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- PDB-4m19: dihydrodipicolinate synthase from C. jejuni with pyruvate bound t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m19
タイトルdihydrodipicolinate synthase from C. jejuni with pyruvate bound to the active site and Lysine bound to allosteric site
要素4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthaseDihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE (リアーゼ) / schiff-base (シッフ塩基) / aldolase / TIM barrel (TIMバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / 細胞質
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リシン / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Conly, C.J.T.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Tyrosine 110 Plays a Critical Role in Regulating the Allosteric Inhibition of Campylobacter jejuni Dihydrodipicolinate Synthase by Lysine.
著者: Conly, C.J. / Skovpen, Y.V. / Li, S. / Palmer, D.R. / Sanders, D.A.
履歴
登録2013年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
B: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
C: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
D: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,08012
ポリマ－135,0674
非ポリマー1,0138
水9,422523
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10490 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area39590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.640, 96.990, 79.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)
21chain D and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)
12chain B and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)
22chain C and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ASNASNVALVALchain A and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)AA4 - 16512 - 173
121GLUGLUPHEPHEchain A and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)AA167 - 298175 - 306
211ASNASNVALVALchain D and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)DD4 - 16512 - 173
221GLUGLUPHEPHEchain D and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)DD167 - 298175 - 306
112ASNASNVALVALchain B and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)BB4 - 16512 - 173
122GLUGLUPHEPHEchain B and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)BB167 - 298175 - 306
212ASNASNVALVALchain C and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)CC4 - 16512 - 173
222GLUGLUPHEPHEchain C and (resseq 4:165 or resseq 167:298 ) and (not element H) and (not element D)CC167 - 298175 - 306

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / Dihydrodipicolinate synthase / HTPA synthase


分子量: 33766.770 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター)
株: NCTC 11168 / 遺伝子: Cj0806, dapA / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-blue
参照: UniProt: Q9PPB4, 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase

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非ポリマー , 5種, 531分子

#2: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン / リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 523 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化温度: 288 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 35% PEG3350, 0.3 M NH4SO4, 0.1 mM TRIS, pH 8.5, hanging drop, temperature 288K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月12日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. all: 93713 / Num. obs: 93713 / % possible obs: 78.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 21.24 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 13.82
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.012 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.71-1.820.8617568649833.9
1.82-1.941.6829487927951.5
1.94-2.13.27476081337379.8
2.1-2.35.51584821527998.6
2.3-2.578.68537201387899
2.57-2.9713.82475881231099.4
2.97-3.6325.7402691042099.4
3.63-5.1244.431226810299.5
5.1249.8617269457499.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LY8

4ly8


解像度: 2→48.495 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / FOM work R set: 0.881 / SU ML: 0.52 / σ(F): 2 / 位相誤差: 19.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2043 3668 5 %random
Rwork0.165 ---
all0.1671 73351 --
obs0.1671 73351 97.72 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.063 Å2 / ksol: 0.386 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 85.93 Å2 / Biso mean: 24.095 Å2 / Biso min: 8.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.8609 Å2-0 Å23.4359 Å2
2---1.8996 Å20 Å2
3----4.9613 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9089 0 68 523 9680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069377
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03212677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0891471
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2463551
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2233X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.402
12D2233X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.402
21B2234X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.547
22C2234X-RAY DIFFRACTIONTORSIONAL0.547
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.02620.30721110.21832108221976
2.0262-2.0540.24331240.20382357248186
2.054-2.08330.25021360.19482586272296
2.0833-2.11440.24291420.19332693283598
2.1144-2.14750.2491410.18152681282299
2.1475-2.18270.23951420.18382707284999
2.1827-2.22030.23281410.17442679282098
2.2203-2.26070.25631420.19382691283398
2.2607-2.30420.22341430.15332717286099
2.3042-2.35120.19121430.15462720286399
2.3512-2.40230.20261430.15542707285099
2.4023-2.45820.23971420.16232710285299
2.4582-2.51970.21111420.16422687282999
2.5197-2.58780.21371420.15772711285399
2.5878-2.6640.20991450.16012748289399
2.664-2.74990.19661430.1612716285999
2.7499-2.84820.22411450.16362747289299
2.8482-2.96220.2061420.167827122854100
2.9622-3.0970.21741430.166727112854100
3.097-3.26030.19141440.1727342878100
3.2603-3.46450.2341450.16227602905100
3.4645-3.73190.16851440.156127312875100
3.7319-4.10730.16591440.153827372881100
4.1073-4.70120.17011450.145927582903100
4.7012-5.92130.18691460.167727732919100
5.9213-48.50920.1881480.16462802295099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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