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- PDB-4jfp: A2 HLA complex with G4A heteroclitic variant of Melanoma peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jfp
タイトルA2 HLA complex with G4A heteroclitic variant of Melanoma peptide
要素
  • Beta-2-microglobulinΒ2-ミクログロブリン
  • G4A heteroclitic Melanoma peptide
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / Immunoglobulin (抗体) / HLA / TCR / Melanoma (悪性黒色腫) / High Affinity
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding ...T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / positive regulation of memory T cell activation / TAP complex binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / endoplasmic reticulum exit site / beta-2-microglobulin binding / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / response to molecule of bacterial origin / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / cellular response to iron ion / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / specific granule lumen / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / positive regulation of T cell activation / Modulation by Mtb of host immune system / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / sensory perception of smell / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / negative regulation of neuron projection development / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / positive regulation of protein binding / ER-Phagosome pathway / antibacterial humoral response / iron ion transport / T cell receptor signaling pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / 免疫応答 / Amyloid fiber formation / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / 小胞体 / ゴルジ体 / signaling receptor binding / focal adhesion / 自然免疫系 / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / ゴルジ体 / 細胞膜 / 小胞体
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Β2-ミクログロブリン / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / 抗体 / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / サンドイッチ / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Β2-ミクログロブリン
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.91 Å
データ登録者Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. / Madura, F. / Sewell, A.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: T-cell receptor specificity maintained by altered thermodynamics.
著者: Madura, F. / Rizkallah, P.J. / Miles, K.M. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Schauenburg, A.J. / Miles, J.J. / Liddy, N. / Sami, M. / Li, Y. / Hossain, M. / Baker, B.M. / Jakobsen, ...著者: Madura, F. / Rizkallah, P.J. / Miles, K.M. / Holland, C.J. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Schauenburg, A.J. / Miles, J.J. / Liddy, N. / Sami, M. / Li, Y. / Hossain, M. / Baker, B.M. / Jakobsen, B.K. / Sewell, A.K. / Cole, D.K.
履歴
登録2013年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年6月5日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32013年7月17日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: G4A heteroclitic Melanoma peptide
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: G4A heteroclitic Melanoma peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,29924
ポリマ－89,6606
非ポリマー1,64018
水7,692427
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: G4A heteroclitic Melanoma peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,86115
ポリマ－44,8303
非ポリマー1,03112
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7100 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area18780 Å2
手法PISA
2
D: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: G4A heteroclitic Melanoma peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4399
ポリマ－44,8303
非ポリマー6096
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6060 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area18790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)202.590, 49.110, 117.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 123.020, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31951.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta DE3 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Β2-ミクログロブリン / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pGMT7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Roseatta DE3 / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド G4A heteroclitic Melanoma peptide


分子量: 999.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: G4A Heteroclitic variant of Melanoma motif

-
非ポリマー , 5種, 445分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M sodium cacodylate, 20% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulphate, pH 6.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 2011年7月14日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.91→39.71 Å / Num. all: 73975 / Num. obs: 73975 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.91-1.963.40.74811868554780.74897.5
1.96-2.023.50.5361.41822052650.53698.7
2.02-2.073.70.3841.31896851560.38498
2.07-2.143.70.2892.51841950190.28998.1
2.14-2.213.70.2273.21788248640.22798
2.21-2.293.50.1963.51633846380.19697.3
2.29-2.373.50.1534.81603445310.15397.7
2.37-2.473.50.12261512143630.12297.8
2.47-2.583.20.1076.71320241570.10797.2
2.58-2.73.60.08191445540330.08198.4
2.7-2.853.60.0611.81399238620.0698.9
2.85-3.023.60.05312.81319936750.05399.7
3.02-3.233.60.04613.91222734270.04698.8
3.23-3.493.40.04613.91064231610.04697.3
3.49-3.823.10.04414.3885828680.04496.8
3.82-4.283.60.03616.6975126720.03698.6
4.28-4.943.60.03514.7870823970.03598.4
4.94-6.053.50.03216.8693720070.03298.3
6.05-8.553.30.0318.7494815200.0395.6
8.55-39.7093.40.02422.330388820.02494.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 48.46 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å39.71 Å
Translation2.5 Å39.71 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
GDAデータ収集
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.91→39.709 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.2379 / WRfactor Rwork: 0.2032 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8655 / SU B: 6.879 / SU ML: 0.101 / SU R Cruickshank DPI: 0.1564 / SU Rfree: 0.1408 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2277 3730 5 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.197 73963 100 %-
all-73975 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.29 Å2 / Biso mean: 39.4089 Å2 / Biso min: 10.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.24 Å20 Å20.16 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.91→39.709 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6321 0 101 427 6849
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0216856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024693
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2511.9379331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.731311323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.1385823
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.06223.211355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.795151108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2761558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217748
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021502
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0681.54022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3311.51612
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94726532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.25932834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0834.52799
LS精密化 シェル解像度: 1.91→1.962 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.418 260 -
Rwork0.344 5199 -
all-5459 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1642-1.03410.53751.672-0.63132.611-0.0644-0.01040.10560.19020.02010.1744-0.1999-0.44630.04430.13510.02790.01590.0829-0.02460.1060.199327.796854.612
22.0989-0.0756-0.22166.28044.1455.67730.06760.063-0.3965-0.1843-0.11610.17620.1865-0.39130.04850.1308-0.0286-0.07460.06830.01120.176-2.731413.966921.3683
31.2647-0.06430.09942.0079-1.52836.32180.05440.0538-0.0119-0.0244-0.0717-0.0928-0.25630.30320.01730.0702-0.0055-0.01570.0185-0.01180.077411.95428.434830.2646
43.3658-0.3236-0.43212.254-1.53114.85130.1524-0.1904-0.12490.34550.0560.2149-0.30750.1028-0.20840.1521-0.0020.07350.14920.0320.1869-47.764926.268718.4233
55.37792.391-3.01741.8401-1.341.91530.3293-0.67250.25460.2276-0.27030.0784-0.33670.2393-0.0590.1947-0.0211-0.05480.2661-0.0620.1211-17.849738.82568.3678
67.34570.025-2.27052.2756-0.4562.8422-0.16160.5434-0.5868-0.15940.0569-0.03030.1317-0.1730.10470.0784-0.0458-0.00650.1638-0.03670.1531-30.173524.9993-1.256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1C1 - 9
3X-RAY DIFFRACTION2A181 - 276
4X-RAY DIFFRACTION3B0 - 99
5X-RAY DIFFRACTION4D1 - 180
6X-RAY DIFFRACTION5D181 - 276
7X-RAY DIFFRACTION5F1 - 9
8X-RAY DIFFRACTION6E0 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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