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- PDB-4j7k: The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant E54Q) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j7k
タイトルThe crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant E54Q) from Bacillus anthracis str. Sterne
要素secreted protein EsxB分泌
キーワードUNKNOWN FUNCTION / structural genomics (構造ゲノミクス) / PSI-Biology / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性HP0062-like domain superfamily / HP0062-like domain / Type VII secretion system ESAT-6-like / Proteins of 100 residues with WXG / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ESAT-6-like protein / ESAT-6-like protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a secreted protein EsxB (Mutant E54Q) from Bacillus anthracis str. Sterne
著者: Fan, Y. / Tan, K. / Chhor, G. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: secreted protein EsxB
B: secreted protein EsxB
C: secreted protein EsxB
D: secreted protein EsxB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,4864
ポリマ－41,4864
非ポリマー00
水6,413356
1
A: secreted protein EsxB
B: secreted protein EsxB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7432
ポリマ－20,7432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10290 Å2
手法PISA
2
C: secreted protein EsxB
D: secreted protein EsxB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7432
ポリマ－20,7432
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.274, 132.473, 38.347
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.63, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
secreted protein EsxB / 分泌


分子量: 10371.541 Da / 分子数: 4 / 変異: E54Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: Bacillus anthracis, BAS2036, BA_2191, GBAA_2191 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81R67, UniProt: A0A6L7HJC4*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.19 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.17M Ammonium Acetate, 0.085M Sodium Acetate:HCl, 25.5%(w/v)PEG4000, 15%(v/v)Glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月4日 / 詳細: Mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→38 Å / Num. all: 35247 / Num. obs: 35247 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル解像度: 1.66→1.69 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1500 / % possible all: 83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4J11

4j11


解像度: 1.66→38 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2167 1758 5 %random
Rwork0.1752 ---
obs0.1774 35187 96.76 %-
all-35187 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2806 0 0 356 3162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9333830
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6531096
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005519
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6602-1.70510.27441180.22932186X-RAY DIFFRACTION83
1.7051-1.75530.25241230.21542379X-RAY DIFFRACTION89
1.7553-1.81190.24491240.21412548X-RAY DIFFRACTION96
1.8119-1.87670.25491460.20482589X-RAY DIFFRACTION99
1.8767-1.95180.27251640.19782673X-RAY DIFFRACTION100
1.9518-2.04060.22421170.19522637X-RAY DIFFRACTION100
2.0406-2.14820.22081300.1712658X-RAY DIFFRACTION100
2.1482-2.28280.20311270.16442678X-RAY DIFFRACTION100
2.2828-2.4590.20391390.16882656X-RAY DIFFRACTION100
2.459-2.70640.21821140.16352679X-RAY DIFFRACTION100
2.7064-3.09790.22791570.17372643X-RAY DIFFRACTION100
3.0979-3.90240.18011590.15442567X-RAY DIFFRACTION97
3.9024-38.01780.21621400.17562536X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8456-1.35710.21882.82081.40478.82170.0925-0.44790.08050.66870.10090.7523-0.0609-0.7835-0.28750.31060.01610.07690.31240.00640.27550.241428.64113.1764
2-0.010.86270.22066.63320.2435-0.02410.0095-0.0026-0.06540.06520.0108-0.360.00910.0389-0.00590.182-0.00740.0070.1768-0.00180.197.86611.40660.5204
30.36671.04690.16786.44110.340.0515-0.05820.0081-0.0028-0.56210.0687-0.0865-0.04470.00780.01750.2568-0.00830.00530.20190.00160.14414.49168.2857-5.6657
40.1402-0.04290.12072.4863-0.56670.4255-0.0112-0.0006-0.07480.04080.08420.29150.0017-0.0239-0.07340.1268-0.0040.00360.1774-0.00410.16820.4429-3.21415.2111
50.37460.0943-0.05475.2646-0.89780.52690.0012-0.0101-0.02520.01080.00890.4498-0.0113-0.018-0.06640.1235-0.0021-0.0360.1652-0.00570.1697-4.591-4.57850.8193
60.40080.31960.10381.18250.06621.3203-0.0025-0.0257-0.01970.15340.02260.00840.1711-0.0738-0.00360.0939-0.01260.0110.17630.00520.118510.004526.1937-16.5792
70.68660.49610.37434.71930.63420.9623-0.02440.0481-0.065-0.27580.1032-0.06790.20950.0615-0.07220.1785-0.00120.02380.1976-0.00670.111313.999722.6584-24.11
81.3092-0.62260.35485.67950.47161.1474-0.0655-0.05910.113-0.03380.0794-0.0168-0.00760.0018-0.01720.0817-0.00690.01420.1945-0.00340.113314.822137.2474-12.3519
91.4463-0.21160.50015.40330.82511.46-0.00170.0775-0.05980.19880.1651-0.51960.18850.1305-0.19540.10940.01660.01130.22420.00030.149622.124731.7295-16.3316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 7 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 8 through 44 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 88 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid -2 through 44 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 45 through 90 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 0 through 44 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 45 through 90 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 3 through 39 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 40 through 86 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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