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- PDB-4l8r: Structure of mrna stem-loop, human stem-loop binding protein and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l8r
タイトルStructure of mrna stem-loop, human stem-loop binding protein and 3'hexo ternary complex
要素
  • 3'-5' exoribonuclease 1
  • HISTONE MRNA STEM-LOOP
  • Histone RNA hairpin-binding protein
キーワードRNA/RNA BINDING PROTEIN/HYDROLASE / RNA-RNA BINDING PROTEIN-HYDROLASE COMPLEX / HISTONE MRNA 3'-END PROCESSING / HISTONE MRNA TRANSLATION / MICRORNA HOMEOSTASIS / 5.8S RRNA 3 -END MATURATION / ZFP100 / LSM11 / NUCLEUS (細胞核)
機能・相同性
機能・相同性情報


histone mRNA stem-loop binding complex / histone pre-mRNA stem-loop binding / rRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / cap-dependent translational initiation / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone pre-mRNA DCP binding / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA ...histone mRNA stem-loop binding complex / histone pre-mRNA stem-loop binding / rRNA 3'-end processing / mRNA 3'-end processing by stem-loop binding and cleavage / cap-dependent translational initiation / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / histone pre-mRNA DCP binding / histone pre-mRNA 3'end processing complex / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / RNA Polymerase II Transcription Termination / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA transport / 3'-5' exonuclease activity / ribosome binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / rRNA binding / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / 核小体 / RNA binding / 核質 / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain / Histone RNA stem-loop-binding protein SLBP1/SLBP2 / Histone RNA hairpin-binding protein, RNA-binding domain / SLBP, RNA-binding domain superfamily / Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain / : / SAP domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily / エキソヌクレアーゼ ...Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain / Histone RNA stem-loop-binding protein SLBP1/SLBP2 / Histone RNA hairpin-binding protein, RNA-binding domain / SLBP, RNA-binding domain superfamily / Histone RNA hairpin-binding protein RNA-binding domain / : / SAP domain / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / SAP domain superfamily / エキソヌクレアーゼ / SAP domain / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / SAP motif profile. / Putative DNA-binding (bihelical) motif predicted to be involved in chromosomal organisation / SAP domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / Histone RNA hairpin-binding protein / 3'-5' exoribonuclease 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Tan, D. / Tong, L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structure of Histone Mrna Stem-Loop, Human Stem-Loop Binding Protein, and 3'Hexo Ternary Complex.
著者: Tan, D. / Marzluff, W.F. / Dominski, Z. / Tong, L.
履歴
登録2013年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年7月10日ID: 4HXH
改定 1.02013年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HISTONE MRNA STEM-LOOP
B: 3'-5' exoribonuclease 1
C: Histone RNA hairpin-binding protein
D: HISTONE MRNA STEM-LOOP
E: 3'-5' exoribonuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,1505
ポリマ－102,1505
非ポリマー00
水2,432135
1
A: HISTONE MRNA STEM-LOOP
B: 3'-5' exoribonuclease 1
C: Histone RNA hairpin-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1113
ポリマ－58,1113
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
2
D: HISTONE MRNA STEM-LOOP
E: 3'-5' exoribonuclease 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0392
ポリマ－44,0392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.758, 90.802, 128.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 HISTONE MRNA STEM-LOOP


分子量: 8222.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized by IDT
#2: タンパク質 3'-5' exoribonuclease 1 / 3'-5' exonuclease ERI1 / Eri-1 homolog / Histone mRNA 3'-end-specific exoribonuclease / Histone ...3'-5' exonuclease ERI1 / Eri-1 homolog / Histone mRNA 3'-end-specific exoribonuclease / Histone mRNA 3'-exonuclease 1 / Protein 3'hExo / HEXO


分子量: 35815.645 Da / 分子数: 2
Fragment: SAP DOMAIN AND NUCLEASE DOMAIN, UNP residues 55-349
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: 3'EXO, ERI1, THEX1 / プラスミド: PET-24D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) STAR
参照: UniProt: Q8IV48, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#3: タンパク質 Histone RNA hairpin-binding protein / Histone stem-loop-binding protein


分子量: 14072.773 Da / 分子数: 1 / Fragment: RNA-BINDING DOMAIN, UNP residues 125-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBP, SLBP / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) STAR / 参照: UniProt: Q14493
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 8% (W/V) TACSIMATE (PH 6.0), 18% (W/V) PEG3350, MACROSEEDING, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 55893 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SnBTHEN SOLVE/RESOLVE位相決定
CNS1.3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→37.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 542066.23 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2634 4.9 %RANDOM
Rwork0.199 ---
obs0.199 53219 94 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 27.7262 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.1 Å20 Å20 Å2
2---7.57 Å20 Å2
3----12.53 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.5 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→37.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5083 918 0 135 6136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.11
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.521.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.612
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.72
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.382.5
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 223 5.1 %
Rwork0.316 4142 -
obs--77 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION5carbohydrate.paramcarbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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