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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k2a
タイトルCrystal structure of haloalkane dehalogenase DbeA from Bradyrhizobium elkani USDA94
要素Haloalkane dehalogenase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Enzyme Function Initiative / Structure 2 Function Project / S2F / two domain organization / dimer catalytic pentad / halogen binding
機能・相同性
機能・相同性情報


haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能
Haloalkane dehalogenase, subfamily 2 / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Haloalkane dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium elkanii (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Prudnikova, T. / Chaloupkova, R. / Rezacova, P. / Mozga, T. / Koudelakova, T. / Sato, Y. / Kuty, M. / Nagata, Y. / Damborsky, J. / Kuta Smatanova, I. / Structure 2 Function Project (S2F)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / : 2014
タイトル: Structural and functional analysis of a novel haloalkane dehalogenase with two halide-binding sites.
著者: Chaloupkova, R. / Prudnikova, T. / Rezacova, P. / Prokop, Z. / Koudelakova, T. / Daniel, L. / Brezovsky, J. / Ikeda-Ohtsubo, W. / Sato, Y. / Kuty, M. / Nagata, Y. / Kuta Smatanova, I. / Damborsky, J.
履歴
登録2013年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月9日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haloalkane dehalogenase
B: Haloalkane dehalogenase
C: Haloalkane dehalogenase
D: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,34615
ポリマ-130,8854
非ポリマー46111
13,493749
1
A: Haloalkane dehalogenase
D: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,5846
ポリマ-65,4432
非ポリマー1424
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area21260 Å2
手法PISA
2
B: Haloalkane dehalogenase
C: Haloalkane dehalogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7619
ポリマ-65,4432
非ポリマー3197
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.702, 121.888, 161.992
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115A1 - 297
2115B1 - 297
3115C1 - 297
4115D1 - 297

-
要素

#1: タンパク質
Haloalkane dehalogenase


分子量: 32721.256 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium elkanii (根粒菌) / : USDA94 / 遺伝子: dbeA, dhaA / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: E2RV62, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Tris HCl, 20% (w/v) PEG 3350 or 4000 and 150 mM calcium acetate , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: KMC-1 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.71 Å / Num. all: 79384 / Num. obs: 73280 / % possible obs: 92.31 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 21.64
反射 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.307 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 62.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化解像度: 2.2→29.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 9.561 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20858 2945 5 %RANDOM
Rwork0.14791 ---
obs0.1509 55927 92.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å2-0 Å2
2--0.05 Å2-0 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9048 0 20 749 9817
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0199499
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028987
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.95112964
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.888320619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54151228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.50322.266428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.162151447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1621585
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110932
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022303
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8270.9024774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.820.9024772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3721.3455974
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3052.1045975
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1891.0344725
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.1761.5494726
