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- PDB-4kqt: Crystal structure of a putative outer membrane chaperone (OmpH-li... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kqt
タイトルCrystal structure of a putative outer membrane chaperone (OmpH-like) (CC_1914) from Caulobacter crescentus CB15 at 2.83 A resolution (PSI Community Target, Shapiro)
要素Putative outer membrane chaperone (OmpH-like)
キーワードCHAPERONE (シャペロン) / PF03938 family / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Chaperone protein Skp / Skp domain superfamily / Outer membrane protein (OmpH-like) / Outer membrane protein (OmpH-like) / unfolded protein binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter crescentus (カウロバクター・クレセンタス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative outer membrane chaperone (OmpH-like) (CC_1914) from Caulobacter crescentus CB15 at 2.83 A resolution (PSI Community Target, Shapiro)
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2013年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative outer membrane chaperone (OmpH-like)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,0495
ポリマ－21,5361
非ポリマー5134
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.849, 109.849, 163.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Putative outer membrane chaperone (OmpH-like)


分子量: 21535.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37-212 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (カウロバクター・クレセンタス)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_1914 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q9A712
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (37-212) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.13 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.20M sodium chloride, 40.00% polyethylene glycol 400, 0.1M Na/K phosphate pH 6.2, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97917,0.91837,0.97862
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年1月23日
詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
放射モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979171
20.918371
30.978621
反射解像度: 2.83→45.677 Å / Num. obs: 9290 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 90.539 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 16.65
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2.83-2.930.9461.95054903199.8
2.93-3.050.6872.44935934199.6
3.05-3.190.3954.25041913199.7
3.19-3.350.2785.95119886199.9
3.35-3.560.1591052659191100
3.56-3.840.09915.45264946199.9
3.84-4.220.06721.14851919199.5
4.22-4.820.0492952719131100
4.82-6.050.04927.44997948199.7
6.05-45.6770.02545.652661008199.3

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEJuly 4, 2012データスケーリング
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.83→45.677 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 27.679 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.371 / ESU R Free: 0.275
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 4. PEG MODELED IS PRESENT IN CRYO/CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 5. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 6. ZERO-OCCUPANCY ATOMS WERE PLACED NEAR THE THREE-FOLD AXIS TO EXCLUDE SOLVENT MASK NEAR THIS REGION. 7. WATERS WERE EXCLUDED FROM AUTOMATIC TLS ASSIGNMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2452 441 4.7 %RANDOM
Rwork0.2084 ---
obs0.2101 8849 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.79 Å2 / Biso mean: 85.6935 Å2 / Biso min: 60.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.93 Å22.93 Å2-0 Å2
2--2.93 Å2-0 Å2
3----9.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.83→45.677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1296 0 34 4 1334
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021350
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0191.9771809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70233095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1235170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.6625.48462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.07115240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1971510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2211
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.021523
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5817.067677
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5077.059676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.16110.587845
LS精密化 シェル解像度: 2.83→2.904 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.439 26 -
Rwork0.357 660 -
all-686 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.8879 Å / Origin y: 69.0939 Å / Origin z: 63.7845 Å
111213212223313233
T0.0699 Å2-0.0302 Å20.0014 Å2-0.0656 Å2-0.0523 Å2--0.1457 Å2
L0.534 °20.1527 °2-0.8475 °2-0.1805 °2-0.2228 °2--2.2485 °2
S-0.0693 Å °-0.042 Å °0.0065 Å °-0.0289 Å °0.0331 Å °-0.0474 Å °-0.04 Å °0.0373 Å °0.0362 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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