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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mb0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of TON1374 | ||||||
要素 | phosphopantothenate synthetase4-phosphopantoate—beta-alanine ligase | ||||||
キーワード | LIGASE (リガーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 4-phosphopantoate-beta-alanine ligase / acid-amino acid ligase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermococcus onnurineus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, M.-K. / An, Y.J. / Cha, S.-S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2013 タイトル: The crystal structure of a novel phosphopantothenate synthetase from the hyperthermophilic archaea, Thermococcus onnurineus NA1 著者: Kim, M.-K. / An, Y.J. / Cha, S.-S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mb0.cif.gz | 209.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mb0.ent.gz | 171 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mb0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mb0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mb/4mb0 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29732.498 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (古細菌) / 株: NA1 / 遺伝子: TON_1374 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YXQ1, EC: 6.3.2.26 #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.16M magnesium chloride hexahydrate, 0.08M Tris-HCl, 24%(w/v) polyethylene glycol 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.96→50 Å / Num. all: 84239 / Num. obs: 84239 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.96→1.99 Å / % possible all: 89.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.96→33.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.213 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 182.64 Å2 / Biso mean: 47.4783 Å2 / Biso min: 14.83 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.96→33.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.958→2.009 Å / Total num. of bins used: 20
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