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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kwl | ||||||
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タイトル | Rat cysteine dioxygenase with 3-mercaptopropionic acid persulfide bound | ||||||
要素 | Cysteine dioxygenase type 1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / non-heme / mono-iron / cupin / dioxygenase / cysteine-tyrosine crosslink | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / システインジオキシゲナーゼ / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid ...L-cysteine metabolic process / Degradation of cysteine and homocysteine / taurine biosynthetic process / システインジオキシゲナーゼ / cysteine dioxygenase activity / L-cysteine catabolic process / cysteine metabolic process / response to glucagon / nickel cation binding / response to amino acid / response to glucocorticoid / response to cAMP / response to organonitrogen compound / 授乳 / ferrous iron binding / response to ethanol / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å | ||||||
データ登録者 | Souness, R.J. / Wilbanks, S.M. / Jameson, G.B. / Jameson, G.N.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013 タイトル: Mechanistic implications of persulfenate and persulfide binding in the active site of cysteine dioxygenase. 著者: Souness, R.J. / Kleffmann, T. / Tchesnokov, E.P. / Wilbanks, S.M. / Jameson, G.B. / Jameson, G.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kwl.cif.gz | 57.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kwl.ent.gz | 40.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kwl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/4kwl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23058.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Cdo1 / プラスミド: rCDO/pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P21816, システインジオキシゲナーゼ |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / |
#3: 化合物 | ChemComp-3SS / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.86 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: Hanging drops of 1.5 microL of approximately 8 mg/mL CDO and 1.5 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (24-34% (w/v) polyethylene glycol 4000, 100-250 ...詳細: Hanging drops of 1.5 microL of approximately 8 mg/mL CDO and 1.5 microL reservoir buffer were allowed to equilibrate above the reservoir buffer (24-34% (w/v) polyethylene glycol 4000, 100-250 mM ammonium acetate, 100 mM sodium citrate, 0-4 mM dithionite, 40 mM 3-mercaptopropionic acid). Crystals grew as needles or starbursts of approximately 0.1 mm in length in one week, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日 / 詳細: Double Si with sagittaly bent second crystal |
放射 | モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.63→52.06 Å / Num. all: 26441 / Num. obs: 26441 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Net I/σ(I): 296.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Mean I/σ(I) obs: 27.2 / Num. unique all: 3769 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3eln 解像度: 1.63→30.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.07 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.299 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.2157 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.63→30.5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.63→1.673 Å / Total num. of bins used: 20
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