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- PDB-4kgr: Backbone Modifications in the Protein GB1 Helix: beta-3-Ala24, be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kgr
タイトルBackbone Modifications in the Protein GB1 Helix: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35
要素Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35レンサ球菌
キーワードDE NOVO PROTEIN (De novo) / unnatural backbone
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Reinert, Z.E. / Lengyel, G.A. / Horne, W.S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Protein-like Tertiary Folding Behavior from Heterogeneous Backbones.
著者: Reinert, Z.E. / Lengyel, G.A. / Horne, W.S.
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_torsion
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_peptide_omega.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_peptide_omega.omega

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35
B: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35
C: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35
D: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35
E: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35
F: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35
G: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35
H: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,9949
ポリマ－49,9028
非ポリマー921
水3,549197
1
A: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2381
ポリマ－6,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2381
ポリマ－6,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2381
ポリマ－6,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2381
ポリマ－6,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2381
ポリマ－6,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2381
ポリマ－6,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2381
ポリマ－6,2381
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3302
ポリマ－6,2381
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.162, 81.168, 52.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 89.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Ala24, beta-3-Lys28, beta-3-Lys31, beta-3-Asn35 / レンサ球菌


分子量: 6237.775 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized protein / 参照: UniProt: P06654*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.15 M sodium acetate pH 4.6, 20% w/v PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月12日 / 詳細: Rigaku VariMax Optics
放射モノクロメーター: Rigaku VariMax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→32.031 Å / Num. obs: 27508 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 3.55 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 23.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 2QMT

2qmt


解像度: 2→32.031 Å / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.95 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.192 2092 7.61 %
Rwork0.1584 --
obs0.1619 27506 93.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.723 Å2 / ksol: 0.5 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.7944 Å20 Å21.1791 Å2
2--5.3096 Å20 Å2
3----2.5152 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→32.031 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3520 0 6 197 3723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113583
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5444863
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2611088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005618
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0005-2.05050.26921090.21931590X-RAY DIFFRACTION77
2.0505-2.10590.26141390.19381628X-RAY DIFFRACTION77
2.1059-2.16790.18711200.16411642X-RAY DIFFRACTION79
2.1679-2.23780.21651280.15881720X-RAY DIFFRACTION82
2.2378-2.31770.22651430.17881718X-RAY DIFFRACTION83
2.3177-2.41050.21381420.17051794X-RAY DIFFRACTION85
2.4105-2.52010.25651330.16811806X-RAY DIFFRACTION88
2.5201-2.65290.21321430.16881901X-RAY DIFFRACTION90
2.6529-2.81890.18431310.14911929X-RAY DIFFRACTION93
2.8189-3.03630.19251590.15351955X-RAY DIFFRACTION92
3.0363-3.34140.17991650.13331930X-RAY DIFFRACTION92
3.3414-3.82380.18431420.13621948X-RAY DIFFRACTION93
3.8238-4.81320.1321590.12921960X-RAY DIFFRACTION92
4.8132-27.28030.21921660.21621977X-RAY DIFFRACTION92

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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