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.8932.2666967
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.00412.18511311
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.90311.8611083
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
1139medium positional0.150.5
1139medium positional0.170
1139medium positional0.150
1139medium positional0.180
986loose positional0.435
986loose positional0.460.01
986loose positional0.410
986loose positional0.440
1139medium thermal0.582
1139medium thermal0.60
1139medium thermal0.580
1139medium thermal0.550
986loose thermal0.7710
986loose thermal0.80.01
986loose thermal0.840
986loose thermal0.720
LS精密化 シェル解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 128 -
Rwork0.172 2690 -
obs--60.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.93492.60033.85292.07410.83743.94720.14340.0475-0.2450.2017-0.0072-0.03070.2936-0.0719-0.13620.1649-0.00740.00620.12410.02170.168634.7946-74.752944.4892
21.46930.09162.10210.02670.0913.1119-0.0165-0.0062-0.0324-0.0113-0.0571-0.02740.02670.08790.07360.17850.02690.00370.13380.05180.269141.9295-69.968444.7072
30.33160.22680.28460.24480.01090.78790.0333-0.0285-0.07320.00180.0133-0.021-0.0148-0.029-0.04660.15770.02110.01190.10270.02710.204738.6192-60.397643.208
40.61130.08570.50710.19520.61082.0117-0.00340.1116-0.0245-0.0395-0.03860.0182-0.1047-0.06960.0420.19220.0220.03320.06710.02690.199335.834-49.201236.9141
51.07830.29650.83141.6265-0.92872.1964-0.0061-0.27810.14390.00770.01430.1209-0.171-0.2211-0.00810.11520.06110.03760.1763-0.04510.155225.9087-44.740755.5262
64.31030.79580.52653.8065-0.2650.10350.1212-0.53210.2052-0.0645-0.15410.07860.024-0.07940.03280.12770.0110.04620.2288-0.00090.146518.6131-59.550450.3718
70.86130.3142-0.23930.6948-0.25750.46-0.0231-0.16360.10490.00090.0595-0.0066-0.0725-0.0986-0.03650.13150.02390.02110.15280.00080.153235.5923-49.615750.9413
81.38670.4924-0.65770.6683-0.1670.3219-0.01540.0350.1279-0.12350.07630.0683-0.0137-0.0182-0.06090.15830.0296-0.00220.11960.01890.180427.9316-48.634232.8777
93.66981.0379-0.5580.91210.64821.1642-0.11990.18460.2601-0.1190.09030.1522-0.04330.00470.02960.16390.013-0.00780.12570.05710.156428.2852-48.858529.8555
100.3449-0.09680.05040.09940.36612.03370.0367-0.0196-0.1219-0.03310.02710.0356-0.14980.083-0.06370.1513-0.00080.01430.11650.02450.199829.8622-62.320229.4414
114.52122.3192-4.71331.1924-2.36256.34750.0848-0.18130.01260.044-0.09560.0078-0.31650.04950.01080.20280.03570.00550.0534-0.04070.1852-8.4334-19.040146.5749
125.0774-4.24365.95786.5689-3.0588.218-0.41790.14450.14060.24830.05140.2061-0.59230.27270.36650.19960.00210.02020.01940.01880.0703-7.506-20.47132.347
130.31490.084-0.0750.0325-0.06060.8167-0.0151-0.05460.0345-0.0143-0.00130.0331-0.00910.04250.01640.16480.02060.00580.0912-0.02040.2106-5.9864-28.773243.6116
141.0614-0.26910.40630.7874-0.75970.7625-0.06620.0727-0.0369-0.03530.0524-0.01460.0325-0.01280.01380.17850.02330.02510.0866-0.0110.1887-4.3154-41.129438.2515
151.8055-0.5253-0.04062.04862.0212.13080.0781-0.0973-0.0050.04640.193-0.24620.06730.1763-0.27110.12310.07990.00210.15660.05830.17418.5672-47.001451.7571
161.1372-0.70250.35645.5166-1.81880.6865-0.2513-0.2633-0.13870.16830.3581-0.1361-0.0223-0.0903-0.10680.13330.0913-0.06960.2149-0.02980.2514.322-40.237162.8244
173.58812.7412-4.23382.3159-2.74586.1154-0.0744-0.0484-0.0479-0.024-0.067-0.02420.20050.04150.14140.1220.0422-0.01140.1650.01390.162611.1455-34.020951.1936
180.9352-0.46890.03130.31710.0750.1865-0.0562-0.21960.02850.03930.0830.01350.00880.0638-0.02680.14450.00050.01060.1886-0.03810.12253.7883-31.94754.998
190.80070.3579-0.06910.51-0.23790.502-0.04990.0178-0.0751-0.06880.0355-0.04830.05970.06010.01430.16330.01940.01080.1004-0.00540.18221.4746-38.98334.021
201.2168-0.1977-1.53410.40132.087611.13320.17270.32430.12610.0304-0.0269-0.00010.0403-0.2719-0.14580.16820.0190.02820.18220.03840.2127-6.0878-26.214320.5718
211.07681.20411.73471.60480.478811.10470.0626-0.0659-0.05110.0445-0.1249-0.07290.22630.12140.06230.16090.01870.01190.1398-0.00160.167621.5195-36.69311.3938
221.19720.2427-1.2680.14470.26114.2227-0.15920.0981-0.293-0.01180.0095-0.09420.2736-0.04970.14970.18170.00630.04340.1301-0.04010.191518.4061-34.55892.9439
