[日本語] English
万見
- PDB-4l8q: Crystal structure of Canavalia grandiflora seed lectin complexed ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l8q
タイトルCrystal structure of Canavalia grandiflora seed lectin complexed with X-Man.
要素Canavalia grandiflora seed lectin
キーワードsugar binding protein / plant protein (植物) / Jelly roll domain / Lectin (レクチン) / Carbohydrate/Sugar Binding / Protein bodies
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Chem-XMM / Lectin ConGF
類似検索 - 構成要素
生物種Canavalia grandiflora (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Barroso-Neto, I.L. / Rocha, B.A.M. / Simoes, R.C. / Bezerra, M.J.B. / Pereira-Junior, F.N. / Osterne, V.J.S. / Nascimento, K.S. / Nagano, C.S. / Delatorre, P. / Sampaio, A.H. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2014
タイトル: Vasorelaxant activity of Canavalia grandiflora seed lectin: A structural analysis.
著者: Barroso-Neto, I.L. / Simoes, R.C. / Rocha, B.A. / Bezerra, M.J. / Pereira-Junior, F.N. / Silva Osterne, V.J. / Nascimento, K.S. / Nagano, C.S. / Delatorre, P. / Pereira, M.G. / Freitas Pires, ...著者: Barroso-Neto, I.L. / Simoes, R.C. / Rocha, B.A. / Bezerra, M.J. / Pereira-Junior, F.N. / Silva Osterne, V.J. / Nascimento, K.S. / Nagano, C.S. / Delatorre, P. / Pereira, M.G. / Freitas Pires, A. / Sampaio, A.H. / Assreuy, A.M. / Cavada, B.S.
履歴
登録2013年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Canavalia grandiflora seed lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,73010
ポリマ－25,6291
非ポリマー1,1019
水1,58588
1
A: Canavalia grandiflora seed lectin
ヘテロ分子

A: Canavalia grandiflora seed lectin
ヘテロ分子

A: Canavalia grandiflora seed lectin
ヘテロ分子

A: Canavalia grandiflora seed lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,92140
ポリマ－102,5174
非ポリマー4,40336
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_545x,-y-1,-z1
Buried area15430 Å2
ΔGint-242 kcal/mol
Surface area31010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.422, 65.152, 106.708
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Canavalia grandiflora seed lectin


分子量: 25629.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Canavalia grandiflora (マメ科) / 参照: UniProt: A0A067XG71*PLUS
#4: 糖 ChemComp-XMM / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside / (2R,3S,4S,5S,6R)-2-(5-BROMO-4-CHLORO-1H-INDOL-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6-(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / (5-BROMO-4-CHLORO-3-INDOLYL)-Alpha-D-MANNOSE / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl mannoside / 4-クロロ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-イルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 408.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H15BrClNO6

-
非ポリマー , 6種, 96分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.05 M cadmium sulfate hydrate, 0.1 M HEPES buffer, and 1.0 M sodium acetate trihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.47 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月27日
放射モノクロメーター: Curved crystal of silicon (111), asymmetrical cut. Asymmetry angle 7.25 , condensed mode. Range of photon energies of X-ray: 6 keV-12 keV (2 1 ). Dimensions: 250 mm x 50 mm (at the base) x 1 mm.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.47 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→10.29 Å / Num. all: 71496 / Num. obs: 10110 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 34.658 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.138 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.3-2.360.3165.165346746100
2.36-2.420.2915.555144724100
2.42-2.490.2695.974864680100
2.49-2.570.2276.84948687100
2.57-2.660.2067.434723657100
2.66-2.750.1838.314653646100
2.75-2.850.1738.454392615100
2.85-2.970.1599.69430859999.8
2.97-3.10.14510.834077564100
3.1-3.250.13712.184004557100
3.25-3.430.11912.813706516100
3.43-3.640.12213.483603504100
3.64-3.890.12313.83355475100
3.89-4.20.11614.17306643499.8
4.2-4.60.12114.59282740699.3
4.6-5.140.11814.41252136499.2
5.14-5.940.1214.14227133399.4
5.94-7.270.12514.33188528299.6
7.27-10.290.12513.82133722297.4
10.290.13612.54669970.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 32.27 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å19.17 Å
Translation2.3 Å19.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2OVU

2ovu


解像度: 2.3→10.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / WRfactor Rfree: 0.2782 / WRfactor Rwork: 0.2413 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8025 / SU R Cruickshank DPI: 0.1119 / SU Rfree: 0.0592 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2668 506 5 %RANDOM
Rwork0.2258 ---
obs0.228 10109 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.19 Å2 / Biso mean: 34.4489 Å2 / Biso min: 11.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-36.1 Å20 Å20 Å2
2---22.66 Å2-0 Å2
3----13.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→10.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1782 0 50 88 1920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1211.972542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1685231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.47225.12878
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.90415284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.974156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1260.2294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211395
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 37 -
Rwork0.258 696 -
all-733 -
obs--99.86 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る