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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4jrq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of E. coli Exonuclease I in complex with a 5cy-dA13 oligonucleotide | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE/DNA / Exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / DnaQ superfamily / 3'-5' ssDNA exonuclease / HYDROLASE-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 エキソデオキシリボヌクレアーゼI / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / DNA catabolic process / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / single-stranded DNA binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / DNA修復 / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Bell, C.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2013 タイトル: Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion. 著者: Korada, S.K. / Johns, T.D. / Smith, C.E. / Jones, N.D. / McCabe, K.A. / Bell, C.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4jrq.cif.gz | 203.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4jrq.ent.gz | 158.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4jrq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jrq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jr/4jrq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4480.370 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis #2: タンパク質 | 分子量: 54848.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal 6His-thrombin / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: sbcB, cpeA, xonA, b2011, JW1993 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) 参照: UniProt: P04995, エキソデオキシリボヌクレアーゼI #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 5% 2-propanol, 25% glycerol, 1.2 M ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日 | |||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Kohzu HLD-4 Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97931 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 3→20 Å / Num. all: 25103 / Num. obs: 25103 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Net I/σ(I): 16.4 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1FXX 解像度: 3→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 19.242 / SU ML: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 102.534 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→19.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20
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