230.92490.2412-0.28630.2486-0.12970.3587-0.03790.1371-0.06530.0020.0105-0.01670.0528-0.00510.02750.1673-0.01180.00440.1203-0.04170.172713.0172-26.2375.2299
241.26471.5229-0.01871.85220.08250.74660.02830.00910.03210.028-0.00340.0583-0.0977-0.0472-0.02490.16580.00360.0110.1149-0.00510.160510.5834-7.71539.677
252.4232-1.8263-0.24132.8134-1.15461.26890.07810.05930.06570.0479-0.0971-0.0859-0.10530.05660.0190.1576-0.03780.00770.13990.00490.154926.4405-5.3012.0042
261.2958-0.4571-0.29211.9528-0.17942.0810.1325-0.18720.1311-0.09570.05630.053-0.14060.2807-0.18890.1336-0.0379-0.00660.1272-0.02060.17227.3113-14.73416.8696
271.3476-0.2922-0.11950.6402-0.0160.3702-0.06150.19710.0573-0.07550.0525-0.1201-0.01920.02430.00910.1507-0.02570.00770.141-0.00540.144722.5002-13.50731.4587
281.3406-0.015-0.22870.0076-0.05840.7043-0.02580.06290.09390.02130.02240.0033-0.0906-0.19420.00340.16380.0048-0.02980.13620.00880.16133.5376-13.901711.9151
293.80311.1851.70970.99770.04611.6442-0.0843-0.073-0.01730.05260.08470.0241-0.073-0.1423-0.00050.13830.00640.00740.1233-0.02550.14562.2544-13.828517.6123
300.98680.4048-0.65590.1845-0.27010.4411-0.14820.121-0.058-0.07610.0866-0.06350.08-0.07110.06160.1885-0.03620.00190.1461-0.01060.1733.1712-28.397119.1332
312.07050.95091.80040.65971.90877.7580.0458-0.05810.12620.0136-0.05520.1081-0.1081-0.17140.00940.16210.0167-0.00980.13780.01620.174110.3867-51.25989.881
321.1122-0.01181.26660.0542-0.03051.4536-0.07290.2370.16910.0116-0.09190.0161-0.10640.28150.16470.18630.00650.00290.23150.07810.144616.8581-54.02637.8169
331.05520.11480.6980.28230.26881.13180.03210.10210.04330.0074-0.0570.0297-0.01680.04250.02490.13570.0211-0.00860.15930.0640.144114.9753-61.87976.6975
341.77281.3214-0.67891.1792-1.07282.17760.07740.170.05560.0624-0.0080.1031-0.02870.2418-0.06940.12160.00480.00480.23140.0090.156524.9743-67.49155.8904
351.60351.4496-2.58141.4504-2.37374.29590.0425-0.164-0.0881-0.0602-0.0727-0.11140.08370.19930.03020.223-0.0454-0.07550.13950.03240.167116.4501-87.00588.7283
361.9909-0.63-0.84092.00560.86752.86260.07230.0029-0.1424-0.0001-0.05260.13070.2692-0.2375-0.01970.1493-0.0691-0.08450.14340.03250.13812.6127-81.24453.6355
370.23860.0456-0.03991.3769-0.51544.5708-0.08-0.1314-0.16040.11710.22740.01510.2609-0.4036-0.14740.1371-0.0120.02670.2170.08030.17583.602-72.738919.2753
380.5547-0.14370.33030.5732-0.04730.73220.09030.0852-0.09-0.042-0.01360.06410.110.0491-0.07670.12380.0067-0.01210.17260.00180.10715.2145-73.48324.4317
393.21290.9498-1.20040.4859-0.25372.2686-0.0207-0.0223-0.07950.0120.09240.00780.26810.1296-0.07170.14490.03580.00170.13230.03390.143425.8297-77.706617.6646
400.6680.28760.62370.1850.16740.7648-0.04680.14890.04110.00640.0980.0616-0.04360.0456-0.05110.145-0.0210.00170.15590.04540.184623.069-63.498520.9922
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2A11 - 29
3X-RAY DIFFRACTION3A30 - 117
4X-RAY DIFFRACTION4A118 - 134
5X-RAY DIFFRACTION5A135 - 169
6X-RAY DIFFRACTION6A170 - 185
7X-RAY DIFFRACTION7A186 - 231
8X-RAY DIFFRACTION8A232 - 253
9X-RAY DIFFRACTION9A254 - 271
10X-RAY DIFFRACTION10A272 - 301
11X-RAY DIFFRACTION11B6 - 25
12X-RAY DIFFRACTION12B26 - 34
13X-RAY DIFFRACTION13B35 - 114
14X-RAY DIFFRACTION14B115 - 138
15X-RAY DIFFRACTION15B139 - 152
16X-RAY DIFFRACTION16B153 - 166
17X-RAY DIFFRACTION17B167 - 177
18X-RAY DIFFRACTION18B178 - 210
19X-RAY DIFFRACTION19B211 - 289
20X-RAY DIFFRACTION20B290 - 296
21X-RAY DIFFRACTION21C6 - 10
22X-RAY DIFFRACTION22C11 - 26
23X-RAY DIFFRACTION23C27 - 120
24X-RAY DIFFRACTION24C121 - 146
25X-RAY DIFFRACTION25C147 - 167
26X-RAY DIFFRACTION26C168 - 183
27X-RAY DIFFRACTION27C184 - 219
28X-RAY DIFFRACTION28C220 - 252
29X-RAY DIFFRACTION29C253 - 271
30X-RAY DIFFRACTION30C272 - 304
31X-RAY DIFFRACTION31D6 - 12
32X-RAY DIFFRACTION32D13 - 34
33X-RAY DIFFRACTION33D35 - 103
34X-RAY DIFFRACTION34D104 - 129
35X-RAY DIFFRACTION35D130 - 146
36X-RAY DIFFRACTION36D147 - 169
37X-RAY DIFFRACTION37D170 - 184
38X-RAY DIFFRACTION38D185 - 239
39X-RAY DIFFRACTION39D240 - 271
40X-RAY DIFFRACTION40D272 - 297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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