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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l7d | ||||||
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タイトル | Structure of keap1 kelch domain with (1S,2R)-2-{[(1S)-5-methyl-1-[(1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-2(1H)-yl]carbonyl}cyclohexanecarboxylic acid | ||||||
要素 | Kelch-like ECH-associated protein 1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION/INHIBITOR / STRESS SENSOR / KELCH DOMAIN / KELCH REPEAT MOTIF / BETA-PROPELLER (Βプロペラドメイン) / NRF2 / PROTEIN-SMALL MOLECULE COMPLEX / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity ...regulation of epidermal cell differentiation / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / 封入体 / cellular response to interleukin-4 / regulation of autophagy / マイクロフィラメント / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / disordered domain specific binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to oxidative stress / Neddylation / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / in utero embryonic development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / protein ubiquitination / Ub-specific processing proteases / 小胞体 / 核質 / identical protein binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | ||||||
データ登録者 | Jnoff, E. / Brookfield, F. / Albrecht, C. / Barker, J.J. / Barker, O. / Beaumont, E. / Bromidge, S. / Brooks, M. / Ceska, T. / Courade, J.P. ...Jnoff, E. / Brookfield, F. / Albrecht, C. / Barker, J.J. / Barker, O. / Beaumont, E. / Bromidge, S. / Brooks, M. / Ceska, T. / Courade, J.P. / Crabbe, T. / Duclos, S. / Fryatt, T. / Jigorel, E. / Kwong, J. / Sands, Z. / Smith, M.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2014 タイトル: Binding Mode and Structure-Activity Relationships around Direct Inhibitors of the Nrf2-Keap1 Complex. 著者: Jnoff, E. / Albrecht, C. / Barker, J.J. / Barker, O. / Beaumont, E. / Bromidge, S. / Brookfield, F. / Brooks, M. / Bubert, C. / Ceska, T. / Corden, V. / Dawson, G. / Duclos, S. / Fryatt, T. / ...著者: Jnoff, E. / Albrecht, C. / Barker, J.J. / Barker, O. / Beaumont, E. / Bromidge, S. / Brookfield, F. / Brooks, M. / Bubert, C. / Ceska, T. / Corden, V. / Dawson, G. / Duclos, S. / Fryatt, T. / Genicot, C. / Jigorel, E. / Kwong, J. / Maghames, R. / Mushi, I. / Pike, R. / Sands, Z.A. / Smith, M.A. / Stimson, C.C. / Courade, J.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4l7d.cif.gz | 181.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4l7d.ent.gz | 144.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4l7d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/4l7d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/4l7d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33009.801 Da / 分子数: 3 / 断片: KELCH DOMAIN, UNP residues 321-609 / 変異: R354D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 1 ul of protein at 12 mg/ml in 20 mM Tris-HCl pH 7.5, 5 mM DTT, 5 mM compound 1 + 2 ul of 2.15 M Sodium Acetate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月13日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→65.6 Å / Num. obs: 60047 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.308 Å / % possible all: 97.97 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1ZGK 解像度: 2.25→46.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 7.694 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 41.223 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
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