7 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Brucella abortus PliC in complex with human lysozyme | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / inhibitor (酵素阻害剤) / lysozyme (リゾチーム) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium ...antimicrobial humoral response / 抗微生物ペプチド / 代謝 / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / リゾチーム / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / 炎症 / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Ha, N.C. / Um, S.H. / Kim, J.S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013 タイトル: Structural Basis for the Inhibition of Human Lysozyme by PliC from Brucella abortus 著者: Um, S.H. / Kim, J.S. / Kim, K. / Kim, N. / Cho, H.S. / Ha, N.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4ml7.cif.gz | 107.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4ml7.ent.gz | 87.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4ml7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/4ml7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/4ml7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14720.693 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-148 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LYZ, LZM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61626, リゾチーム #2: タンパク質 | 分子量: 10646.972 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Oryza sativa (イネ) #3: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THE CHAIN B AND D DOES NOT CURRENTLY EXIST. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.74 % |
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結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M sodium citrate tribasic, 40% tert-butanol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287.15K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. all: 53944 / Num. obs: 53896 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→19.982 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 19.61 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.982 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 29
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