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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4llt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a farnesyl diphosphate synthase from Roseobacter denitrificans OCh 114, target EFI-509393, with two IPP and calcium bound in active site | ||||||
要素 | Geranyltranstransferase(2E,6E)-ファルネシル二リン酸シンターゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Enzyme Function Initiative / polyprenyl synthetase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase / geranyltranstransferase activity / isoprenoid biosynthetic process / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Roseobacter denitrificans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. ...Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Stead, M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a farnesyl diphosphate synthase from Roseobacter denitrificans OCh 114, target EFI-509393, with two IPP and calcium bound in active site 著者: Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. ...著者: Kim, J. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Stead, M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4llt.cif.gz | 131.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4llt.ent.gz | 100 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4llt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/4llt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ll/4llt | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3lvsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 0 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 0 / Auth seq-ID: 0 - 288 / Label seq-ID: 22 - 310
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32847.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Roseobacter denitrificans (バクテリア) 株: ATCC 33942 / OCh 114 / 遺伝子: ispA, RD1_0549 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q16CN9, (2E,6E)-farnesyl diphosphate synthase #2: 化合物 | ChemComp-IPE / #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M calcium acetate, 0.1 M MES/NaOH, pH 6, 20% v/v PEG8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月14日 |
放射 | モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 81341 / Num. obs: 78181 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.684 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3LVS 解像度: 1.55→26.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.407 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.307 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.55→26.46 Å
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拘束条件 |
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